t/legacy/integration/solgs/solgs.t

   1 =head1 NAME
   2
   3 solgs.t - integration tests for solgs
   4
   5 =head1 DESCRIPTION
   6
   7
   8
   9 =cut
  10
  11 use strict;
  12 use warnings;
  13 use lib 't/lib';
  14 use Test::More;
  15 use SGN::Test::WWW::Mechanize;
  16
  17
  18 BEGIN { use_ok( 'SGN::Test::WWW::Mechanize' ) or
  19             BAIL_OUT('Could not load SGN::Test::WWW::Mechanize');
  20 }
  21
  22 BEGIN { use_ok( 'Test::More' ) or
  23             BAIL_OUT('Could not load Test::More');
  24 }
  25
  26 BEGIN { use_ok(  'SGN::Controller::solGS::solGS'  ) or
  27         BAIL_OUT( 'Could not load SGN::Controller::solGS::solGS');
  28 }
  29 BEGIN { use_ok(  'SGN::Model::solGS::solGS'  ) or
  30         BAIL_OUT( 'Could not load SGN::Model::solGS::solGS');
  31 }
  32
  33
  34 my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  35
  36 $mech->get_ok('/solgs/search', 'search page');
  37 $mech->content_contains('Search for a trait', 'search trait section');
  38 $mech->content_contains('Browse by traits', 'traits index');
  39
  40 my @traits_indices = $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/traits/ );
  41 $mech->links_ok( \@traits_indices, 'trait indices links work' );
  42 $mech->get_ok($traits_indices[0], 'a page for a list of traits starting with a certain letter');
  43 $mech->content_contains('Traits beginning with', 'traits list section');
  44
  45 my @traits_list= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/search\/result\/traits/i );
  46 $mech->links_ok( \@traits_list, 'links to traits starting with a certain letter work.' );
  47 $mech->get_ok($traits_list[0], 'a link to a traits search page works');
  48 $mech->content_contains('Traits with genomic selection data',  'Traits with genomic selection data');
  49
  50 my @traits_pop= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/search\/result\/populations/i );
  51 $mech->links_ok( \@traits_pop, 'links to search page for populations evaluated for a trait work.' );
  52 $mech->get_ok($traits_pop[0], 'a link to populations evaluated for a trait  search page works');
  53 $mech->get_ok($traits_pop[0], $traits_pop[0]->url);
  54 $mech->content_contains('select a training population to calculate GEBV', 'list of training populations for a trait section');
  55 # diag('Please wait..this may take a few minutes..');
  56 # my @training_pops = $mech->find_all_links(url_regex=> qr/trait\/70682\/population/);
  57
  58
  59 # foreach my $tr_pop (@training_pops) {
  60 #     my $url = $tr_pop->url;
  61 #     $mech->links_ok( $url, $url ) or
  62 #         diag("if similar urls are passing the test, page $url  might be
  63 #               failing because of the type of its dataset.");
  64 # }
  65
  66 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
  67 $mech->content_contains($_)
  68       for (
  69         'Population summary',
  70         'Trait phenotype data',
  71         'Predicted genomc estimated breeding values',
  72         'Top 10 genotypes',
  73         'Marker Effects',
  74         '10 folds cross-validation report',
  75       );
  76
  77 diag('GEBV data download');
  78 my $gebv_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download all gebvs/i );
  79 ok( $gebv_download_link, 'got a GEBV data download link' );
  80 my $url = defined $gebv_download_link ? $gebv_download_link->url : '';
  81 $url ? $mech->links_ok( $url, 'GEBV data download link works' )
  82     : ok(0, 'no GEBV download url found');
  83 $mech->get_ok($url);
  84 my $size =  length( $mech->content );
  85 cmp_ok( $size, '>=', 1000,"got at least 1KB (file size: $size, $url) of data from the GEBV data download url" );
  86
  87
  88 diag('Marker Effects data download');
  89 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
  90 my $marker_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download all marker effects/i );
  91 ok( $marker_download_link, 'got a marker effects data download link' );
  92 $url = defined $marker_download_link ? $marker_download_link->url : '';
  93 $url ? $mech->links_ok( $url, 'Marker effects data download link works' )
  94     : ok(0, 'no marker effects download url found');
  95 $mech->get_ok($url);
  96 $size =  length( $mech->content );
  97 cmp_ok( length( $mech->content ), '>=', 1000,"got at least 1KB (file size: $size, $url) of data from the marker effects data download url" );
  98
  99
 100 diag('Model accuracy data download');
 101 $mech->get_ok('/solgs/trait/70682/population/128', 'a training population page');
 102 my $accuracy_download_link = $mech->find_link( text_regex => qr/download model accuracy/i );
 103 ok( $accuracy_download_link, 'got a model accuracy data download link' );
 104 $url = defined $accuracy_download_link ? $accuracy_download_link->url : '';
 105 $url ? $mech->links_ok( $url, 'Model accuracy data download link works' )
 106     : ok(0, 'no model accuracy download url found');
 107 $mech->get_ok($url);
 108 $size =  length( $mech->content);
 109 cmp_ok( $size, '>=', 100,"got at least 0.1KB (file size: $size, $url) of data from the model accuracy data download url" );
 110
 111
 112 $mech->get_ok('/solgs/population/128', 'Got a population page');
 113 $mech->content_contains($_)
 114       for (
 115         'Population summary',
 116         'Traits',
 117         'Run GS',
 118       );
 119
 120 diag("Please wait... this may a few minutes..");
 121 my @traits= $mech->find_all_links( url_regex => qr/solgs\/trait/ );
 122 my $no_traits = scalar(@traits);
 123 cmp_ok($no_traits, '>=', 1, "this population has $no_traits traits for GS analysis");
 124
 125 diag("Please wait... this may take a few minutes..");
 126 $url = $traits[0]->url;
 127 $mech->get_ok($traits[0], "run GS for a trait ($url) of a training population");
 128 $mech->content_contains($_)
 129       for (
 130         'Population summary',
 131         'Trait phenotype data',
 132         'Predicted genomc estimated breeding values',
 133         'Top 10 genotypes',
 134         'Marker Effects',
 135         '10 folds cross-validation report',
 136         'prediction population',
 137       );
 138
 139 diag("Please wait... combining populations...this may a few minutes..");
 140 $mech->get_ok('/solgs/combine/populations/trait/confirm/70762', 'confirmation page for populations to be combined');
 141 $mech->get_ok('/solgs/model/combined/populations/2789927696/trait/70762', 'GEBV output for combined training populations');
 142 $mech->content_contains($_)
 143       for (
 144         'Population summary',
 145         'Trait phenotype data',
 146         'Predicted genomc estimated breeding values',
 147         'Top 10 genotypes',
 148         'Marker Effects',
 149         '10 folds cross-validation report',
 150       );
 151
 152 done_testing()