mason/genomes/Solanum_lycopersicoides.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 </%doc>
   5
   6
   7 <& /page/page_title.mas, title=>"The <i>Solanum lycopersicoides</i> Genome Consortium
   8 " &>
   9
  10 <& /genomes/Solanum_lycopersicoides/usage_popup.mas &>
  11
  12 <div class="page_introduction">
  13
  14   <a href="/organism/Solanum%20lycopersicoides/view/"><i>Solanum
  15   lycopersicoides</i></a>  is a wild tomato species
  16   related to the domesticated <a href="/organism/Solanum lycopersicum/view"><i>Solanum
  17   lycopersicum</i></a>.
  18
  19 </div>
  20
  21 <&| /page/info_section.mas, title=>"Disclaimer and data access agreement" &>
  22
  23 <div style="text-align: justify; border: 1px solid gray; padding: 2em 3em 3em 3em">
  24
  25 <h3 style="text-align: center"><i>Solanum lycopersicoides</i> Data Access Agreement</h3>
  26 <h4 style="text-align: center">PLEASE READ BEFORE ACCESSING THE PRE-PUBLICATION SEQUENCE OF SOLANUM LYCOPERSICOIDES</h4>
  27
  28  The Boyce Thompson Institute and RWTH Aachen University are pleased to make the pre-publication
  29  Solanum lycopersicoides LA2951 genome sequences publicly available as a resource for plant breeding and biology.
  30
  31  By accessing these data, I hereby agree to respect the rights of the consortium to analyze and
  32  publish the first global analyses in a peer-reviewed publication according to the Toronto agreement.
  33  This includes:
  34  1) whole chromosome or whole genome level analyses on genes, gene families, and repetitive sequences and
  35  2) comparative analyses with other organisms.
  36  Studies that do not overlap with those planned by the consortium may be undertaken following an agreement.
  37  Please contact  <a href="mailto:usadel@bio1.rwth-aachen.de">Dr. Bjorn Usadel</a> or  <a href="mailto:srs57@cornell.edu">Dr. Susan Strickler</a>
  38  to discuss such possibilities.
  39
  40  The data may be freely downloaded and used by all who respect the restrictions described above.
  41  <b>Any use of the S. lycopersicoides genome data prior to its publication must follow the agreement
  42  and must credit "The Solanum lycopersicoides Genome Consortium".</b>
  43
  44
  45 </div>
  46
  47 </&>
  48
  49 <&| /page/info_section.mas, title => 'Assembly details' &>
  50
  51 <p>
  52 The genome was sequenced at 90X coverage using PacBio technology and was assembled with Canu.  Contigs were error-corrected with Quiver and Pilon and scaffolded with Hi-C.  Gaps were filled with PacBio sequence using PBJelly.
  53 <br><br>
  54 contig total length: 1,254,763,366 bp<br>
  55 no contigs: 17,507<br>
  56 longest contig: 3,446,189 bp<br>
  57 contig N50: 139,475 bp<br>
  58 <br>
  59 final assembly total length: 1,269,715,057 bp<br>
  60 no sequences: 3,096<br>
  61 final assembly N50: 93,894,821 bp<br>
  62 longest sequence: 133,820,975 bp<br>
  63 89.7% of the assembly is found in 12 scaffolds<br>
  64 </p>
  65
  66 </&>
  67
  68
  69 <&| /page/info_section.mas, title => 'Annotation details' &>
  70 <p>Augustus and snap were trained to use as predictors in the Maker pipeline. Sequence data used as input includes: PacBio IsoSeq, RNA-seq from leaves, fruit, and flowers, proteins from S. lycopersicum, S. pennellii, and refseq. A total of 37,938 genes were predicted, 34,240 of these are located on pseudomolecules.</p>
  71
  72 </&>
  73
  74
  75 <&| /page/info_section.mas, title => 'Available Data' &>
  76    <% info_table_html(
  77          __border   => 0,
  78          __multicol => 2,
  79    'Genome browser' => '<a href="/jbrowse_solgenomics/?data=data/json/Slyd0.6&tracks=DNA,gene_models">Jbrowse</a>',
  80    BLAST =>
  81    '<a href="/tools/blast/?db_id=302">Genomic scaffolds</a>'
  82      )
  83     %>
  84 </&>
  85
  86
  87 <%init>
  88   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
  89 </%init>