t/unit_fixture/CXGN/Trial/ParseUpload.t

   1
   2 use strict;
   3 use lib 't/lib';
   4
   5 use Test::More;
   6 use SGN::Test::Fixture;
   7 use CXGN::Trial::ParseUpload;
   8 use Data::Dumper;
   9
  10 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  11
  12 for my $extension ("xls", "xlsx") {
  13
  14     my $p = CXGN::Trial::ParseUpload->new({ filename => "t/data/genotype_trial_upload/CASSAVA_GS_74Template.csv", chado_schema => $f->bcs_schema() });
  15     $p->load_plugin("ParseIGDFile");
  16
  17     my $results = $p->parse();
  18     my $errors = $p->get_parse_errors();
  19
  20     ok(scalar(@{$errors->{'error_messages'}}) == 0, "no parse errors");
  21
  22     is_deeply($results, { trial_name => "CASSAVA_GS_74", blank_well => "F05", user_id => 'I.Rabbi@cgiar.org', project_name => 'NEXTGENCASSAVA' }, "parse results test");
  23
  24     #print STDERR join ",", @{$errors->{'error_messages'}};
  25
  26     $p = CXGN::Trial::ParseUpload->new({ filename => "t/data/genotype_trial_upload/CASSAVA_GS_74Template_missing_blank.csv", chado_schema => $f->bcs_schema() });
  27     $p->load_plugin("ParseIGDFile");
  28
  29     $results = $p->parse();
  30     $errors = $p->get_parse_errors();
  31
  32     ok($errors->{'error_messages'}->[0] eq "No blank well found in spreadsheet", "detect missing blank entry");
  33
  34     $p = CXGN::Trial::ParseUpload->new({ filename => "t/data/genotype_trial_upload/CASSAVA_GS_74Template_messed_up_trial_name.csv", chado_schema => $f->bcs_schema() });
  35     $p->load_plugin("ParseIGDFile");
  36
  37     $results = $p->parse();
  38     $errors = $p->get_parse_errors();
  39
  40     ok($errors->{'error_messages'}->[0] eq "All trial names in the trial column must be identical", "detect messed up trial name");
  41
  42     $p = CXGN::Trial::ParseUpload->new({ filename => "t/data/trial/trial_layout_bad_accessions.$extension", chado_schema => $f->bcs_schema() });
  43     $p->load_plugin("TrialExcelFormat");
  44
  45     $results = $p->parse();
  46     $errors = $p->get_parse_errors();
  47     #print STDERR Dumper $errors;
  48     ok($errors->{'error_messages'}->[0] =~ /The following entry names are not in the database as uniquenames or synonyms/, 'check that accessions not in db');
  49     ok(scalar(@{$errors->{'error_messages'}}) == 1, 'check that accessions not in db');
  50     ok(scalar(@{$errors->{'missing_stocks'}}) == 8, 'check that accessions not in db');
  51
  52     $p = CXGN::Trial::ParseUpload->new({ filename => "t/data/genotype_trial_upload/CASSAVA_GS_74Template_messed_up_trial_name.csv", chado_schema => $f->bcs_schema() });
  53     $p->load_plugin("TrialExcelFormat");
  54
  55     $results = $p->parse();
  56     $errors = $p->get_parse_errors();
  57     ok($errors->{'error_messages'}->[0] eq "No Excel data found in file", 'check that accessions not in db');
  58
  59     $f->clean_up_db();
  60 }
  61
  62 done_testing();