mason/genomes/Solanum_lycopersicum/publications.mas

   1 <& /util/import_javascript.mas, classes=>["CXGN.Effects"] &>
   2
   3 <style type="text/css">
   4
   5   td.width {
   6     width: 60px;
   7     color: #AA0000;
   8   }
   9
  10   tr.author {
  11     visibility: collapse;
  12   }
  13
  14   .publication {
  15     margin-bottom: 0.75em;
  16   }
  17
  18 </style>
  19
  20
  21 <script type="text/javascript">
  22 function get_author_elements( id_base ) {
  23   return {
  24       fewer_link: document.getElementById( "fewer_"   + id_base ),
  25       all_link:   document.getElementById( "all_"   + id_base ),
  26       authors: document.getElementById( "extra_" + id_base )
  27  };
  28 }
  29 function authors_on( id_base ) {
  30   var stuff = get_author_elements( id_base );
  31
  32   stuff.fewer_link.style.display = "inline";
  33   stuff.all_link.style.display   = "none";
  34   stuff.authors.style.display    = "inline";
  35 }
  36 function authors_off( id_base ) {
  37   var stuff = get_author_elements( id_base );
  38
  39   stuff.fewer_link.style.display = "none";
  40   stuff.all_link.style.display   = "inline";
  41   stuff.authors.style.display    = "none";
  42 }
  43
  44 </script>
  45
  46 <& /page/page_title.mas, title => "Tomato Genome Publications" &>
  47
  48 <%args>
  49   $schema
  50 </%args>
  51 <%once>
  52     use CXGN::Page::FormattingHelpers;
  53     use List::MoreUtils qw/uniq/;
  54 </%once>
  55 <%init>
  56
  57 my $pubmed = $schema->resultset('General::Db')
  58                     ->find({ name => 'PMID' });
  59
  60 ### get all publications from pubprop database, then index them by pub year
  61 my @pubs =
  62     $schema->resultset('Cv::Cvterm')
  63            ->search({name => 'tomato genome publication'})
  64            ->search_related('pubprops', {})
  65            ->search_related('pub', {},
  66                             { prefetch => { pub_dbxrefs => 'dbxref' },
  67                             }
  68                            );
  69
  70 # index the publications in a hash by year
  71 my %pubs_by_year;
  72 for my $pub (@pubs) {
  73   push @{ $pubs_by_year{ $pub->pyear } }, $pub;
  74 }
  75 </%init>
  76
  77 <&| /page/info_section.mas, title=>'Publications', collapsible => 0, empty_message => 'temporarily unavailable' &>
  78
  79 %  # for each year, print out the pubs associated with it
  80 %   my @sorted_years =  sort {$b <=> $a} keys %pubs_by_year;
  81 %   for my $year ( @sorted_years ) {
  82 %     my $pubs = $pubs_by_year{$year};
  83       <&| /page/info_section.mas, title         => $year,
  84                                   subtitle      => @$pubs.' publication'.(@$pubs > 1 ? 's' : ''),
  85                                   collapsible   => 1,
  86                                   collapsed     => ($year == $sorted_years[0] || $year == $sorted_years[1] ? 0 : 1),
  87                                   is_subsection => 1,
  88          &>
  89
  90 %        # render each of the publications for this year
  91 %        for my $pub ( @$pubs ) {
  92             <& .publication, pub => $pub, pubmed => $pubmed &>
  93 %        }
  94       </&>
  95 %   }
  96 </&>
  97
  98
  99 % ############ SUBCOMPONENTS #################
 100 % # subcomponent that displays a publication
 101 <%def .publication >
 102 <%args>
 103   $pub
 104   $pubmed
 105 </%args>
 106
 107 <%perl>
 108
 109     #---getting authors - if the list is too long, only show the first 10,
 110     #---the rest of the authors are shown once a link is clicked
 111     my @authors = $pub->search_related('pubauthors', {}, { order_by => 'rank' });
 112     my $names =
 113           join ', ',
 114           map $_->givennames." ".$_->surname,
 115           grep $_,
 116           @authors[ 0..9 ];
 117
 118     my $extra_names =
 119           join ', ',
 120           map $_->givennames." ".$_->surname,
 121           grep $_,
 122           @authors[ 10..$#authors ];
 123
 124     $names .= ', ' if $extra_names;
 125
 126 </%perl>
 127
 128 <table class="publication">
 129 <tr>
 130   <td><a style="color:black"
 131   target="_blank"
 132   href="/publication/<% $pub->pub_id %>/view">
 133   <b><% $pub->title | h %></b>
 134   </a>
 135   </td>
 136 </tr>
 137 <tr>
 138   <td>
 139     <table>
 140       <tr>
 141         <td class="width">Author(s):</td>
 142         <td><% $names | h %>
 143 % if( $extra_names ){
 144 %   my $id = $pub->pub_id;
 145           <span style="display: none" id="extra_<% $id %>"><% $extra_names |h %></span>
 146           <a style="display: none" id="fewer_<% $id %>" href="javascript:authors_off(<% $id %>)">show fewer</a>
 147           <a id="all_<% $id %>" href="javascript:authors_on(<% $id %>)">show all</a>
 148 %  }
 149         </td>
 150       </tr>
 151       <tr>
 152         <td class="width">Journal:</td>
 153         <td><% $pub->series_name | h %></td>
 154       </tr>
 155       <tr>
 156         <td class="width">Volume:</td>
 157         <td><% $pub->volume | h %></td>
 158       </tr>
 159 % if( $pub->issue ) {
 160       <tr>
 161         <td class="width">Issue:</td>
 162         <td><% $pub->issue | h %></td>
 163       </tr>
 164 % }
 165       <tr>
 166         <td class="width">Pages:</td>
 167         <td><% $pub->pages | h %></td>
 168       </tr>
 169 % if( $pubmed
 170 %      and  my $pm_dbx = $pub->search_related('pub_dbxrefs', {})
 171 %                            ->search_related('dbxref', { db_id => $pubmed->db_id } )
 172 %                            ->first
 173 %    ) {
 174       <tr>
 175         <td class="width">Pubmed:</td>
 176         <td><a target="_blank"
 177         href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/pubmed/<% $pm_dbx->accession %>">
 178         Pubmed ID <% $pm_dbx->accession %>
 179         </a>
 180         </td>
 181       </tr>
 182 % }
 183     </table>
 184   </td>
 185 </tr>
 186 </table>
 187
 188 </%def>