t/selenium2/solgs/heritability.t

   1 use strict;
   2
   3 use lib 't/lib';
   4
   5 use Test::More;
   6 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   7 use SGN::Test::Fixture;
   8 use SGN::Test::solGSData;
   9
  10 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  11 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  12
  13 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new({'fixture' => $f, 'accessions_list_subset' => 60, 'plots_list_subset' => 60});
  14 my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  15 print STDERR "\nsite_cluster_shared_dir-- $cache_dir\n";
  16
  17 my $accessions_list =  $solgs_data->load_accessions_list();
  18 # my $accessions_list = $solgs_data->get_list_details('accessions');
  19 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  20 my $accessions_list_id = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  21 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  22 my $plots_list =  $solgs_data->load_plots_list();
  23 # my $plots_list =  $solgs_data->get_list_details('plots');
  24 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  25 my $plots_list_id = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  26
  27 print STDERR "\nadding trials list '\n";
  28 my $trials_list =  $solgs_data->load_trials_list();
  29 # my $trials_list =  $solgs_data->get_list_details('trials');
  30 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  31 my $trials_list_id = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  32 print STDERR "\nadding trials dataset\n";
  33 # my $trials_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('trials');
  34 my $trials_dt = $solgs_data->load_trials_dataset();
  35 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  36 my $trials_dt_id = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  37 print STDERR "\nadding accessions dataset\n";
  38 # my $accessions_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('accessions');
  39 my $accessions_dt = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  40 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  41 my $accessions_dt_id = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  42
  43 print STDERR "\nadding plots dataset\n";
  44 # my $plots_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('plots');
  45 my $plots_dt = $solgs_data->load_plots_dataset();
  46 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  47 my $plots_dt_id = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  48
  49 #$accessions_dt_name = '' . $accessions_dt_name . '';
  50 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  51 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  52 print STDERR "\nplots dt: $plots_dt_name -- $plots_dt_id\n";
  53
  54 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  55 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  56 print STDERR "\nplots list: $plots_list_name -- $plots_list_id\n";
  57
  58
  59 `rm -r $cache_dir`;
  60
  61 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  62
  63
  64     $d->get('/solgs', 'solgs home page');
  65     sleep(4);
  66     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  67     sleep(5);
  68     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
  69     sleep(5);
  70     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  71     sleep(3);
  72     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
  73     sleep(2);
  74     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
  75     sleep(2);
  76         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  77     sleep(2);
  78     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  79     sleep(90);
  80     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
  81     sleep(5);
  82     $d->find_element_ok('population_search_entry', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  83     sleep(5);
  84     $d->find_element_ok('search_training_pop', 'id', 'search for training pop')->click();
  85     sleep(5);
  86     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  87     sleep(15);
  88
  89     my $heri = $d->find_element('heritability', 'partial_link_text', 'scroll to heritability');
  90     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $heri);
  91     sleep(2);
  92     $d->find_element_ok('run_pheno_heritability', 'id', 'run heritability')->click();
  93     sleep(30);
  94     $d->find_element_ok('//div[@id="heritability_canvas"]//*[contains(., "DMCP")]', 'xpath', 'heritability result')->get_text();
  95     sleep(3);
  96     $d->find_element_ok('Download heritability', 'partial_link_text',  'download  heritability')->click();
  97      sleep(3);
  98      $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check heritability download')->click();
  99      sleep(5);
 100      $d->driver->go_back();
 101     sleep(5);
 102
 103     `rm -r $cache_dir`;
 104     sleep(3);
 105
 106     $d->get_ok('/breeders/trial/139', 'trial detail home page');
 107     sleep(5);
 108     my $analysis_tools = $d->find_element('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 109     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $analysis_tools);
 110     sleep(5);
 111     $d->find_element_ok('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools')->click();
 112     sleep(5);
 113     $d->find_element_ok('run_pheno_heritability', 'id', 'run heritability')->click();
 114     sleep(30);
 115     $d->find_element_ok('//div[@id="heritability_canvas"]//*[contains(., "DMCP")]', 'xpath', 'heritability result')->get_text();
 116     sleep(3);
 117     $d->find_element_ok('Download heritability', 'partial_link_text',  'download  heritability')->click();
 118      sleep(3);
 119      $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check heritability download')->click();
 120      sleep(5);
 121      $d->driver->go_back();
 122     sleep(5);
 123
 124     foreach my $list_id ($trials_list_id, $accessions_list_id, $plots_list_id) {
 125         $list_id =~ s/\w+_//g;
 126         $solgs_data->delete_list($list_id);
 127     }
 128
 129     foreach my $dataset_id ($trials_dt_id, $accessions_dt_id, $plots_dt_id) {
 130         $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 131         $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 132     }
 133
 134 });
 135
 136
 137 done_testing();