mason/cview/chr/index.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /cview/chr/index.mas - a mason component to view a chromosome with comparative features
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 This component essentially displays the SGN comparative viewer chromosome-level page.
  11
  12 =head2 Arguments:
  13
  14 =over 10
  15
  16 =item $chr_nr
  17
  18 specifies the chromosome to be displayed.
  19
  20 =item $map_id
  21
  22 specifies the map to be displayed. Either map_id or map_version_id are required. Mutually exclusive with map_version_id.
  23
  24 =item $map_version_id
  25
  26 specifies the version of the map to be displayed. Either map_id or map_version_id are required. Mutually exclusive with map_id.
  27
  28 =item $cM
  29
  30 The offset (usually in cM, but not always) that should be displayed zoomed in.
  31
  32 =item $default_map_id
  33
  34 The map_id of the map that should be displayed when no map_id is provided.
  35
  36 =item $show_offsets
  37
  38 =item $cview_db_backend
  39
  40 Provide the name of the cview db backend. Either cxgn or Cassava.
  41
  42 =back
  43
  44 =head1 AUTHOR
  45
  46 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  47
  48 =cut
  49
  50 </%doc>
  51
  52 <%args>
  53 $dbh
  54 $chr_nr
  55 $map_id => undef
  56 $map_version_id => undef
  57 $cM => 0
  58 $clicked => 0
  59 $zoom => 0
  60 $show_offsets => 0
  61 $show_physical => 0
  62 $show_ruler => 0
  63 $show_IL => 0
  64 $show_zoomed => undef
  65 $comp_map_id => undef
  66 $comp_map_version_id => undef
  67 $comp_chr => undef
  68 $color_model => undef
  69 $marker_type => undef
  70 $force => 0
  71 $map_chr_select => ''
  72 $size => undef
  73 $hilite => undef
  74 $cM_start => undef
  75 $cM_end => undef
  76 $confidence => undef
  77 $default_map_id => undef
  78 $cview_db_backend => 'cxgn'
  79 </%args>
  80
  81 <%perl>
  82
  83 use CXGN::Cview::ChromosomeViewer;
  84
  85 my $viewer = CXGN::Cview::ChromosomeViewer -> new($dbh);
  86
  87 $viewer -> set_temp_dir(File::Spec->catfile($c->get_conf('tempfiles_subdir'), "cview"));
  88 $viewer -> set_basedir($c->get_conf('basepath'));
  89
  90 $viewer -> set_show_offsets($show_offsets);
  91 $viewer -> set_map_id($map_id);
  92 $viewer -> set_map_version_id($map_version_id);
  93 $viewer -> set_ref_chr($chr_nr);
  94 $viewer -> set_cM($cM);
  95 $viewer -> set_clicked($clicked);
  96 $viewer -> set_zoom($zoom);
  97 $viewer -> set_show_physical($show_physical);
  98 $viewer -> set_show_ruler($show_ruler);
  99 $viewer -> set_show_IL($show_IL);
 100 $viewer -> set_comp_map_id($comp_map_id);
 101 $viewer -> set_comp_map_version_id($comp_map_version_id);
 102 $viewer -> set_comp_chr($comp_chr);
 103 $viewer -> set_color_model($color_model);
 104 $viewer -> set_display_marker_type($marker_type);
 105 $viewer -> set_force($force);
 106 $viewer -> set_default_map_id($default_map_id);
 107 $viewer -> set_db_backend($cview_db_backend);
 108
 109 if ($map_chr_select) {
 110     my ($comp_map_id, $comp_chr) = split / /, $map_chr_select;
 111     $viewer->set_comp_map_version_id($comp_map_id);
 112     $viewer->set_comp_chr($comp_chr);
 113 }
 114 $viewer -> set_size($size);
 115 $viewer -> set_hilite($hilite);
 116 $viewer -> set_cM_start($cM_start);
 117 $viewer -> set_cM_end($cM_end);
 118 $viewer -> set_confidence($confidence);
 119 $viewer -> set_show_zoomed($show_zoomed);
 120
 121 $viewer->generate_page();
 122
 123 </%perl>