R/anova.Rmd

   1 ---
   2 Title: Anova implementation
   3 output: html_document
   4 author: Isaak Y Tecle
   5 ---
   6
   7 A draft for implementation of ANOVA on the trial pages.
   8 Anyone interested is welcome to implement any of the parts or modify this document.
   9
  10 ## Controller
  11 - function a query for phenotype data file
  12 - function for checking if the trial has experimental design
  13 - function for, if data appropriate for anova, creating anova output files
  14 - function to call an R script for the anova analysis
  15 - function to proces R anova output for display
  16
  17 ## R script
  18 - Reads in phenotype data from file
  19 - Saves output file names
  20 - Does filtering and preprocessing of data
  21 - Has run-time tests
  22 - Runs anova
  23 - Writes output to files
  24
  25 ## Mason
  26 - Has a button to call anova analysis
  27 - On button click js function to request analysis
  28 - Display template for anova table
  29 - Link to download anova table, BLUES, BLUPS and model summary
  30
  31 ## JavaScript
  32 - onclick, call phenotype data querying function in lib/SGN/Controller/Anova.pm
  33 - calls a function to check if data is appropriate for ANOVA
  34 - calls for ANOVA analysis
  35 - calls for trait selection menu
  36 - On analysis success, display output, links to download output
  37 - On failure, give informative feedback