mason/about/sgn/tools.mas

   1 <%once>
   2   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
   3 </%once>
   4
   5 <&| /page/info_section.mas, title => 'Data' &>
   6 <dl>
   7 <dt>Solanaceae and other Genomes</dt>
   8 <dd>SGN is a home for Solanaceae and closely related genomes, such as selected Rubiaceae genomes (e.g., <i>Coffea</i>). The <a href="/organism/Solanum_lycopersicum/genome">tomato</a>, <a href="/organism/Solanum_tuberosum/genome">potato</a>, <a href="/organism/Capsicum_annuum/genome">pepper</a>, and <a href="/organism/Solanum_melongena">eggplant</a> genome are examples of genomes that are currently available. If you would like to include a Solanaceae genome that you sequenced in SGN, please <a href="/contact/form">contact us</a>.</dd>
   9 <dt>ESTs</dt>
  10 <dd>SGN houses EST collections for tomato, potato, pepper, eggplant and
  11 petunia and corresponding unigene builds. EST sequence data and cDNA
  12 clone resources greatly facilitate cloning strategies based on
  13 sequence similarity, the study of syntenic relationships between
  14 species in comparative mapping projects, and are essential for
  15 microarray technology.
  16 </dd>
  17 <dt>Unigenes</dt>
  18 <dd>SGN assembles and publishes unigene builds from these EST sequences.  For more information, see <a href="/methods/unigene/index.pl">Unigene Methods</a>.</dd>
  19 <dt>Maps and Markers</dt>
  20 <dd>SGN has genetic maps and a searchable catalog of markers for
  21 tomato, potato, pepper, and eggplant.</dd>
  22   </ul>
  23 </dd>
  24 <dt>Tools</dt>
  25 <dd>SGN makes available a wide range of web-based bioinformatics tools
  26 for use by anyone, listed <a href="/tools/">here</a>.  Some of our
  27 most popular tools include <a href="/tools/blast/">BLAST</a> searches,
  28 the <a href="/tools/solcyc/">SolCyc biochemical pathways database</a>,
  29 a <a href="/tools/caps_designer/caps_input.pl">CAPS experiment
  30 designer</a>,  an <a href="/tools/align_viewer/">Alignment Analyzer</a> and <a href="/tools/tree_browser/">browser for phylogenetic trees</a>. The <a href="http://vigs.solgenomics.net">VIGS tool</a> can help predict the properties of VIGS (Viral Induced Gene Silencing) constructs.</dd>
  31
  32 </dl>
  33
  34 <p>The data in SGN have been submitted by many different research
  35 groups around the world which are acknowledged on the corresponding
  36 pages on SGN.  If you have data you would like to submit for display
  37 on SGN, please use the <a href="/contact/form">contact us</a> web form.</p>
  38
  39 <p>For more information about SGN datasets, see the <a href= "/content/sgn_data.pl">SGN Data
  40 Overview</a>. Entire datasets can also be downloaded from our <a href="ftp://ftp.solgenomics.net">FTP site</a>.</p>
  41
  42 </&>
  43
  44
  45 <&| /page/info_section.mas, title => 'SGN community-driven gene and phenotype database' &>
  46 <ul style="margin: 0; padding-left: 1em">
  47
  48    <li>We have developed simple web interfaces for the SGN user-community to submit, annotate, and curate the Solanaceae locus and phenotype databases. Our goal is to share biological information, and have the experts in their field
  49    review existing data and submit information about their favorite genes and phenotypes.</li>
  50
  51    <li>Please read more about the <a href="/phenome/index.pl">phenome database</a>
  52     and how to submit information to SGN.</li>
  53
  54 </ul>
  55 </&>