t/legacy/CXGN/Marker/search.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3 use Test::More;
   4
   5 use CXGN::Marker::Search;
   6
   7 use lib 't/lib';
   8 use SGN::Test 'with_test_level';
   9
  10 with_test_level( local => sub {
  11     require SGN::Context;
  12     my $dbh = SGN::Context->new->dbc->dbh;
  13
  14 for ( 0..10 ) { # test a few times
  15
  16   my $msearch = CXGN::Marker::Search->new($dbh);
  17   $msearch->must_be_mapped();
  18   $msearch->has_subscript();
  19   $msearch->random();
  20   #$msearch->marker_id(518);
  21   $msearch->perform_search();
  22   #diag("search finished, creating locations\n");
  23   my ($loc) = $msearch->fetch_location_markers();
  24   #diag("finished creating locations\n");
  25
  26   isa_ok($loc, 'CXGN::Marker::LocMarker');
  27
  28 #  use Data::Dumper;
  29 #  diag(Dumper $loc->{loc});
  30
  31   my $loc_id = $loc->location_id();
  32   ok($loc_id, "loc_id is $loc_id");
  33
  34   my $chr = $loc->chr();
  35   cmp_ok($chr, '>', 0, "chromosome = $chr");
  36
  37   my $pos = $loc->position();
  38   cmp_ok($pos, '>=', 0 , "position = $pos");
  39
  40   my $sub = $loc->subscript();
  41   like($sub, qr/^[ABC]$/i, "subscript = $sub");
  42
  43   my $conf = $loc->confidence();
  44   like($conf, qr/I|LOD|uncalculated/, "confidence = $conf");
  45
  46   my $mv = $loc->map_version();
  47   cmp_ok($mv, '>', 0, "map version = $mv");
  48
  49   my $map = $loc->map_id();
  50   cmp_ok($map, '>', 0, "map_id = $map");
  51
  52 }
  53 });
  54
  55 done_testing;