mason/organism/view_organism.mas

   1
   2 <%args>
   3 $organism_name
   4 $organism_id
   5 $taxon => ''
   6 $common_name
   7 $description => ''
   8 $comment => ''
   9 @synonyms => ()
  10 $taxonomy => ''
  11 $accessions => ''
  12 $solcyc => ''
  13 $solcyc_link => ''
  14 $ploidy => ''
  15 $genome_size => ''
  16 $chromosome_number => ''
  17 $maps => ''
  18 $est_attribution => ''
  19 @libraries => ()
  20 $phenotypes => ''
  21 $onto_count => ''
  22 $trait_count => ''
  23 $loci => ''
  24 $qtl_data => undef
  25 $user_id => undef
  26 $privileged_user => undef
  27 $form => undef;
  28 $static_data => undef;
  29 $images => []
  30 </%args>
  31
  32 <%perl>
  33 my $this_page = "/organism/$organism_id/view/";
  34 my $image_subtitle =
  35 !$privileged_user ?
  36 "<span class= \"ghosted\">[Add new image]</span> "
  37 : " <a href=\"/image/add?type_id=$organism_id&type=organism&action=new&refering_page=$this_page\">[ Add new image]</a>" ;
  38 </%perl>
  39
  40 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery", "thickbox", "CXGN.Page.FormattingHelpers"] &>
  41
  42
  43 <& /page/page_title.mas, title=>"Details for $taxon <i>$organism_name</i>" &>
  44
  45 <&| /page/info_section.mas, title=>'Basic information' &>
  46 <& /organism/basic_info.mas, name=>$organism_name, common_name=>$common_name, description=>$description, comment=>$comment, synonyms=> \@synonyms &>
  47 </&>
  48
  49 <& /organism/taxonomy.mas, taxonomy=>$taxonomy &>
  50
  51 <&| /page/info_section.mas, title=>"Images" , subtitle=>$image_subtitle &>
  52 <& /image/print_images.mas, images => $images &>
  53 </&>
  54
  55
  56 <& /organism/accessions.mas, accessions => $accessions &>
  57
  58 % if ($taxon ne 'species' && $taxon ne 'subspecies') { return; }
  59
  60 <&| /page/info_section.mas, title=>'Metabolic details' &>
  61 <% $solcyc_link %>
  62 </&>
  63
  64 <&| /page/info_section.mas, title=>'Genome data', collapsible=>1 &>
  65 <& /organism/genomic_details.mas, ploidy => $ploidy, genome_size=>$genome_size, chromosome_number => $chromosome_number, loci=>$loci, maps=>$maps &>
  66
  67
  68 </&>
  69
  70 <&| /page/info_section.mas, title=>'Transcript Information', collapsible => 1 &>
  71
  72 % my @links = map { qq|<a href="/content/library_info.pl?library=$_">$_</a>| } @libraries;
  73
  74 <& /page/info_table.mas,
  75    data => [
  76   'Libraries ('.scalar(@links).')' => (join ", ", (@links)),
  77   Attribution => $est_attribution ], border => 0
  78  &>
  79 </&>
  80
  81
  82 <&| /page/info_section.mas, title=>'Phenomic Details', collapsible=>1 &>
  83
  84 Number of phenotyped lines : <% $phenotypes %>
  85 <br />
  86 Number of traits scored  : <% $trait_count %>
  87 <br />
  88 Number of ontology annotations : <% $onto_count %>
  89 <br /><br />
  90
  91
  92 <&| /page/info_section.mas, title=>'QTL data', is_subsection=>1 &>
  93
  94 % if ($qtl_data) {
  95   <& /page/columnar_table.mas,
  96     data => $qtl_data,
  97     headings => [ 'Name', 'Traits' ],
  98     __alt_freq   => 2,
  99     __alt_width  => 1,
 100     __alt_offset => 3,
 101     __align      => 'l' &>
 102 %}
 103  </&>
 104 </&>
 105
 106
 107
 108 <& /organism/project_metadata.mas, organism_id=>$organism_id &>
 109
 110
 111
 112 <& /page/comments.mas, object_type=>"organism", object_id=>$organism_id, referer=>$this_page &>
 113