mason/secretom/secretary/instructions.mas

   1 <& /page/page_title.mas, title => 'Instructions for using the <span class="secretary">SecreTary</span> signal peptide predictor' &>
   2
   3 <& /secretom/secretary/nav.mas, curr_page => 'instructions' &>
   4
   5 <div class="indented_content">
   6
   7   <p>
   8    <span class="secretary">SecreTary</span> is for prediction of signal peptides from the amino acid
   9    sequence of a protein. Signal peptides generally possess a common
  10    structural design, which is characterized by a short, positively
  11    charged n-region followed by a hydrophobic region (h-region) and a
  12    somewhat polar and uncharged cleavage site (c-region). It should be
  13    more emphasized that the h-region is known to be important for the
  14    translocation of the signal peptides to the ER. To improve the
  15    performance of the signal peptide prediction, we have developed new
  16    parameters such as the overall hydrophobicity and amino acid
  17    composition in the h-region as input. <span class="secretary">SecreTary</span> is mainly trained
  18    and tested on the plant secretome that has been identified through
  19    functional screens including a yeast secretion trap.
  20   </p>
  21
  22   <p>
  23    Questions or suggestions about <span class="secretary">SecreTary</span> should be addressed to
  24    Jocelyn K.C. Rose (<a href="mailto:jr286@cornell.edu">
  25    jr286@cornell.edu</a>).
  26   </p>
  27
  28 </div>
  29
  30 <&| /page/info_section.mas, title => '1. Input Sequences' &>
  31
  32   <p>
  33   The amino acid sequences can be input by pasting one or more
  34   protein sequences, in <b>FASTA format</b> into the <span class="secretary">SecreTary</span> input
  35   page. <span class="secretary">SecreTary</span> analyses proteins at a rate of approximate
  36   80/second. At present there is a limit of 10000 sequences. All the
  37   input sequences must be in one-letter amino acid code, not case-sensitive.
  38   All letters of the alphabet are accepted, but <b>B J O U </b> and <b>Z</b>
  39   are replaced by <b>X</b> before analysis.
  40   </p>
  41
  42   <h3>An example:</h3>
  43   <& /sequence/with_markup.mas,
  44          seq => Bio::PrimarySeq->new(
  45                      -id => 'P05117_Tomato',
  46                      -seq => 'MVIQRNSILLLIIIFASSISTCRSNVIDDNLFKQVYDNILEQEFAHDFQAYLSYLSKNIESNNNIDKVDKNGIKVINVLSFGAKGDGKTYDNIAFEQAWNEACSSRTPVQFVVPKNKNYLLKQITFSGPCRSSISVKIFGSLEASSKISDYKDRRLWIAFDSVQNLVVGGGGTINGNGQVWWPSSCKINKSLPCRDAPTALTFWNCKNLKVNNLKSKNAQQIHIKFESCTNVVASNLMINASAKSPNTDGVHVSNTQYIQISDTIIGTGDDCISIVSGSQNVQATNITCGPGHGISIGSLGSGNSEAYVSNVTVNEAKIIGAENGVRIKTWQGGSGQASNIKFLNVEMQDVKYPIIIDQNYCDRVEPCIQQFSAVQVKNVVYENIKGTSATKVAIKFDCSTNFPCEGIIMENINLVGESGKPSEATCKNVHFNNAEHVTPHCTSLEISEDEALLYNY',
  47                  ),
  48           subdiv => 0,
  49           width => 100,
  50    &>
  51
  52 </&>
  53
  54 <&| /page/info_section.mas, title => '2. Submission' &>
  55
  56   Paste the sequence(s) into the window, or click browse to select a
  57   fasta file on your disk for analysis. Then, click on the "Submit"
  58   button. Expect to wait about 10-15 seconds to see the results of
  59   analyzing 1000 sequences.
  60
  61 </&>
  62
  63 <style type="text/css">
  64 .yellow { background: yellow }
  65 .blue { background: #aaf }
  66
  67 </style>
  68 <&| /page/info_section.mas, title => '3. Output' &>
  69
  70   <p>
  71   For each sequence <span class="secretary">SecreTary</span> gives a score; sequences with scores
  72   greater than or equal to 0.75 are predicted to have a signal peptide.
  73   For each predicted signal peptide the
  74   predicted length is shown, and the location of the hydrophobic
  75   region (in
  76   <FONT style=BACKGROUND-COLOR: #AAAAFF">blue</FONT>
  77   ) within the predicted signal peptide (in
  78   <FONT style=BACKGROUND-COLOR: #FFDD66">yellow</FONT>
  79   ). On the input page you can choose
  80   to sort the output by score, with the higher scores (strongest
  81   candidates) at the top, and you can suppress output for sequences
  82   with no predicted signal peptide.
  83   </p>
  84
  85   <h3>An example:</h3>
  86   <pre>
  87
  88 <pre class="secretary_results">
  89 Identifier       SP    Score   Length     Sequence 10        20        30        40        50        60
  90                                                    |         |         |         |         |         |
  91
  92 AT1G50920.1      NO     0         -       MVQYNFKRITVVPNGKEFVDIILSRTQRQTPTVVHKGYKINRLRQFYMRKVKYTQTNFHAKL...
  93 AT1G36960.1      NO     0         -       MTRLLPYKGGDFLGPDFLTFIDLCVQVRGIPLPYLSELTVSFIAGTLGPILEMEFNQDTSTY...
  94 AT1G44020.1      NO     0         -       MDSESESKLISFISQLVSRNNTDSENISCMIQTISLVSSMDLKSQPKPESKLMSLVTQTISL...
  95 AT1G15970.1      NO     0         -       MSVPPRFRSVNSDEREFRSVLGPTGNKLQRKPPGMKLEKPMMEKTIIDSKDEKAKKPTTPAS...
  96 AT1G73440.1      NO     0         -       MARGESEGESSGSERESSSSSSGNESEPTKGTISKYEKQRLSRIAENKARLDALGISKAAKA...
  97 AT1G75120.1      YES    0.8875   31       <FONT style="BACKGROUND-COLOR: #FFDD66">MAVRKEKVQPFRECG</FONT><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #AAAAFF">IAIAVLVGIFI</FONT><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #FFDD66">GCVCT</FONT>ILIPNDFVNFRSSKVASASCESPERVKMFKA...
  98 AT1G17600.1      NO     0         -       MVSSSAPRVSKYDVFLSFRGEDTRKTIVSHLYAALDSRGIVTFKDDQRLEIGDHISDELHRA...
  99 AT1G51380.1      NO     0         -       MEGTLDEENLVFETTKGIKPIKSFDDMGMNDKVLRGVYDYGYKKPSEIQQRALVPILKGRDV...
 100 AT1G77370.1      YES    0.7625   26       <FONT style="BACKGROUND-COLOR: #FFDD66">MVDQSPRR</FONT><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #AAAAFF">VVVAALLLFVVL</FONT><FONT style="BACKGROUND-COLOR: #FFDD66">CDLSNS</FONT>AGAANSVSAFVQNAILSNKIVIFSKSYCPYCLRSKR...
 101 AT1G44090.1      NO     0         -       MCIYASRQTVCPYLTPFKVKRPKSREMNSSDVNFSLLQSQPNVPAEFFWPEKDVAPSEGDLD...
 102
 103 2 secreted sequences predicted out of 10.
 104    </pre>
 105 </&>
 106
 107 <&| /page/info_section.mas, title => '4. Getting help' &>
 108   Please contact: <a href="mailto:sgn-feedback@sgn.cornell.edu">sgn-feedback@sgn.cornell.edu</a>.
 109 </&>
 110
 111 <a href="/secretom/secretary">Return to <span class="secretary">SecreTary</span> input</a>