Merge pull request #5230 from solgenomics/topic/open_pollinated
[sgn.git] / cgi-bin / tools / sigpep_finder / hmmlib / may10_combined_lenSPEX.hmm
blobf00175618b4e00a485ee0cc82bd471003e99140c
1 HMMER2.0  [2.3.2]
2 NAME  may10_combined_lenSPEX
3 LENG  30
4 ALPH  Amino
5 RF    no
6 CS    no
7 MAP   yes
8 COM   hmmbuild -g -F --fast --gapmax 0.8 may10_combined_lenSPEX.hmm ../genentech/may10_combined_lenSPEX.genentech
9 COM   hmmcalibrate may10_combined_lenSPEX.hmm
10 NSEQ  250
11 DATE  Mon May 10 17:08:58 2004
12 CKSUM 2855
13 XT      -8455     -4      0      *  -8455     -4      *      0 
14 NULT      -4  -8455
15 NULE     595  -1558     85    338   -294    453  -1158    197    249    902  -1085   -142    -21   -313     45    531    201    384  -1998   -644 
16 EVD    -9.920390   0.338111
17 HMM        A      C      D      E      F      G      H      I      K      L      M      N      P      Q      R      S      T      V      W      Y    
18          m->m   m->i   m->d   i->m   i->i   d->m   d->d   b->m   m->e
19            -7      *  -7741
20      1 -10847  -9581 -10652 -11021  -4537  -9664  -9697 -10656 -11152  -9777   5403 -10827 -10081 -10869 -10565 -11306 -11007 -10941  -9122  -8898     1
21      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
22      -   -131 -12902  -3527   -894  -1115   -701  -1378     -7      * 
23      2   1989  -1670    509    471  -1958    618  -1912  -2410    849  -1211    355  -1024  -5823  -1800   -260     -5   -669  -1086  -6397  -2632     2
24      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
25      -    -74 -12772  -4334   -894  -1115  -4467    -67      *      * 
26      3   -333    -93  -2033   -816    -12   -803    589    246    940   -740    768   -660   -332  -2254   1094   1282      2   -834  -1104   -554     3
27      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
28      -   -195 -12698  -2983   -894  -1115  -5036    -45      *      * 
29      4  -1880    392  -2477  -1472    658   -983   -265   -415   1596    214   -702    -66   -496  -1535    239   1451    142  -1152   -978  -1389     4
30      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
31      -   -240 -12503  -2706   -894  -1115  -5877    -25      *      * 
32      5  -1665    674  -4243  -1600  -2349   -780    633   -366   1571  -1973   1248    408  -1767    173    711   1303    802  -1504    213   -556     5
33      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
34      -   -516 -12263  -1734   -894  -1115  -6430    -17      *      * 
35      6  -1200   -688  -1095   -927    -29   -966    -52  -1397   1875  -1139   -157   -114  -1649   -212    687   1303   -182   -957   -192    637     6
36      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
37      -   -340 -11748  -2256   -894  -1115  -2547   -271      *      * 
38      7    144    807  -1881  -1186   -393   -436   -915   -102    157   -214    734    147    312    496    674    866   -434     -7  -5347   -542     7
39      -   -158   -469    211     27   -357    380     90   -590    220   -431   -680    276    381     28    114    380     92   -366   -304   -283 
40      -  -2063   -913  -2123  -2458   -290  -3138   -174      *      * 
41      8   -265   1080    -61   -219    702   -976   -889    154   1094    346   -883  -3750   -632  -3340  -1903   1305    347  -1336  -4730    -99    80
42      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
43      -   -841 -11593  -1180   -894  -1115  -2748   -232      *      * 
44      9    400  -3381  -5900  -5264   1657  -2164    453   1144  -4859   1584   1017  -4748  -1748  -4482  -4659    611  -1567     63   1228   -845    81
45      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
46      -     -1 -11217 -12260   -894  -1115  -2750   -232      *      * 
47     10    387    378  -6278  -5642   2013  -5481   -895    534  -5237   1498    661  -1882   -290  -1673  -5037   -702     39   1105  -4218  -3876    82
48      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
49      -     -1 -11617 -12659   -894  -1115  -2403   -302      *      * 
50     11   -223   -710  -6604  -5968   1800  -2933  -1154    373  -5563   1879    793  -1771  -1022  -2061  -5363    276   -427    671   -336  -1693    83
51      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
52      -     -1 -11956 -12998   -894  -1115  -1437   -665      *      * 
53     12    487   -308  -6387  -6005   2033  -3141   -281    902  -5666   1500    838  -1180  -1829  -2505  -5465   -367   -329    504   1086  -1973    84
54      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
55      -      0 -12377 -13419   -894  -1115  -1495   -632      *      * 
56     13    -29    675  -7213  -6577   2174  -2165  -5286    746  -6171   1375    912  -2012  -1967  -2607  -5971     63   -609   1219   -110  -2276    85
57      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
58      -      0 -12583 -13625   -894  -1115  -1685   -538      *      * 
59     14    -63    544  -6689  -6308   1586  -1118  -4968   1007  -5968   1839     19  -5799  -2169  -1932  -5767    199  -1022    889   -204  -2307    86
60      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
61      -      0 -12686 -13729   -894  -1115  -1458   -653      *      * 
62     15    115    801  -7392  -6756   1740  -2208  -5465   1024  -6351   1746    343  -3251  -2324  -1396  -6151    130   -748    825   -328  -2402    87
63      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
64      -      0 -12766 -13808   -894  -1115   -931  -1072      *      * 
65     16   -341    458  -7463  -6827   1928  -1879  -5536   1096  -6421   1474    565  -1570  -2435  -2796  -6221   -690    -57   1409  -1222  -1114    88
66      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
67      -      0 -12838 -13880   -894  -1115   -430  -1957      *      * 
68     17      6    153  -6701  -6383   2163  -1573  -5029   1045  -6062   1722    472  -1102  -2168  -5637  -5861   -677   -576    862  -4630  -4801    89
69      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
70      -      0 -12887 -13930   -894  -1115   -241  -2701      *      * 
71     18    449    853  -7525  -6889   1888  -2374  -1104    709  -6484   1663   1028  -1699  -2392  -1540  -6284    -25  -1786    792  -5464  -1200    90
72      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
73      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
74     19      3   1125  -7522  -6886   1358  -1912  -1175   1167  -3521   1702    -10  -2395  -3300  -1899  -3163    178   -854   1043  -5464  -1162    91
75      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
76      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
77     20    374    468  -2872  -3345   2283  -1228  -5592    314  -3453   1455    478  -6357  -2337  -2159  -2228    165  -1071    899  -5467  -1575    92
78      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
79      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
80     21    361    772  -1784  -2499   1721   -128   -671     46  -3469   1384    300  -1739   -670  -2028  -2346    166    -94    468  -1517  -2684    93
81      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
82      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
83     22    572  -7414 -10503 -10004   1911 -10330  -9323   1025  -9865   1950   1400 -10031  -9525  -8847  -9498  -9715  -7891   1568  -7912  -8059    94
84      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
85      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
86     23   1580  -7182 -10113  -9562   1453  -9722  -8624   1276  -9327   1633  -2171  -9403  -9169  -8468  -8996  -8981  -7567   1767  -1298  -7624    95
87      -   -157   -455    224     42   -387    400    123   -622    202   -466   -731    277    396     38     88    374    128   -377   -305   -250 
88      -  -3239  -2626   -450  -1145   -868   -701  -1378      *      * 
89     24  -3164    995   -479    -81    246   -956  -2981    772  -1180    340  -3101  -1188     16   -907  -3165   1907    936   -970  -4279   -944   114
90      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
91      -     -1 -11002 -12045   -894  -1115  -1683   -538      *      * 
92     25  -2533     24   -801  -2067  -5540    777    698   -635  -3170   -764  -1175   -689   1316    449    130   1693    959  -2595  -5479    398   115
93      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
94      -     -1 -11884 -12927   -894  -1115  -1867   -462      *      * 
95     26  -2037    368  -1961  -1037   -985   -305    637  -1079   -483   -314  -4771   -220   1102    548  -1360   1362   1410   -404  -5870    565   116
96      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
97      -      0 -12236 -13278   -894  -1115  -2404   -302      *      * 
98     27    795    918  -6123  -5533  -4604  -2188  -1644    342  -2819  -1640   -660    236  -1855   -966  -1849   1694   1462   1538  -5069  -4699   117
99      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
100      -      0 -12382 -13424   -894  -1115    -12  -6871      *      * 
101     28   -369   -874  -1448    -57   1103  -1833   1325    405  -1253    153    239    654  -6031   -856   -659   1174    339   -202  -6339    214   118
102      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
103      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
104     29   2655    624  -3457  -5733  -1072   1316  -5278  -2391  -3246  -1400  -1204  -1152  -1828  -1864  -3209    996   -873  -2519  -5642  -5255   119
105      -   -149   -500    233     43   -381    399    106   -626    210   -466   -720    275    394     45     96    359    117   -369   -294   -249 
106      -      0 -12902 -13944   -894  -1115   -701  -1378      *      * 
107     30   1167  -1064    619    -40   -432   -280  -4521   -672   -372   -738  -5417  -1485  -1743   1463    348    503     35   -702   -474    147   120
108      -      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      *      * 
109      -      *      *      *      *      *      *      *      *      0