mason/gem/target/hybridization_composition.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  hybridization_composition.mas
   6  Mason component to show data about hybridizations.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show information for hybridization web page.
  19  This component is used by platform, experiment and target
  20  Use as argument an array reference composed by CXGN::GEM::Target objects.
  21
  22  - Mason root page = platform_detail.mas, experiment_detail.mas, target_detail.mas
  23  - Perl controller = platform.pl, experiment.pl, target.pl
  24
  25 =cut
  26
  27 =head 1 AUTHOR
  28
  29  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  30
  31 =cut
  32
  33 </%doc>
  34
  35
  36 <%args>
  37 $target_list
  38 </%args>
  39 <%init>
  40 use strict;
  41 use warnings;
  42
  43 use CXGN::GEM::Schema;
  44 use CXGN::GEM::Platform;
  45
  46 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  47 </%init>
  48
  49 <%perl>
  50
  51
  52 my $hyb_comp_content;
  53
  54 ## If there aren't any experiment that comes from experimental design it will do nothing.
  55 ## The error message will returned by basic information
  56
  57 my @data;
  58 my $hyb_composition_html;
  59
  60 my @target_list = @{ $target_list };
  61
  62 if (scalar(@target_list) > 0) {
  63
  64     ## Get the schema
  65     my $schema = $target_list[0]->get_schema();
  66
  67     foreach my $target (@target_list) {
  68         my $target_id = $target->get_target_id();
  69         my $target_name = $target->get_target_name();
  70         my $target_link = '/gem/target.pl?id='.$target_id;
  71         my $target_html = "<a href=$target_link>$target_name</a>";
  72
  73         my $exp = $target->get_experiment();
  74         my $exp_id = $exp->get_experiment_id();
  75         my $exp_name = $exp->get_experiment_name();
  76         my $exp_link = '/gem/experiment.pl?id='.$exp_id;
  77         my $exp_html = "<a href=$exp_link>$exp_name</a>";
  78
  79         my @hyb_rows = $schema->resultset('GeHybridization')
  80                               ->search({ target_id => $target_id });
  81
  82         foreach my $hyb_row (@hyb_rows) {
  83             my $hyb_id = $hyb_row->get_column('hybridization_id');
  84             my $platform_id = $hyb_row->get_column('platform_id');
  85             my $platform = CXGN::GEM::Platform->new($schema, $platform_id);
  86
  87             my $platform_name = $platform->get_platform_name();
  88             my $platform_link = '/gem/platform.pl?id='.$platform_id;
  89             my $platform_html = "<a href=$platform_link>$platform_name</a>";
  90
  91             push @data, [$hyb_id, $platform_html, $exp_html, $target_html];
  92         }
  93
  94     }
  95
  96     ## Use columnar table to give the html format. If don't exists any data, print message.
  97
  98     $hyb_composition_html = columnar_table_html(  headings => [ 'Hybridization id', 'Platform', 'Experiment', 'Target'],
  99                                                   data     => \@data,
 100                                                   __alt_freq => 2,
 101                                                   __align  => ['c', 'l', 'l', 'l'],
 102                                                );
 103
 104
 105
 106 }
 107 else {
 108     $hyb_composition_html = "No hybridization associated with this element <br>";
 109 }
 110
 111 my $hyb_n = scalar(@data);
 112     $hyb_comp_content = info_section_html( title        => "Hybridizations (".$hyb_n.")",
 113                                            contents     => $hyb_composition_html,
 114                                            collapsible  => 1,
 115                                            collapsed    => 1, );
 116
 117
 118 </%perl>
 119
 120 <% $hyb_comp_content %>
 121
 122
 123 <&
 124    /util/import_javascript.mas,
 125    classes => 'CXGN.Effects'
 126 &>