t/selenium2/solgs/correlation.t

   1 use strict;
   2
   3 use lib 't/lib';
   4
   5 use Test::More;
   6 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   7 use SGN::Test::Fixture;
   8 use SGN::Test::solGSData;
   9
  10 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  11 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  12
  13 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new({'fixture' => $f, 'accessions_list_subset' => 160, 'plots_list_subset' => 160});
  14 my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  15
  16 my $plots_list =  $solgs_data->load_plots_list();
  17 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  18 my $plots_list_id = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  19
  20 my $trials_list =  $solgs_data->load_trials_list();
  21 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  22 my $trials_list_id = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  23
  24 my $trials_dt = $solgs_data->load_trials_dataset();
  25 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  26 my $trials_dt_id = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  27
  28 my $plots_dt = $solgs_data->load_plots_dataset();
  29 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  30 my $plots_dt_id = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  31
  32
  33 `rm -r  $cache_dir`;
  34 sleep(5);
  35
  36 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  37     sleep(2);
  38
  39     $d->get_ok('/correlation/analysis', 'correlation home page');
  40     sleep(5);
  41
  42     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_correlation")]', 'xpath', 'run correlation')->click();
  43     sleep(200);
  44     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
  45     sleep(5);
  46     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
  47     sleep(2);
  48
  49     $d->driver->refresh();
  50     sleep(5);
  51
  52     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_correlation")]', 'xpath', 'run correlation')->click();
  53     sleep(200);
  54    $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
  55     sleep(5);
  56     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
  57     sleep(2);
  58
  59     $d->driver->refresh();
  60     sleep(5);
  61
  62     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_correlation")]', 'xpath', 'run correlation')->click();
  63     sleep(200);
  64     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
  65     sleep(5);
  66     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
  67     sleep(2);
  68
  69     $d->driver->refresh();
  70     sleep(5);
  71
  72     `rm -r $cache_dir`;
  73
  74     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_correlation")]', 'xpath', 'run correlation')->click();
  75     sleep(200);
  76     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
  77     sleep(5);
  78     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
  79     sleep(2);
  80
  81
  82     `rm -r $cache_dir`;
  83     sleep(3);
  84
  85     ########## trial detail page ##########
  86     $d->get_ok('/breeders/trial/139', 'trial detail home page');
  87     sleep(5);
  88     my $analysis_tools = $d->find_element('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
  89     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);", $analysis_tools);
  90     sleep(5);
  91     $d->find_element_ok('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools')->click();
  92     sleep(5);
  93     $d->find_element_ok('Phenotypic correlation', 'partial_link_text', 'expand correlation')->click();
  94     sleep(1);
  95     $d->find_element_ok('run_correlation', 'id', 'run correlation')->click();
  96     sleep(200);
  97     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot -- trial detail page')->click();
  98     sleep(5);
  99     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
 100     sleep(2);
 101
 102     `rm -r $cache_dir`;
 103
 104     ########## solGS ##########
 105     $d->get('/solgs', 'solgs home page');
 106     sleep(3);
 107     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 108     sleep(5);
 109     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 110     sleep(5);
 111     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 112     sleep(3);
 113     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 114     sleep(2);
 115     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
 116     sleep(2);
 117     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 118         sleep(2);
 119     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 120     sleep(200);
 121     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 122     sleep(3);
 123     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 124     sleep(5);
 125     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 126     sleep(5);
 127     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 128     sleep(15);
 129
 130     my $corr = $d->find_element('Phenotypic correlation', 'partial_link_text', 'scroll to correlation');
 131     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-170);", $corr);
 132     sleep(2);
 133     $d->find_element('ANOVA', 'partial_link_text', 'scroll to correlation')->click();
 134     sleep(2);
 135     $d->find_element_ok('run_correlation', 'id', 'run correlation')->click();
 136     sleep(200);
 137     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
 138     sleep(5);
 139     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
 140     sleep(2);
 141
 142     $d->driver->refresh();
 143     sleep(5);
 144
 145     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 146     sleep(2);
 147     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 148     sleep(2);
 149     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 150     sleep(3);
 151     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 152     sleep(2);
 153     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 154     sleep(2);
 155     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 156         sleep(2);
 157     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 158     sleep(350);
 159     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 160     sleep(3);
 161     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 162     sleep(3);
 163     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 164     sleep(3);
 165     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 166     sleep(10);
 167
 168     # # # ###############################################################
 169     #   $d->get_ok('solgs/traits/all/population/139/traits/1971973596/gp/1', 'models page');
 170     #   sleep(15);
 171     # # ######################################################################
 172     #
 173     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 174     sleep(2);
 175     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 176     sleep(3);
 177     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 178     sleep(5);
 179     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 180     sleep(2);
 181     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred nacrri');
 182     sleep(2);
 183     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 184         sleep(2);
 185     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 186     sleep(200);
 187     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 188     sleep(15);
 189
 190     my $cor = $d->find_element('Genetic correlation', 'partial_link_text', 'scroll up');
 191     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $cor);
 192     sleep(5);
 193     $d->find_element_ok('corr_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 194     sleep(3);
 195     $d->find_element_ok('//select[@id="corr_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 196     sleep(3);
 197     $d->find_element_ok('run_genetic_correlation', 'id',  'calc gen corr')->click();
 198     sleep(200);
 199     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot')->click();
 200     sleep(5);
 201
 202     $d->driver->refresh();
 203     sleep(2);
 204     my $cor = $d->find_element('Genetic correlation', 'partial_link_text', 'scroll up');
 205     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $cor);
 206     sleep(5);
 207     $d->find_element_ok('corr_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 208     sleep(3);
 209     $d->find_element_ok('//select[@id="corr_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 210     sleep(3);
 211     $d->find_element_ok('run_genetic_correlation', 'id',  'calc gen corr')->click();
 212     sleep(200);
 213     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot')->click();
 214     sleep(5);
 215
 216
 217     my $si = $d->find_element('Selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 218     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 219     sleep(5);
 220     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 221     sleep(3);
 222     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[contains(text(), "Kasese")]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 223     sleep(3);
 224     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(3);
 225     sleep(5);
 226     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(5);
 227     sleep(5);
 228     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 229     sleep(250);
 230     my $si = $d->find_element('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'scroll up');
 231     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 232     sleep(5);
 233    $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
 234     sleep(2);
 235
 236     `rm -r $cache_dir`;
 237     sleep(5);
 238
 239     $d->get('/solgs');
 240     sleep(2);
 241     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 242     sleep(2);
 243     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 244     sleep(1);
 245     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 246     sleep(2);
 247     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 248     sleep(5);
 249     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 250     sleep(5);
 251
 252     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 253     sleep(2);
 254     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 255     sleep(2);
 256     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 257     sleep(2);
 258     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 259     sleep(3);
 260     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 261     sleep(2);
 262     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'analysis name')->send_keys('combined trials');
 263     sleep(2);
 264     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 265     sleep(2);
 266     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 267     sleep(250);
 268
 269     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 270     sleep(3);
 271
 272     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 273     sleep(2);
 274     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 275     sleep(3);
 276     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 277     sleep(2);
 278     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 279     sleep(5);
 280     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 281     sleep(5);
 282
 283     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 284     sleep(3);
 285     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 286     sleep(3);
 287     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 288     sleep(3);
 289     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 290     sleep(20);
 291
 292     my $corr = $d->find_element('Phenotypic correlation', 'partial_link_text', 'scroll to correlation');
 293     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-270);", $corr);
 294     sleep(2);
 295     $d->find_element('Acronyms', 'partial_link_text', 'scroll to correlation')->click();
 296     sleep(1);
 297     $d->find_element_ok('run_correlation', 'id', 'run correlation')->click();
 298     sleep(200);
 299     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
 300     sleep(5);
 301     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
 302     sleep(2);
 303
 304     $d->driver->refresh();
 305     sleep(5);
 306
 307     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 308     sleep(2);
 309     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 310     sleep(2);
 311     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 312     sleep(3);
 313     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 314     sleep(2);
 315     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 316     sleep(2);
 317     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 318     sleep(2);
 319     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 320     sleep(250);
 321     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 322     sleep(3);
 323     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 324     sleep(3);
 325     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 326     sleep(3);
 327     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 328     sleep(10);
 329
 330
 331     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 332     sleep(2);
 333     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 334     sleep(30);
 335     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 336     sleep(5);
 337     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 338     sleep(2);
 339     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred nacrri');
 340     sleep(2);
 341     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 342         sleep(2);
 343     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 344     sleep(250);
 345     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 346     sleep(15);
 347
 348     my $cor = $d->find_element('Genetic correlation', 'partial_link_text', 'scroll up');
 349     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $cor);
 350     sleep(5);
 351     $d->find_element_ok('corr_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 352     sleep(3);
 353     $d->find_element_ok('//select[@id="corr_pops_select"]/option[text()="Training population 2804608595"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 354     sleep(3);
 355     $d->find_element_ok('run_genetic_correlation', 'id',  'calc gen corr')->click();
 356     sleep(200);
 357     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
 358     sleep(5);
 359
 360     $d->driver->refresh();
 361     sleep(2);
 362
 363     my $cor = $d->find_element('Genetic correlation', 'partial_link_text', 'scroll up');
 364     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $cor);
 365     sleep(5);
 366     $d->find_element_ok('corr_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 367     sleep(3);
 368     $d->find_element_ok('//select[@id="corr_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 369     sleep(3);
 370     $d->find_element_ok('run_genetic_correlation', 'id',  'calc gen corr')->click();
 371     sleep(200);
 372     $d->find_element_ok('//div[@id="corr_canvas"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'check corr plot');
 373     sleep(5);
 374
 375     my $si = $d->find_element('Selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 376     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 377     sleep(5);
 378     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 379     sleep(3);
 380     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[contains(text(), "Training population")]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 381     sleep(3);
 382     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(3);
 383     sleep(5);
 384     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(5);
 385     sleep(5);
 386     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 387     sleep(250);
 388     my $si = $d->find_element('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'scroll up');
 389    sleep(1);
 390     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 391     sleep(2);
 392     $d->find_element_ok('coefficients', 'partial_link_text',  'download corr coef table');
 393     sleep(2);
 394
 395
 396     foreach my $list_id ($trials_list_id,  $plots_list_id) {
 397         $list_id =~ s/\w+_//g;
 398         $solgs_data->delete_list($list_id);
 399     }
 400
 401     foreach my $dataset_id ($trials_dt_id,  $plots_dt_id) {
 402         $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 403         $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 404     }
 405
 406 });
 407
 408
 409 done_testing();