mason/tools/sequence_metadata/jbrowse_config_sequence_metadata.mas

   1 <script type="text/javascript">
   2
   3 /**
   4  * CONFIGURATION FOR JBROWSE INTEGRATION INTO SEQUENCE METADATA QUERY RESULTS
   5  * enabled: true to enable JBrowse link/button in results table
   6  * base_url: host and base url to JBrowse (default: website host with jbrowse_path from sgn.conf)
   7  * data_dir: JBRowse data directory to include
   8  * tracks: list of track names to include with the sequence metadata
   9  * location_name: function to convert sequence metadata feature name into JBrowse location name
  10  * query_params: additional query parameters to add to the sequence metadata gff query api
  11  */
  12 const JBROWSE_CONFIG_SEQUENCE_METADATA = {
  13     "enabled": false,
  14     "base_url": window.location.protocol + "//" + window.location.host + "<% $c->get_conf('jbrowse_path') %>",
  15     "data_dir": "",
  16     "tracks": [],
  17     "location_name": function(feature) {
  18         return feature;
  19     },
  20     "query_params": {}
  21 }
  22
  23 </script>