mason/feature/feature_data.mas

   1 <%args>
   2     $feature
   3     $title   => 'Feature'
   4     $species => undef
   5     $description_from => [ $feature ]
   6     $featurelocs
   7 </%args>
   8 <%once>
   9     use SGN::View::Feature qw/
  10         feature_link cvterm_link organism_link feature_length
  11         get_description
  12         location_list_html
  13         /;
  14     use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
  15     use CXGN::Tools::Text qw/commify_number/;
  16 </%once>
  17 <%init>
  18     my $description  = join( '<hr />', grep $_, map get_description($_), @$description_from );
  19     my ($length,$locations) = feature_length($feature);
  20     my $feature_length      = commify_number($length) . " bases";
  21     if ($locations) {
  22         $feature_length .= " in $locations location" . ($locations > 1 ? 's' : '');
  23     };
  24 </%init>
  25
  26 <% info_table_html(
  27     'Name'          => feature_link( $feature ),
  28     'Type'          => cvterm_link( $feature->type, 'caps' ),
  29     'Location(s)'   => join('', map "<div>$_</div>\n", location_list_html( $feature, $featurelocs )),
  30     'Length'        => $feature_length,
  31
  32     'Organism' => organism_link($feature->organism),
  33      __border => 0,
  34      __multicol => 4
  35    )
  36 %>
  37
  38 <% info_table_html(
  39      'Description'   => $description || '<span class="ghosted">none</span>',
  40      __border => 0,
  41 )%>
  42
  43 <& /feature/dbxref.mas, dbxref => $feature->dbxref &>