mason/dynamic/solcyc.mas

   1
   2
   3 <%args>
   4
   5 </%args>
   6
   7 <style>
   8
   9 .tier {
  10 background-color:lightyellow;
  11 padding:1px;
  12 border:1px solid red;color:red;
  13 }
  14
  15 </style>
  16
  17 <& /page/page_title.mas, title => "<a href=\"http://solcyc.solgenomics.net/\">SolCyc</a> Biochemical Pathways" &>
  18
  19 <div class="boxbgcolor1">
  20 <p>
  21 SolCyc is a collection of Pathway Genome Databases (PGDBs) for Solanaceae species generated using <a href="http://bioinformatics.ai.sri.com/ptools/">Pathway Tools</a> software from <a href="http://www.sri.com">SRI International</a>, the same software that is used in <a href="http://www.arabidopsis.org/tools/aracyc/">AraCyc</a> for <i>Arabidopsis thaliana</i> and <a href="http://www.ecocyc.org">EcoCyc</a> for <i>E. coli</i>.
  22 </p>
  23 <p>
  24 Currently, databases for tomato, potato, and pepper are available, generated from the respective genome annotations. Databases that have received significant curation are marked with a <span class="tier">TIER 1</span>. The eggplant database is not longer supported or available.
  25 </p>
  26
  27
  28 <h4>Species-specific databases:</h4>
  29 <ul>
  30   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=LYCO"><b>Tomato</b> <i>Solanum lycopersicum</i> (LycoCyc)</a> </li>
  31
  32   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/POTATO/server.html"><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=POTATO"><b>Potato</b> <i>Solanum tuberosum</i> (PotatoCyc)</a></li>
  33
  34   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=CAP"><b>Pepper</b> <i>Capsicum annuum</i> (CapCyc)</a></li>
  35
  36   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=COFFEA"><b>Coffee</b> <i>Coffea arabica</i> (CoffeaCyc)</a></li>
  37
  38   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=PET"><b>Petunia</b> <i>Petunia hybrida</i> (PetCyc)</a></li>
  39
  40   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=TobaccoCyc"><b>Tobacco</b> <i>Nicotiana tabacum</i> (K326Cyc)</a> <span class="tier">TIER 1</span></li>
  41
  42   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=NATT"><i>Nicotiana attenuata</i> (NattCyc)</a> <span class="tier">TIER 1</span></li>
  43
  44   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=NISYL"><i>Nicotiana sylvestris</i> (NiSylCyc)</a> <span class="tier">TIER 1</span></li>
  45
  46   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object=NITOM"><i>Nicotiana tomentosiformis</i> (NiTomCyc)</a></li>
  47
  48  </ul>
  49 <h4>Multi-species databases:</h4>
  50 <ul>
  51   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object="><b>Tobacco</b> Combined Nicotiana genus (NicotianaCyc)</a> <span class="tier">TIER 1</span></li>
  52   <li><a target="_blank" href="http://solcyc.solgenomics.net/organism-summary?object="><b>Solanaceae</b> Combined Solanaceae database (SolanaCyc)</a> <span class="tier">TIER 1</span></li>
  53 </ul>
  54
  55 <p>
  56 More databases will be generated in the future, and the annotation will be improved by adding more Solanaceae specific pathways.
  57 </p>
  58 <p>
  59 Note the availability of the <a href="http://solcyc.solgenomics.net/expression.html">Omics viewer</a>, which allows microarray, gene chip, proteomics, and metabolomic information to be overlaid over the pathway overview diagrams.
  60 </p>
  61 </div>
  62
  63
  64 <b>Programmatic interfaces for Pathway Tools</b>:<br />
  65 We currently maintain a Perl interface and a Java interface for Pathway Tools:
  66 <a href="ftp://ftp.solgenomics.net/programs/javacyc/javacyc.tar.gz">JavaCyc</a> and <a href="ftp://ftp.solgenomics.net/programs/perlcyc/perlcyc.tar.gz">PerlCyc</a>. More information is available on the <a href="/downloads/">software downloads</a> page.
  67
  68 };