R/dataset/rosner_test.R

   1 # rosners_test
   2
   3 library('EnvStats')
   4
   5 ##### Get data #####
   6 args = commandArgs(trailingOnly = TRUE)
   7
   8 # (input_file_name, output_file_name, trait_name)
   9 input_file_name <- args[1]
  10 print(input_file_name)
  11 output_file_name <- args[2]
  12 print(output_file_name)
  13 trait_name <- args[2]
  14
  15 # errorMessages <- c()
  16
  17 table <- read.csv(input_file_name)
  18
  19 ##### remove NA #####
  20 table <- table[rowSums(is.na(table)) != ncol(table), ]
  21
  22 outliers_number = 3
  23
  24 ##### Make test #####
  25 test <- rosnerTest(table[, 1], k = outliers_number)
  26
  27 # table[test$all.stats$Obs.Num, 2]
  28
  29 ##### Default for test k = 3 loop if more outliers then 3 - it should return table with one extra row with first non outlier value  #####
  30 while (test$n.outliers == outliers_number)  {
  31   outliers_number =  outliers_number + 1
  32   test <- rosnerTest(table[, 1], k = outliers_number)
  33 }
  34
  35 # change observation number in data frame to phenotype id
  36 test$all.stats$Obs.Num <- table[test$all.stats$Obs.Num, 2]
  37
  38 # write csv file without first row
  39 write.csv(file = output_file_name, test$all.stats, row.names = FALSE)