mason/tools/motifs_finder/index.mas

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TAATATTTGCAAATTTTGTTTATAACTTAGTCTCATATGCTCAAATAAAAATAAAACTTGATTGTTTATTTATTGCTATCACGTAGCCTTGCCTGCTCAAATTAAATAATAAAATAGTATTAATTATTTTTTTATATTTGTTATCACTTAGCAAGATTAAATAAATTAATAATGAAGTGACCTTGATTGCTAATTGTAACCCCCACATAGATTGCATGAGATACGTCCGGGACCCACATTTGTGGACCTCGAGGGATGCCTAACACTCTCCCCTTGAGGTAATTTGAACCCTTACCCTAATCTCTGGCTCGCTGACCTTAGCTAGACTTAGTTAGGTTAGATAGGTACCCTAACACGCCTTAATTCGTTAGGTGGCGACTCCTCAAACTTAAAATCCCAAAAGAGTTGTTAGGTCGTGCACAAAACCCATTTTCTGCGAAA\n>Solyc00g005120.1 reversed 1129656-1131656\nACTTTATCGTTGATATATATATCTTCTCAGGTAAGGTAACATTTAATTAGGATTTGAAATTCATGTGCTCATCTGCTTATTGCCCTATTTTGACTTATGGTTGTAGCTCATGTGTGTGTGGCTTTCAAATATTTTATTTTTATACTTGCAGGTACAATGGCTCTTGTCAAAAGAAAAGTTGATGTCGATACATCTGATCAAATAAAGACCTAGAAGAAGGCTAGGTCTAAAATTCATAGGAAGAGGAATGAAAATACTACACTTTTAGAAAAACTTGCAACTGAAGTGGTTTCTTCTTCTTAAACAGAAGTAGAATTTTGTCAAAAAGATTATGAACAAAGACAAGTAGTGGATGAAGAAGATGGAAAACAAGAAGTTGAGGAACAAGGAAAAATAAATGAAGTTCAGGAAGAAGGGGAAAATAAAGAAGTAGTAGTTTTGGGGCACAACAAGAAAAAATAAATGAAATTCATGAAGAAGAACAAGAACTTCATGTAGAGTTCAATGCTAGTGGGGATTATGGGATTAAAATCATCAATGCAGAAACTTTTCCTGTGCATCTGCAGCCTGATGCTAATGGTGACAACATCATTAGGTCAATCTTGGAAAGACCTTTCGTCAAATTCAGGGATATCATCAAGAGAAATGAATTGAAAGATTTTTTCAGAAATAGTTGTTTTGGTCGTTTTCTTGATTTACCCATTGATCCACTTCCACGTTTTTAAATGACCATCGTGTATGAAATTTTGAAAAGAAGGTTCATTTTTGAAAATACCAATAAGATGGATGAGATTCTAATTAATTATTGTGGCATGCCAGTTTTCTTTGACATTTTAGAGTTTGCCATAGTTACAGGGCTAAAATATCATCCTCCTGTTGAGACCATCCCTGAATACATTGTTAAAACAGATACACGACGAATGACAATAGTTAAAGAAATAGTAGACTTAGGAAAACAATCAGTGCCAACTGAGGAGTAGGACTTGATGTCCCTTGTTGGCAAAAGCTTTAAAAATTCTGACTTATTATGTTTGTTGGAACGGGAGGATACATCAAGGAAGAACAAGGAGTCATTGTGCTTACTTTGGTTTACACATAATATTCTTTTGCCGAAGGATCCGGAAAACAACATACTTTTAAAGTATGTCAATTTCTGTCAGGATATTGAAGCTTTCAAGAACTACCGTGGGGTCATGAGAGCTTTCATCCAACTGTCGACTACATGTTGAGGCCTTTAGGAGAAAAGATCAGTAACTTGTTTGGTTTTCCATGGGCTTTCATGGTAAAGCTGAATGTTTTTAATCTTTTTATATTATATTAAGTAATAATTCAACATTTTATTATTGACATGTTTTTCTTTTTTTACAGGCCTGGGCATTTGAAGTTATTTCTTATTTGACCCACCAAGTAATTTAAGCAGAAAGAGATCGTCCCCAAGGATGATGTGACGGTTGATGGCAAGAACAAAAACTACCAAAGAAGGGCATATTTCAGATCTTTTTAACCCCTCCTTTTGATGCAGTAAGTTATTATTCGTATATTACAGGCATATGTTGCTACATTTGTGTGACATGTTGCTACAAATGAATTGGTTGTCGCAATATGTGTCACAAATGTTGCTACTGATGAATCATCTGTCACAACTTATGTCACATGTCGCAACACATGACTCATCTGTAGCAACATGTGACACAAATGTTGCTACAGACGAATCATGTGTTGCGATATGTGCCACAAATGTTGCTACAGATGATTCATCTGTAGCAATATTTGTAGCACATGTCGTAATAGACAATTCATCTGTAGCAACATTTGTGACACATGTTGCGACAGACAATTCATCTGTAGCAACAAAAAAATCTTATTGATGACTCATTTTTACTATTTTAGGTAGTCCATTCATAGATTACCCCAACAGAAGAGGAATTGCAAATGTCATATCTAATAACTCTAGGGTTAGTTGAAAGCATTTTTGATCTTGTTGTGGATTGAGTTAAAATG\n>Solyc00g005130.1 reversed 1133350-1135350\nATTTAGCCATCGGAGTGGTGATCTCTCAGAAGATGAGTTCTGAACGGTGAAGACATGGTGACAGAAATGTATCCATTGAAGAAGTGAGCTCTCAGAAGATGATTTCAAAGAAGAAGAGGAGCGAGTGGAGAAAATTAAGCTCGTTTTTATTTTTGGTGACACATTGAGCAAAGAGGTCAAATATCTTTAAAATGTAATTAACTAATTAACTAACTATGGGATCAAATTAATATTTTTAAAATTTTCTAATCTTTTATAAAATATAGAAAAAACACTTCTATAATTCAAACCAAATCATTTAAAAAGAAAAATCTTTTTATCTTTACTCCTCTCTTCTCTCTCTTCTTTTCTTCATCTTCTTCCTTAGAATTCGGAAATCCGTCGTTACTCTTTCTCTGCAGTCGCTACTCTTCCCCTCCAGTCCTCCATTACTCTCTCATCTTTCTAATATGTAATCGTGTTCGGCTAGAAATGACTAAGTTATTTTTTTGAAATACTATACAATTTTTTGAAGTTTTTTTCTTGGTTAATGAACAATAAAATGTTCTGTAGGTGTAAAAACTGAATAATCGACTTAACGGTGTGTATTACTTATCATTAAGAAAATCAGCCAACTCAAAAAATCCTTATTTTGAGGAAATGTATATGTAATGTTATCATTCAGTGAAAAGTCATTTTTTATTGCTGTTGTTGTTCTTTTTTTTTGGTCATTTTGTTGATATGAATTTAACATATTTTGCCACATTTTAGTGATATGTTGGTCATCTGTTGTCACATATGATTCAAATGTTGCAATAATCAGTACAGATGTGTCAACATAAGATGCATCTGCCGCTACATAAGATGTACATGTTGTGCAACTGCAGGTACATATGTGGCAACATAATGTTAATTTATCGCAACAGACTATCCATCGGTTGCAACTTACTGCTAATATTATCTTAATGAATTGTAAAATTGATATGTTGGTTAGCTGCTGCCACATAAGATTCAAATGTTGCAATAATCTGTATAGATGTAGCAACATATGATGCATCTGTCGCTACATAAGATGGATATGTTACGCAACAGTAGGTACATATGGGGCAACATAATGTTGATTTATCGCAACAGACTATCCATCGATTGCAACATACTGCTATTATTATTTTATAATGAATTGTAAAATCTCAATATTTTTTTAATTTACCTTGTAGATGAAATGATTCGAGAAGCTTCATCCATGTCAACAACTCAATCTTCTAACATGAAATGCTTTTTTTGTCTATGCTTAGAATGTGAGCAGCAACATGATTATTTTATTAGTCGTGTTAAAAAACTCACTGATATTTTTAAGGAAATGTCTCATAATATTGATGTGCAAGGATCCAAGAAGACTTCACAGCATTTGAAATGTAGGAGGTTGAGAAAATCTATTTCTCAAACCCTTTATATAATTATTGAGAAGAAAGAAAAGGAGAAGAAGGCAAAGGAGGAGAAGGAGAAGGAAAAAGAGAAGAATGCAAAGGATGAGAAGGAGAAGAAGGCAAAGGAGGAGAAGGAGAGGGTGAAGAAGGCAAATAAAGAGAAGGAGAATATGAAGAAGGCAAAACAGGAGAAGGAGAAGGAGAAGGAGGAGAAGAAGAAGACAATAAGAAGGAGAAGGAGAAGCAGAAAGAAAAAGCGAAAGCGAAAAAGAAAGGGAAGAAAGTCGAAGTTGTCAGTTGTGATGTGAAGAAACAATATCCATTTGAAGATTTTAACATTGACGGCGAGGGTCCTACTGAACTAATGTCATCCTTCTCGCAATGGATAAAAGAGGGTCTTTACAAGCATCATGCAAAAAAGTAAGTAAAATAAAGCAAGTAAAGCTGTTCAACTATTATTAGAATTTCTTCTTGTTGTCCAATATATAATGATTTATAATGACTACAAATTTACAGAGGAAACAAGGAGGATCACTACTTAGCTGATTTCTCAAAACTTGAATTTGACAAACTTAATTTAGTAGTTGCATTTTCC\n>Solyc00g005140.1 reversed 1134150-1136150\nCCTTGTTCTGTACACTCCAAACATCTTTGCAAGCTTGCAGATAAATGAAGTATCTTTTTTTTGCTTGTTCTTGTCTAGTTACTAGGGATGTTACCTTGTAGACATATTAGCGATTGGATAAAGGAATAAAAAAATCACAAGAAGGAACACATTGAAATTACAAAACTTATAAAGGAATAAGAAATTCAAAATAGATAGAGTTAAACAAACATTAAAATGGAATTCACAAACCTTTTCAAAAATATGTATCTTCTACAAAGCAATAATCCTATGAGTTGGAATGTGAATTGCTCTCTGAACAACATTTCAGGCACCGGCACCTATGGCTCCAATGACCACCATCTCGTGTGAAGCACATCTAATAGATAACAAAATAGAAACAACAAAAACACCGAAATACATAGAAAGAACATTCGTAG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  39                 function example() {
  40                         document.getElementById("sequence").value=seq;
  41                 }
  42         </script>
  43
  44 <center>
  45  <h3 id="tool_title">Motifs Finder Tool</h3>
  46  <form action="/test" method="POST" id="run_motifs">
  47    <label>
  48    Sequence:<span id="example">(<a class="blue_text" onclick="example()" style="cursor:pointer">example sequence</a>)</span>
  49    </label>
  50    <textarea class="form-control" id="sequence" name="sequence" ></textarea><br>
  51
  52    <div class="form-inline">
  53         <label><span style="cursor:default" title="lenght(s) of motif, seperated by comma without space(eg. 4,6)">Motif width(s)</span></label>
  54         <input class="form-control" type="text" name="widths_of_motifs" style="width: 110px;" value="12,14">&nbsp;&nbsp;&nbsp;
  55         <label><span style="cursor:default" title="Number of sites expected in each sequence, seperated by comma without space(eg. 4,6)">Expected sites</span></label>
  56         <input class="form-control" type="text" name="numbers_of_sites" style="width: 110px;" value="3,5"> <br><br>
  57    </div>
  58
  59         <div class="container" id="well_width">
  60           <div class="well">
  61            <span style="cursor:default" title="Insert a sequence file in a tab-delimited format">Upload Sequence file:</span>
  62            <input type="file" class="btn btn-default" name="sequence_file" encoding="multipart/form-data"/>
  63                 </div>
  64         </div>
  65
  66     <div class="subsection_bar" >
  67                 <a class="collapser_link" href="javascript:folding_section('#ad-option','#tmp_img_hide1');">
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  69                         Advanced Options
  70                 </a>
  71                 <span class="pull-center" data-toggle="modal" data-target="#myModal">[<a id="help_dialog">Help</a>]</span>
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  73
  74         <div id="ad-option" class="collapse center_section"  >
  75
  76         <p>
  77
  78         <div class="form-inline" >
  79            <label style="cursor:default" title="This value is the number of time the sampler is restarted and can be changed to sample over a larger (or smaller) number of separate initial models.">Number of seeds</label>
  80            <input class="form-control" type="text" name="number_of_seeds" value="20" size="2">&nbsp; &nbsp; &nbsp;
  81
  82        <label><input type="checkbox" name="fragmentation" value="-F" checked>&nbsp;Fragmentation</label>&nbsp; &nbsp; &nbsp;
  83            <label><input type="checkbox" name="rev_complement" value="-r" unchecked>&nbsp;Reverse Complement</label>
  84            </p>
  85          </div>
  86     </div>
  87
  88    <br>
  89
  90    <button type="reset" id="clear_form" value="clear" title="Clear form">Clear</button>&nbsp; &nbsp; &nbsp;
  91    <button class="btn btn-primary"  id="button" value="Run_Motifs_Finder">Run Motifs Finder</button>
  92
  93   </form>
  94
  95 </center>
  96
  97 <script>
  98                 function folding_section(f_div,img_id) {
  99                         var div_e = jQuery(f_div);
 100                         var img_e = jQuery(img_id);
 101                         if (div_e.hasClass("collapse") && div_e.hasClass("in")) {
 102                                 div_e.collapse('hide');
 103                                 img_e.attr("src",'/static/documents/img/collapser_plus.png');
 104                         }
 105                         else {
 106                                 div_e.collapse('show');
 107                                 img_e.attr("src",'/static/documents/img/collapser_minus.png');
 108                         }
 109                 }
 110 </script>
 111
 112 <div class="subsection_bar">
 113
 114         <a class="collapser_link" href="javascript:folding_section('#usage_view','#tmp_img_usage');">
 115         <img id="tmp_img_usage" class="sub_collapser_img" src="/static/documents/img/collapser_plus.png" width="20" height="20" />
 116                         Usage Help
 117         <hr style="\&quot;color:" #006699;="" margin:="" 10px="" 20px;="" \"="">
 118                 </a>
 119     </div>
 120
 121       <div id="usage_view" class="collapse center_section"  >
 122
 123         <p>
 124         <b>Usage:</b><br />
 125         1. Paste a <b>sequence</b> like in the example:<br />
 126         <span style="background-color:#DCDCDC;">&nbsp;&nbsp;>gene_name<br />&nbsp;&nbsp;ATGGATCAGTCGGTGTTGGCGATCT&nbsp;&nbsp;<br />&nbsp;&nbsp;ACAGCTTGGCCAACTCCAGAAATTG&nbsp;&nbsp;</span><br />
 127         &nbsp;&nbsp;Or Upload a <b>sequence file</b>. It must be in <b>FASTA format</b>.<br />
 128         2. Enter <b>motif width(s)</b>, a width for each motif must be entered. For multiple motifs, the widths are separated by commas; (16,20,...)<br />
 129         3. Enter <b>expected sites</b>, expected number of sites in each motif must be entered. For multiple motifs, the sites are separated by commas; (7,12,...)<br />
 130         </p>
 131
 132         <!--<hr style="\&quot;color:" #006699;="" margin:="" 10px="" 20px;="" \"="">  -->
 133      </div>
 134 <!--</div>-->
 135
 136 <!-- Trigger the modal with a button -->
 137 <!--<span class="pull-center" data-toggle="modal" data-target="#myModal">[<a id="help_dialog">Help</a>]</span> -->
 138
 139 <!-- Modal -->
 140 <div id="myModal" class="modal fade" role="dialog">
 141   <div class="modal-dialog">
 142
 143     <!-- Modal content-->
 144     <div class="modal-content">
 145       <div class="modal-header">
 146         <button type="button" class="close" data-dismiss="modal">&times;</button>
 147         <h4 class="modal-title">Advance options help</h4>
 148       </div>
 149       <div class="modal-body">
 150         <ul class="list-group">
 151         <li class="list-group-item"><b>Number of seeds:</b> the number of times that the sampler is restarted with separate initial models.</li>
 152         <li class="list-group-item"><b>Fragmentation:</b> normally the sampler allows itself to flexibly change the width of the motif and to introduce spacers. You can turn it on by unchecking the Fragmentation checkbox.</li>
 153         <li class="list-group-item"><b>Reverse complement:</b> the sampler normally samples in both forward and reverse complement. You can turn off reverse complement sampling by checking the Reverse complement checkbox.</li>
 154         </ul>
 155         <!--<p><b>Number of seeds:</b> </p> -->
 156       </div>
 157       <div class="modal-footer">
 158         <button type="button" class="btn btn-default" data-dismiss="modal">Close</button>
 159       </div>
 160     </div>
 161
 162   </div>
 163 </div>
 164
 165 <style>
 166
 167         #sequence {
 168                 width: 700px;
 169                 height: 210px;
 170                 min-height: 80px;
 171                 max-height: 300px;
 172                 min-width: 700px;
 173                 max-width: 700px;
 174         }
 175         #well_width {
 176                 width: 700px;
 177                 #height: 210px;
 178                 min-height: 80px;
 179                 max-height: 300px;
 180                 min-width: 700px;
 181                 max-width: 700px;
 182         }
 183 </style>
 184
 185 <!--<style>
 186         @font-face {
 187                 font-family: CondensedLight;
 188                 src: url("/static/fonts/Open_Sans_Condensed/OpenSans-CondLight.ttf");
 189         }
 190
 191         html,
 192         body {
 193                 margin:0;
 194                 padding:0;
 195                 height:100%;
 196                 /* font-family: "CondensedLight";*/
 197                 font-size:14px;
 198                 font-family: "Lucida Grande","Lucida Sans Unicode",Arial,Verdana, "Helvetica Neue", Helvetica, sans-serif;
 199         }
 200         #wrapper {
 201                 min-height:100%;
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 203         }
 204         #header {
 205                 /*background:#efefef;*/
 206                 /*padding:5px;*/
 207                 height:80px;
 208         }
 209         #content {
 210                 padding-bottom:75px; /* Height of the footer element */
 211         }
 212         #footer {
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 220         }
 221         #sequence {
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 229         #upload_sequence_file {
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