mason/tools/sixframe_translate_standalone.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /sixframe_translate_standalone.mas - standalone page that displays the
   6 six-frame translation of the L<Bio::SeqI> you pass it
   7
   8 =head1 ARGS
   9
  10 =head2 seq - a Bio::SeqI
  11
  12 =head2 blast_url - optional URL for posting BLAST requests - if
  13 passed, will render buttons that post a form with the sequence to the
  14 given URL
  15
  16 =cut
  17
  18 </%doc>
  19
  20 <%args>
  21   $seq
  22   $blast_url
  23 </%args>
  24
  25
  26 <& /page/page_title.mas, title => 'Six-Frame Translation: '.$seq->id &>
  27
  28 <& /util/import_javascript.mas, classes => 'Text.Markup' &>
  29
  30 <&| /page/info_section.mas, title => 'Nucleotide Sequence' &>
  31   <div style="margin-left: 3em">
  32     <& /sequence/with_markup.mas, seq => $seq, width => 80, subdiv => undef, blast_url => $blast_url  &>
  33   </div>
  34 </&>
  35
  36 <&| /page/info_section.mas, title => 'Six-frame Translation' &>
  37   <& /sequence/sixframe_translate.mas, %ARGS &>
  38 </&>
  39
  40