mason/secretom/secretary/result.mas

   1 <%args>
   2 $STresults
   3 </%args>
   4 <& /page/page_title.mas, title => 'SecreTary: Computational prediction of secreted proteins' &>
   5
   6 <&| /page/info_section.mas, title => 'SecreTary Signal Peptide (SP) Predictions' &>
   7
   8 <% # put in the highlighting, etc. %>
   9 <%perl>
  10 my $show_max_length = 62;
  11 my $result_string = '';
  12 my $count_pass = 0;
  13 foreach (@$STresults){
  14         my ($id, $prediction, $STscore, $sp_length, $sequence, $hstart, $cstart ) = @{$_};
  15         my $orig_length = length $sequence;
  16         while(length $sequence < $show_max_length){
  17                 $sequence .= '          ';
  18         }$sequence = substr($sequence, 0, $show_max_length);
  19         my $hl_sequence;
  20         if ( $prediction eq "YES" ) {
  21                 $count_pass++;
  22                 my $bg_color_nc = "#FFDD66";
  23                 my $bg_color_h  = "#AAAAFF";
  24                 $hl_sequence =
  25                         '<FONT style="BACKGROUND-COLOR: '
  26                         . "$bg_color_nc" . '">'
  27                         . substr( $sequence, 0, $hstart )
  28                         . '</FONT>'
  29                         . '<FONT style="BACKGROUND-COLOR: '
  30                         . "$bg_color_h" . '">'
  31                         . substr( $sequence, $hstart, $cstart - $hstart )
  32                         . '</FONT>'
  33                         . '<FONT style="BACKGROUND-COLOR: '
  34                         . "$bg_color_nc" . '">'
  35                         . substr( $sequence, $cstart, $sp_length - $cstart )
  36                         . '</FONT>'
  37                         . substr( $sequence, $sp_length, $show_max_length - $sp_length );
  38         }
  39         else { # prediction is no signal peptide
  40                 $hl_sequence = $sequence;
  41                 $sp_length   = " - ";
  42         }
  43         # $STscore     = substr($STscore . '        ', 0, 8);
  44         $sp_length = substr($sp_length . '   ', 0, 3);
  45         $hl_sequence .= ( $orig_length > length $sequence ) ? '...' : '   ';
  46         $result_string .=
  47                 "$id  $prediction    $STscore $sp_length      $hl_sequence\n";
  48 }
  49 </%perl>
  50
  51 <pre class="secretary_results">
  52 Identifier       SP    Score   Length     Sequence 10        20        30        40        50        60
  53                                                    |         |         |         |         |         |
  54
  55 <% $result_string %>
  56 <% $count_pass %> secreted sequences predicted out of <% scalar @$STresults %>.
  57 </pre>
  58
  59 <a href="/secretom/secretary">Return to SecreTary input page</a>
  60
  61 </&>