mason/chado/cvterm.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /chado/cvterm.mas - a component for printing the cvterm page
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item cvterm
  14
  15 CXGN::Chado::Cvterm object
  16
  17
  18
  19 =back
  20
  21 =head1 AUTHOR
  22
  23 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  24
  25 =cut
  26
  27 </%doc>
  28
  29 <%args>
  30   $cvterm
  31   $cvtermref
  32 </%args>
  33
  34 <%once>
  35 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/
  36  info_section_html
  37  page_title_html
  38  columnar_table_html
  39 /;
  40 use CXGN::Phenome::Qtl::Tools;
  41 </%once>
  42
  43 <%perl>
  44
  45 my $cvterm_id   = $cvterm->cvterm_id;
  46 my $db_name     = $cvterm->db->name;
  47 my $accession   = $cvterm->accession;
  48 my $cvterm_name = $cvterm->name;
  49 my $definition  = $cvterm->definition;
  50 my $is_variable = $cvterm->is_variable;
  51 my $comment     = '' ;#$cvterm->comment;
  52 #$stockref->{props} (hash of arrayrefs of cvtermprops. Keys = prop name, value = prop value)
  53 my $editable_cvterm_props_string = $cvtermref->{editable_cvterm_props};
  54 my @editable_cvterm_props = split "," , $editable_cvterm_props_string;
  55
  56
  57 my $is_obsolete = $cvterm->is_obsolete();
  58 my @synonyms    = $cvterm->synonyms();
  59 my @def_dbxrefs = $cvterm->def_dbxrefs();
  60 my @secondary_dbxrefs = $cvterm->secondary_dbxrefs();
  61 my @image_ids = $cvterm->get_image_ids;
  62
  63 my $curator   = $cvtermref->{curator};
  64 my $submitter = $cvtermref->{submitter};
  65 my $sequencer = $cvtermref->{sequencer};
  66 my $cvtermprops = $cvtermref->{props};
  67
  68
  69 my @def_accessions;
  70 if ( scalar (@def_dbxrefs ) > 0 ) {
  71   # @def_accessions = map( $_->db->name . ":" . $_->accession , @def_dbxrefs);
  72 }
  73
  74 my @secondary_accessions = ();
  75 foreach ( @secondary_dbxrefs) {
  76   my $db_name =       $_->db->name;
  77   my $acc =           $_->accession;
  78   my $urlprefix=      $_->db->urlprefix;
  79   my $url =           $_->db->url;
  80   my $full_acc =      $db_name . ":" . $acc;
  81   my $link = $full_acc;
  82   if ( $url ) {
  83     my $xref_link = $urlprefix . $url . $acc;
  84     $link = qq | <a href="$xref_link">$full_acc</a> |
  85   }
  86   push @secondary_accessions , $link ;
  87 }
  88
  89 my @qtl_pops = CXGN::Phenome::Qtl::Tools->new()->is_from_qtl( $cvterm_id );
  90 my @qtl_data;
  91
  92 if ( @qtl_pops )
  93  {
  94     foreach my $pop (@qtl_pops)
  95     {
  96       my $pop_id   = $pop->get_population_id();
  97       my $name     = $pop->get_name();
  98       my $desc     = $pop->get_description();
  99       my $qtl_link = qq | <a href="/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=$pop_id&amp;cvterm_id=$cvterm_id" onClick="Qtl.waitPage()">$name</a> |;
 100       push @qtl_data, [ $qtl_link, $desc ];
 101     }
 102  }
 103
 104 my $this_page = "/cvterm/$cvterm_id/view/";
 105 my $image_subtitle =
 106    " <a href=\"/image/add?type_id=$cvterm_id&type=cvterm&refering_page=$this_page\">[Add image]</a>" ;
 107
 108
 109 my $edit_privs = $curator ;
 110
 111 </%perl>
 112
 113
 114 <& /util/import_javascript.mas, classes => [qw [CXGN.AJAX.Ontology  CXGN.Phenome.Qtl thickbox jquery  jquery.dataTables] ] &>
 115
 116
 117 <script language="javascript">
 118   function recursiveAnnotations( a ) {
 119       jQuery.ajax( { url:      a.url+"?cvterm_id=<% $cvterm_id %>" ,
 120                      dataType: "json",
 121                      success: function(response) {
 122                               //jQuery("#"+a.content_id).html(response.html);
 123                               jQuery("#"+a.count_id).html( response.count + ' ' + a.inflect[ response.count == 1 ? 0 : 1 ]);
 124                        if( response.error )  {
 125                              alert(response.error);
 126                       }
 127                      }
 128                   });
 129   }
 130 </script>
 131
 132
 133 <& /page/page_title.mas, title=> "$accession '$cvterm_name' " &>
 134
 135
 136 <&| /page/info_section.mas, title=>"Cvterm details" &>
 137 <table>
 138 <tr><td>Term id</td><td><b><% $accession %></b></td></tr>
 139 <tr><td>Term name</td><td><b><% $cvterm_name %></b></td></tr>
 140 <tr><td>Term definition</td><td><b><% $definition %></b></td></tr>
 141 <tr><td>Comment</td><td><b><% $comment %></b></td></tr>
 142 </table>
 143
 144 % if ($is_obsolete) {
 145 <b>Obsolete:</b> TRUE <br />
 146 % }
 147
 148 <br /><b>Synoyms</b><br />
 149 % foreach my $synonym (@synonyms) {
 150 <% $synonym %> <br />
 151 % }
 152
 153 <br /><b> Definition dbxrefs</b><br />
 154 % foreach my $da (@def_accessions) {
 155 <% $da %><br />
 156 % }
 157
 158 <br /><b> Related dbxrefs</b><br />
 159 % foreach my $sa (@secondary_accessions) {
 160 <% $sa %><br />
 161 %  }
 162
 163 </&>
 164 <br />
 165
 166
 167 % my $props_subtitle = $edit_privs ? "[<a id=\"cvterm_add_props\" href=\"javascript:cvtermprops_addPropDialog()\">Add...</a>]" : "[Add]";
 168
 169 % if ($is_variable) {
 170 <&| /page/info_section.mas, title => "Trait Properties" , collapsible=> 1, is_subsection => 1, subtitle=>$props_subtitle &>
 171       <& /chado/cvtermprops.mas,
 172        cv_name    => 'trait_property',
 173        cvterm_id  =>$cvterm_id,
 174        props      => $cvtermprops,
 175         div_name   => 'cvtermprops',
 176         edit_privs => $edit_privs,
 177         subset     => \@editable_cvterm_props,
 178         editable   => \@editable_cvterm_props  &>
 179 </&>
 180
 181 % }
 182 % else {
 183     <&| /page/info_section.mas, title => "Trait Properties" , collapsible=> 1, is_collapsed => 1, is_subsection => 1, &>
 184     No properties for traits. Trait properties can be set for variables only.
 185     </&>
 186
 187 %}
 188
 189 <div id="cvterm_id" style="display:none" ><% $cvterm_name %>|<% $accession %></div>
 190
 191 <&| /page/info_section.mas, title=>"Add this term to a list", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 192 <div id="paste_to_list">
 193 LOAD...
 194 </div>
 195
 196 </&>
 197 <script>
 198
 199   if (isLoggedIn()) {
 200     addToListMenu('paste_to_list', 'cvterm_id', { listType: 'traits' } );
 201   }
 202   else {
 203     jQuery('#paste_to_list').html("&nbsp;Please log in to use lists.");
 204   }
 205
 206 </script>
 207
 208 <br />
 209
 210
 211 <& /ontology/embedded_browser.mas, cvterm => $cvterm &>
 212
 213
 214
 215 <&| /page/info_section.mas,
 216     title=> "Annotated loci",
 217     subtitle => '',
 218     collapsible => 1,
 219     collapsed   => 1,
 220 &>
 221
 222 <table id="loci_data" class="display">
 223 <thead>
 224   <tr>
 225     <th>Organism</th>
 226     <th>Locus symbol</th>
 227     <th>Locus name</th>
 228   </tr>
 229 </thead>
 230
 231 </table>
 232
 233 <script>
 234
 235   jQuery(document).ready(function () {
 236
 237     jQuery('#loci_data').DataTable( {
 238       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_loci',
 239      });
 240   });
 241
 242 </script>
 243
 244
 245 </&>
 246
 247
 248
 249 <&| /page/info_section.mas,
 250        title=> "Annotated stocks",
 251        collapsible => 1,
 252        collapsed=>1,
 253        subtitle => '',
 254        hide_if_empty => 1,
 255  &>
 256
 257 <table id="annotated_stocks_data" class="display">
 258 <thead>
 259   <tr>
 260      <th>Type</th>
 261     <th>Stock name</th>
 262     <th>Description</th>
 263   </tr>
 264 </thead>
 265
 266 </table>
 267
 268 <script>
 269
 270   jQuery(document).ready(function () {
 271
 272     jQuery('#annotated_stocks_data').DataTable( {
 273       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_stocks',
 274      });
 275   });
 276
 277 </script>
 278
 279
 280 </&>
 281
 282
 283
 284 % if ( @qtl_pops )
 285 % {
 286     <&| /page/info_section.mas,
 287         title       => "QTL analysis",
 288         collapsible => 1,
 289    &>
 290      <& /page/columnar_table.mas,
 291         headings     => ["Analyze QTL in population", "Population description"],
 292         data         => \@qtl_data,
 293         __alt_freq   => 2,
 294         __align      =>'l',
 295      &>
 296   </&>
 297 % }
 298
 299
 300
 301 <&| /page/info_section.mas,
 302       title       => "Phenotyped accessions",
 303       collapsible => 1,
 304       collapsed=>1,
 305       subtitle    => '' ,
 306 &>
 307
 308
 309 <table id="phen_stocks_data" class="display">
 310 <thead>
 311   <tr>
 312      <th>Type</th>
 313     <th>Stock name</th>
 314     <th>Description</th>
 315   </tr>
 316 </thead>
 317
 318 </table>
 319
 320 <script>
 321
 322   jQuery(document).ready(function () {
 323
 324     jQuery('#phen_stocks_data').DataTable( {
 325       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/phenotyped_stocks',
 326      });
 327   });
 328
 329 </script>
 330
 331
 332 </&>
 333
 334
 335
 336 <&| /page/info_section.mas,
 337       title       => "Phenotyping trials",
 338       collapsible => 1,
 339       collapsed=>1,
 340       subtitle    => '<span id="trial_count"></span>',
 341 &>
 342
 343 <script language="javascript">
 344     recursiveAnnotations({
 345                          url:        "/cvterm/"+<% $cvterm_id %>+"/datatables/direct_trials",
 346                          content_id: "trial_div",
 347                          count_id:   "trial_count",
 348                          inflect:    [ 'trial', 'trials' ],
 349                        });
 350 </script>
 351
 352
 353
 354 <table id="trial_data" class="display">
 355 <thead>
 356   <tr>
 357      <th>Trial name</th>
 358      <th>Description</th>
 359   </tr>
 360 </thead>
 361
 362 </table>
 363
 364 <script>
 365
 366   jQuery(document).ready(function () {
 367
 368     jQuery('#trial_data').DataTable( {
 369       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/direct_trials',
 370        }
 371      );
 372   });
 373
 374 </script>
 375
 376 </&>
 377
 378 <&| /page/info_section.mas,
 379     title => "Images and figures",
 380     subtitle      => $image_subtitle,
 381     collapsible   => 1,
 382     collapsed     => 0,
 383     hide_if_empty => 1,
 384 &>
 385
 386 <& /image/print_images.mas, images => \@image_ids &>
 387
 388 </&>
 389
 390 <& /qtl/waitmessage.mas &>