mason/cview/map/stats.mas

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   2 <%doc>
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   4 Arguments: $map - an object implementing the CXGN::Cview::Map interface.
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   6 </%doc>
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   8 <%args>
   9 $chr_url
  10 $marker_stats
  11 $map_version_id
  12 @chromosome_stats
  13 @chromosome_names
  14 $force => 0
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  16 </%args>
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  18 <& /util/import_javascript.mas, classes => ['MochiKit.Async', 'CXGN.Effects'] &>
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  21   <table summary="map stats" align="center" border="0">
  22   <tr>
  23   <td valign="middle"><b>Click to view a given chromosome<br /><br /></b></td>
  24   <td width="70">&nbsp;</td>
  25   <td><b>Marker collections:</b><br /><br /></td>
  26   </tr>
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  29   <tr><td>
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  31   <table summary="marker stats table" >
  32   <tr><td>&nbsp;</td><td>\# markers</td></tr>
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  35 <%perl>
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  37 my %marker_info = ();
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  39 my $total_markers=0;
  40 for (my $i=0; $i<@chromosome_names; $i++) {
  41   $map_stats .= "<tr><td><a href=\"<% $chr_url %>?map_version_id=$map_version_id&amp;chr_nr=$chromosome_names[$i]&amp;hilite=$hilite_encoded\"><b>Chromosome $chromosome_names[$i]</b></a></td><td align=\"right\"><a href=\"/search/markers/markersearch.pl?w822_nametype=starts+with&w822_marker_name=&w822_mapped=on&w822_species=Any&w822_protos=Any&w822_colls=Any&w822_pos_start=&w822_pos_end=&w822_confs=Any&w822_submit=Search&w822_chromos=$chromosome_names[$i]&w822_maps=$map_id\">$marker_info{$hash_key}</a></td></tr>\n";
  42   $total_markers += $marker_info{$hash_key};
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  44   $map_stats .= qq { <tr><td colspan="2">&nbsp;</td></tr><tr><td><b>Total mapped:</b></td><td align=\"right\"><b>$total_markers</b></td></tr>\n };
  45 $map_stats .=  "</table>\n";
  46   my $marker_type_table = "";
  47   if (!exists($marker_info{$map_version_id}) || $force) {
  48     $marker_info{$map_version_id} = $map->get_map_stats();
  49   }
  50 }
  51 </%perl>
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  53     </td><td>&nbsp;</td><td valign="middle"><% $marker_info{$map_version_id} %></td></tr>
  54     </table>
  55     <br /><br />
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