t/legacy/integration/api/sequence.t

   1 =head1 NAME
   2
   3 t/integration/api/sequence.t - integration tests for API sequence URLs
   4
   5 =head1 DESCRIPTION
   6
   7 Tests for sequence API URLs
   8
   9 =head1 SYNOPSIS
  10
  11 =head1 AUTHORS
  12
  13 Jonathan "Duke" Leto
  14
  15 =cut
  16
  17 use strict;
  18 use warnings;
  19 use Test::More;
  20 use lib 't/lib';
  21 use SGN::Test::Data qw/ create_test /;
  22 use SGN::Test::WWW::Mechanize skip_cgi => 1;
  23
  24 my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  25
  26 my $residue = 'AATTCCGG' x 3;
  27 my $poly_cvterm     = create_test('Cv::Cvterm', { name  => 'polyfonebone' });
  28 my $poly_feature    = create_test('Sequence::Feature', {
  29         type     => $poly_cvterm,
  30         residues => $residue,
  31 });
  32 my $poly_featureloc = create_test('Sequence::Featureloc', { feature => $poly_feature });
  33 my $poly_feature_2   = create_test('Sequence::Feature', {
  34         type     => $poly_cvterm,
  35         residues => reverse( $residue ),
  36 });
  37
  38 for my $base ( '/api/v1/sequence/download/single/', '/gmodrpc/v1.1/fetch/seq/' ) {
  39     # 3 = > + 2 newlines
  40     my $length = length($poly_feature->name . $residue) + 3;
  41     $mech->get_ok( $base . $poly_feature->name . '.fasta');
  42     $mech->content_contains( '>' . $poly_feature->name );
  43     $mech->content_contains( $residue );
  44     is( $mech->content_type, 'application/x-fasta', 'right content type');
  45     is( $length, length($mech->content), 'got the expected content length');
  46 }
  47 {
  48     # 6 = 10 - 5 + 1 = # of chars in requested sequence
  49     my $length = length($poly_feature->name.':5..10' ) + 3 + 6;
  50     $mech->get_ok('/api/v1/sequence/download/single/' . $poly_feature->name . '.fasta?5..10');
  51     $mech->content_contains( '>' . $poly_feature->name . ':5..10' );
  52     $mech->content_like( qr/^CCGGAA$/m );
  53     is( $mech->content_type, 'application/x-fasta', 'right content type');
  54     is( $length, length($mech->content), 'got the expected content length');
  55 }
  56 {
  57     # 6 = 10 - 5 + 1 = # of chars in requested sequence
  58     my $length = length($poly_feature->name.':5..10' ) + 3 + 6;
  59     $mech->get_ok('/api/v1/sequence/download/single/' . $poly_feature->feature_id . '.fasta?5..10');
  60     $mech->content_contains( '>' . $poly_feature->name . ':5..10' );
  61     $mech->content_like( qr/^CCGGAA$/m );
  62     is( $mech->content_type, 'application/x-fasta', 'right content type');
  63     is( $length, length($mech->content), 'got the expected content length');
  64 }
  65 {
  66     $mech->get_ok('/api/v1/sequence/download/single/' . $poly_feature->name . '.ace?10..5', 'fetched in ace format');
  67     $mech->content_contains( '"'. $poly_feature->name . ':10..5"' );
  68     $mech->content_like( qr/^TTCCGG$/m );
  69     is( $mech->content_type, 'text/plain', 'right content type');
  70 }
  71 {
  72     # 6 = 10 - 5 + 1 = # of chars in requested sequence
  73     my $length = length($poly_feature->name.':5..10' ) + 3 + 6;
  74     $mech->get_ok('/api/v1/sequence/download/single/' . $poly_feature->feature_id . '.fasta?5..10');
  75     $mech->content_contains( '>' . $poly_feature->name . ':5..10' );
  76     $mech->content_like( qr/^CCGGAA$/m );
  77     is( $mech->content_type, 'application/x-fasta', 'right content type');
  78     is( $length, length($mech->content), 'got the expected content length')
  79       or diag $mech->content;
  80 }
  81 {
  82     $mech->get_ok('/api/v1/sequence/download/multi?s=' . $poly_feature->feature_id . '&s=' . $poly_feature_2->name .'&format=tab' );
  83     is $mech->content, sprintf(<<'EOT',$poly_feature->name,$poly_feature_2->name), 'right content for tab-delimited fetch';
  84 %s      AATTCCGGAATTCCGGAATTCCGG
  85 %s      AATTCCGGAATTCCGGAATTCCGG
  86 EOT
  87 }
  88 {
  89     $mech->get("/api/v1/sequence/download/single/JUNK.fasta");
  90     is( $mech->status, 404, 'feature not found' );
  91
  92     $mech->get("/api/v1/sequence/download/multi?s=" . $poly_feature->feature_id . '&s=JUNK');
  93     is( $mech->status, 200, 'multi api query succeeds if any identifiers are valid');
  94
  95     $mech->get("/api/v1/sequence/download/multi?s=" . $poly_feature->feature_id);
  96     is( $mech->status, 200, 'multi api query succeeds if given single id');
  97
  98     $mech->get("/api/v1/sequence/download/multi?s=JUNK");
  99     is( $mech->status, 404, 'multi api query with only a single invalid id = 404');
 100
 101 }
 102
 103 done_testing;