t/selenium2/solgs/kcluster.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use File::Spec::Functions qw / catfile catdir/;
   7 use Test::More;
   8 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   9 use SGN::Test::Fixture;
  10 use SGN::Test::solGSData;
  11
  12 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  13 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  14
  15 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new(
  16     {
  17         'fixture'                => $f,
  18         'accessions_list_subset' => 60,
  19         'plots_list_subset'      => 60
  20     }
  21 );
  22
  23 my $cache_dir    = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  24 my $protocol_dir = $solgs_data->default_protocol_dir();
  25 my $cluster_dir  = catdir( $protocol_dir, 'cluster' );
  26 my $log_dir      = catdir( $protocol_dir, 'log' );
  27
  28 my $accessions_list = $solgs_data->load_accessions_list();
  29 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  30 my $accessions_list_id   = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  31
  32 my $plots_list = $solgs_data->load_plots_list();
  33 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  34 my $plots_list_id   = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  35
  36
  37 my $trials_list = $solgs_data->load_trials_list();
  38 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  39 my $trials_list_id   = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  40
  41 my $trials_dt      = $solgs_data->load_trials_dataset();
  42 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  43 my $trials_dt_id   = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  44
  45 my $accessions_dt      = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  46 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  47 my $accessions_dt_id   = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  48
  49 my $plots_dt      = $solgs_data->load_plots_dataset();
  50 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  51 my $plots_dt_id   = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  52
  53
  54 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  55 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  56 print STDERR "\nplots dt: $plots_dt_name -- $plots_dt_id\n";
  57
  58 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  59 print STDERR
  60   "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  61 print STDERR "\nplots list: $plots_list_name -- $plots_list_id\n";
  62
  63 `rm -r $cache_dir`;
  64
  65 $d->while_logged_in_as(
  66     "submitter",
  67     sub {
  68
  69         $d->get_ok( '/cluster/analysis', 'cluster home page' );
  70         sleep(5);
  71
  72         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
  73             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
  74         sleep(1);
  75         $d->find_element_ok(
  76 '//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
  77             'xpath',
  78             'select genotype'
  79         )->click();
  80         sleep(1);
  81         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
  82             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
  83         sleep(1);
  84         $d->find_element_ok(
  85             '//tr[@id="' . $accessions_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
  86             'xpath',
  87             'run clones list (genotype) clustering'
  88         )->click();
  89         sleep(5);
  90         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
  91         sleep(90);
  92
  93         my $sel_pops = $d->find_element( '//*[contains(text(), "Clustering")]',
  94             'xpath', 'scroll up' );
  95         my $elem = $d->driver->execute_script(
  96             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -10);",
  97             $sel_pops );
  98         sleep(90);
  99         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check accessions list geno  kmeans cluster plot');
 100     sleep(5);
 101         sleep(5);
 102
 103         $d->driver->refresh();
 104         sleep(3);
 105
 106
 107         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $plots_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 108             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 109         sleep(1);
 110         $d->find_element_ok(
 111 '//tr[@id="' . $plots_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 112             'xpath',
 113             'select phenotype'
 114         )->click();
 115         sleep(1);
 116         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $plots_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 117             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 118         sleep(1);
 119         $d->find_element_ok(
 120             '//tr[@id="' . $plots_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 121             'xpath',
 122             'run plots list (phenotype) clustering'
 123         )->click();
 124         sleep(3);
 125         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 126         sleep(250);
 127
 128         my $sel_pops = $d->find_element( '//*[contains(text(), "Clustering")]',
 129             'xpath', 'scroll up' );
 130         my $elem = $d->driver->execute_script(
 131             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -10);",
 132             $sel_pops );
 133         sleep(5);
 134         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check plots phenotype kmeans cluster plot');
 135         sleep(5);
 136
 137         $d->driver->refresh();
 138         sleep(3);
 139
 140
 141         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 142             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 143         sleep(1);
 144         $d->find_element_ok(
 145 '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 146             'xpath',
 147             'select genotype'
 148         )->click();
 149         sleep(1);
 150         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 151             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 152         sleep(1);
 153         $d->find_element_ok(
 154             '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 155             'xpath',
 156             'run trials list (genotype) clustering'
 157         )->click();
 158         sleep(3);
 159         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 160         sleep(250);
 161
 162         my $sel_pops = $d->find_element( '//*[contains(text(), "Clustering")]',
 163             'xpath', 'scroll up' );
 164         my $elem = $d->driver->execute_script(
 165             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -10);",
 166             $sel_pops );
 167         sleep(5);
 168         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials list  geno kmeans cluster plot');
 169         sleep(5);
 170
 171         $d->driver->refresh();
 172         sleep(3);
 173
 174
 175         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 176             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 177         sleep(1);
 178         $d->find_element_ok(
 179 '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 180             'xpath',
 181             'select phenotype'
 182         )->click();
 183         sleep(1);
 184         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 185             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 186         sleep(1);
 187         $d->find_element_ok(
 188             '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 189             'xpath',
 190             'run trials list (phenotype) clustering'
 191         )->click();
 192         sleep(5);
 193         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 194         sleep(250);
 195
 196         my $sel_pops = $d->find_element('//*[contains(text(), "Clustering")]',
 197             'xpath', 'scroll up' );
 198         my $elem = $d->driver->execute_script(
 199             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -10);",
 200             $sel_pops );
 201         sleep(5);
 202         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials list geno kmeans cluster plot');
 203         sleep(5);
 204
 205         $d->driver->refresh();
 206         sleep(3);
 207
 208         `rm -r /tmp/localhost`;
 209         sleep(5);
 210
 211
 212         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 213             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 214         sleep(1);
 215         $d->find_element_ok(
 216 '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 217             'xpath',
 218             'select genotype'
 219         )->click();
 220         sleep(1);
 221         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 222             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 223         sleep(1);
 224         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 225             'xpath', 'run cluster' )->click();
 226         sleep(3);
 227         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'job queueing' )->click();
 228         sleep(2);
 229         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
 230             'trials list pheno analysis name' )
 231           ->send_keys('trials list clustering');
 232         sleep(2);
 233         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 234           ->send_keys('email@email.com');
 235         sleep(2);
 236         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 237         sleep(250);
 238
 239         $d->driver->go_back();
 240         sleep(5);
 241
 242
 243         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 244             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 245         sleep(1);
 246         $d->find_element_ok(
 247 '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 248             'xpath',
 249             'select phenotype'
 250         )->click();
 251         sleep(1);
 252         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 253             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 254         sleep(1);
 255         $d->find_element_ok(
 256             '//tr[@id="' . $trials_list_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 257             'xpath',
 258             'run trials list (pheno) cluster'
 259         )->click();
 260         sleep(5);
 261
 262         # $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 263         # sleep(250);
 264
 265         my $sel_pops = $d->find_element('//*[contains(text(), "Clustering")]',
 266             'xpath', 'scroll up' );
 267         my $elem = $d->driver->execute_script(
 268             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -10);",
 269             $sel_pops );
 270         sleep(5);
 271         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials list pheno kmeans cluster plot');
 272         sleep(5);
 273
 274         $d->driver->refresh();
 275         sleep(3);
 276
 277
 278         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 279             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 280         sleep(1);
 281         $d->find_element_ok(
 282 '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 283             'xpath',
 284             'select genotype'
 285         )->click();
 286         sleep(1);
 287         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 288             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 289         sleep(1);
 290         $d->find_element_ok(
 291             '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 292             'xpath',
 293             'run trials dataset (genotype) cluster'
 294         )->click();
 295         sleep(3);
 296         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 297         sleep(250);
 298
 299         my $sel_pops = $d->find_element( '//*[contains(text(), "Clustering")]',
 300             'xpath', 'scroll up' );
 301         my $elem = $d->driver->execute_script(
 302             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, 500);",
 303             $sel_pops );
 304         sleep(2);
 305         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials dataset geno kmeans cluster plot');
 306         sleep(5);
 307
 308         $d->driver->refresh();
 309         sleep(3);
 310
 311
 312         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 313             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 314         sleep(1);
 315         $d->find_element_ok(
 316 '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 317             'xpath',
 318             'select phenotype'
 319         )->click();
 320         sleep(1);
 321         $d->find_element_ok( '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 322             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 323         sleep(1);
 324         $d->find_element_ok(
 325             '//tr[@id="' . $trials_dt_id . '"]//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 326             'xpath',
 327             'run trials dataset (phenotype) cluster'
 328         )->click();
 329         sleep(3);
 330         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 331         sleep(250);
 332
 333         my $sel_pops = $d->find_element( '//*[contains(text(), "Clustering")]',
 334             'xpath', 'scroll up' );
 335         my $elem = $d->driver->execute_script(
 336             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, 500);",
 337             $sel_pops );
 338         sleep(5);
 339         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials dataset pheno kmeans cluster plot');
 340         sleep(5);
 341
 342
 343 #### trial page #######
 344         `rm -r /tmp/localhost`;
 345         sleep(5);
 346
 347         $d->get_ok( '/breeders/trial/139', 'trial detail home page' );
 348         sleep(5);
 349
 350         my $analysis_tools = $d->find_element(
 351             'Analysis Tools',
 352             'partial_link_text',
 353             'toogle analysis tools'
 354         );
 355         my $elem = $d->driver->execute_script(
 356             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);",
 357             $analysis_tools );
 358         sleep(5);
 359         $d->find_element_ok(
 360             'Analysis Tools',
 361             'partial_link_text',
 362             'toogle analysis tools'
 363         )->click();
 364         sleep(5);
 365         $d->find_element_ok( 'Clustering', 'partial_link_text',
 366             'expand cluster sec' )->click();
 367         sleep(5);
 368         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 369             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 370         sleep(2);
 371         $d->find_element_ok(
 372 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
 373             'xpath',
 374             'select phenotype'
 375         )->click();
 376         sleep(2);
 377         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 378             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 379         sleep(2);
 380         $d->find_element_ok(
 381             '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 382             'xpath',
 383             'run phenotype cluster'
 384         )->click();
 385         sleep(3);
 386         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 387         sleep(250);
 388         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trial detail page pheno kmeans cluster plot');
 389         sleep(5);
 390
 391         $d->driver->refresh();
 392         sleep(5);
 393
 394         my $analysis_tools =
 395           $d->find_element( 'cluster_canvas', 'id', 'toogle analysis tools' );
 396         my $elem = $d->driver->execute_script(
 397             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-50);",
 398             $analysis_tools );
 399         sleep(5);
 400         $d->find_element_ok(
 401             'Analysis Tools',
 402             'partial_link_text',
 403             'toogle analysis tools'
 404         )->click();
 405         sleep(5);
 406         $d->find_element_ok( 'Clustering', 'partial_link_text',
 407             'expand cluster sec' )->click();
 408         sleep(5);
 409         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 410             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 411         sleep(1);
 412         $d->find_element_ok(
 413 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 414             'xpath',
 415             'select genotype'
 416         )->click();
 417         sleep(1);
 418         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 419             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 420         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 421             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 422         sleep(1);
 423         $d->find_element_ok(
 424             '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 425             'xpath',
 426             'run genotype cluster'
 427         )->click();
 428         sleep(3);
 429         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 430         sleep(250);
 431         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check trials detail page geno kmeans cluster plot');
 432         sleep(5);
 433
 434         ############## solGS #####################
 435         `rm -r $cache_dir`;
 436
 437         $d->get_ok( '/solgs', 'solgs homepage' );
 438         sleep(4);
 439
 440         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
 441             'population search form' )->send_keys('Kasese solgs trial');
 442         sleep(5);
 443         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
 444             'search for training pop' )->click();
 445         sleep(5);
 446         $d->find_element_ok( 'Kasese', 'partial_link_text',
 447             'create training pop' )->click();
 448         sleep(5);
 449         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'submit job tr pop' )->click();
 450         sleep(2);
 451         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id', 'training data job name' )
 452           ->send_keys('Test Kasese Tr pop');
 453         sleep(2);
 454         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 455           ->send_keys('email@email.com');
 456         sleep(2);
 457         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 458         sleep(250);
 459         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
 460           ->click();
 461         sleep(3);
 462
 463         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
 464             'population search form' )->send_keys('Kasese solgs trial');
 465         sleep(5);
 466         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
 467             'search for training pop' )->click();
 468         sleep(5);
 469         $d->find_element_ok( 'Kasese', 'partial_link_text',
 470             'create training pop' )->click();
 471         sleep(15);
 472
 473         $d->find_element_ok(
 474             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input',
 475             'xpath', 'select 1st trait' )->click();
 476         $d->find_element_ok(
 477             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input',
 478             'xpath', 'select 2nd trait' )->click();
 479         $d->find_element_ok( 'runGS', 'id', 'build multi models' )->click();
 480         sleep(3);
 481         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'multi models job queueing' )
 482           ->click();
 483         sleep(2);
 484         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id', 'job name' )
 485           ->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 486         sleep(2);
 487         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 488           ->send_keys('email@email.com');
 489         sleep(2);
 490         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 491         sleep(250);
 492         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
 493           ->click();
 494         sleep(5);
 495
 496         $d->find_element_ok(
 497             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input',
 498             'xpath', 'select 1st trait' )->click();
 499         $d->find_element_ok(
 500             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input',
 501             'xpath', 'select 2nd trait' )->click();
 502         $d->find_element_ok( 'runGS', 'id', 'build multi models' )->click();
 503         sleep(10);
 504
 505 #         # #
 506 # ##############################################################
 507 # # $d->get_ok('solgs/traits/all/population/139/traits/1971973596/gp/1', 'models page');
 508 # #
 509 # # sleep(15);
 510 # #####################################################################
 511
 512         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
 513             'population search form' )->send_keys('trial2 NaCRRI');
 514         sleep(2);
 515         $d->find_element_ok( 'search_selection_pop', 'id',
 516             'search for selection pop' )->click();
 517         sleep(30);
 518         $d->find_element_ok(
 519 '//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]',
 520             'xpath',
 521             'click training pop'
 522         )->click();
 523         sleep(5);
 524         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'no job queueing' )->click();
 525         sleep(2);
 526         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
 527             'multi trials sel job name' )
 528           ->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred nacrri');
 529         sleep(2);
 530         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 531           ->send_keys('email@email.com');
 532         sleep(2);
 533         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 534         sleep(250);
 535         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
 536           ->click();
 537         sleep(15);
 538
 539         $d->find_element_ok(
 540 '//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]',
 541             'xpath',
 542             'click list sel pred'
 543         )->click();
 544         sleep(5);
 545         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'no job queueing' )->click();
 546         sleep(2);
 547         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id', 'list sel job name' )
 548           ->send_keys('clones list dmc-frw sel pred');
 549         sleep(2);
 550         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 551           ->send_keys('email@email.com');
 552         sleep(2);
 553         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 554         sleep(250);
 555         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
 556           ->click();
 557         sleep(15);
 558
 559         $d->find_element_ok(
 560 '//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]',
 561             'xpath',
 562             'list sel pred'
 563         )->click();
 564         sleep(5);
 565         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'no job queueing' )->click();
 566         sleep(2);
 567         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id', 'dataset sel job name' )
 568           ->send_keys('dataset clones sel pred');
 569         sleep(2);
 570         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
 571           ->send_keys('email@email.com');
 572         sleep(2);
 573         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
 574         sleep(250);
 575         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
 576           ->click();
 577         sleep(5);
 578
 579         my $sel_pops =
 580           $d->find_element( 'Predict', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 581         my $elem = $d->driver->execute_script(
 582             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -200);",
 583             $sel_pops );
 584         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
 585     sleep(5);
 586         sleep(5);
 587
 588         my $clustering =
 589           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 590         $d->driver->execute_script(
 591             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 592             $clustering );
 593         sleep(2);
 594         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 595           ->click();
 596         sleep(3);
 597         $d->find_element_ok(
 598             '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="'
 599               . $accessions_list_name . '"]',
 600             'xpath',
 601             'select accessions list sel pop'
 602         )->click();
 603         sleep(3);
 604         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 605             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 606         sleep(2);
 607         $d->find_element_ok(
 608             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
 609             'xpath', 'select gebv' )->click();
 610         sleep(2);
 611         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 612             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 613         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 614             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 615         sleep(2);
 616         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 617             'xpath', 'run cluster' )->click();
 618         sleep(3);
 619         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 620         sleep(250);
 621         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs acccessions list gebvs kmeans cluster plot');
 622         sleep(5);
 623
 624         $d->driver->refresh();
 625         sleep(3);
 626
 627         my $sel_pops =
 628           $d->find_element( 'Predict', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 629         my $elem = $d->driver->execute_script(
 630             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -600);",
 631             $sel_pops );
 632         sleep(2);
 633
 634         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
 635         sleep(5);
 636         my $clustering =
 637           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 638         $d->driver->execute_script(
 639             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 640             $clustering );
 641         sleep(2);
 642         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 643           ->click();
 644         sleep(2);
 645         $d->find_element_ok(
 646             '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="'
 647               . $accessions_dt_name . '"]',
 648             'xpath',
 649             'select accessions dataset sel pop'
 650         )->click();
 651         sleep(2);
 652         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 653             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 654         sleep(2);
 655         $d->find_element_ok(
 656 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 657             'xpath',
 658             'select genotype'
 659         )->click();
 660         sleep(2);
 661         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 662             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 663         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 664             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 665         sleep(2);
 666         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 667             'xpath', 'run cluster' )->click();
 668         sleep(3);
 669         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 670         sleep(250);
 671         my $clustering =
 672           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 673         $d->driver->execute_script(
 674             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 675             $clustering );
 676         sleep(5);
 677         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs accessions dataset geno kmeans cluster plot');
 678         sleep(5);
 679
 680         $d->driver->refresh();
 681         sleep(3);
 682
 683         my $sel_pops =
 684           $d->find_element( 'Predict', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 685         my $elem = $d->driver->execute_script(
 686             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -600);",
 687             $sel_pops );
 688         sleep(5);
 689
 690         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions dataset sel pred')->click();
 691         sleep(5);
 692
 693         my $clustering =
 694           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 695         $d->driver->execute_script(
 696             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 697             $clustering );
 698         sleep(5);
 699         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 700           ->click();
 701         sleep(3);
 702         $d->find_element_ok(
 703             '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="'
 704               . $accessions_dt_name . '"]',
 705             'xpath',
 706             'select accessions dataset sel pop'
 707         )->click();
 708         sleep(3);
 709         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 710             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 711         sleep(2);
 712         $d->find_element_ok(
 713             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
 714             'xpath', 'select gebv' )->click();
 715         sleep(2);
 716         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 717             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 718         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 719             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 720         sleep(2);
 721         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 722             'xpath', 'run cluster' )->click();
 723         sleep(3);
 724         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 725         sleep(250);
 726         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs accessions dataset gebvs kmeans cluster plot');
 727         sleep(5);
 728
 729         $d->driver->refresh();
 730         sleep(3);
 731
 732         my $clustering =
 733           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 734         my $elem = $d->driver->execute_script(
 735             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 736             $clustering );
 737         sleep(5);
 738         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 739           ->click();
 740         sleep(3);
 741         $d->find_element_ok(
 742 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
 743             'xpath',
 744             'select trial tr pop'
 745         )->click();
 746         sleep(3);
 747         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 748             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 749         sleep(2);
 750         $d->find_element_ok(
 751 '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="Phenotype"]',
 752             'xpath', 'select ghenotype'
 753         )->click();
 754         sleep(2);
 755         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 756             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 757         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 758             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 759         sleep(2);
 760         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 761             'xpath', 'run cluster' )->click();
 762         sleep(3);
 763         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 764         sleep(250);
 765         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs tr pop pheno kmeans cluster plot');
 766         sleep(5);
 767
 768         $d->driver->refresh();
 769         sleep(3);
 770
 771         my $clustering =
 772           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 773         $d->driver->execute_script(
 774             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 775             $clustering );
 776         sleep(5);
 777         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 778           ->click();
 779         sleep(3);
 780         $d->find_element_ok(
 781 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
 782             'xpath',
 783             'select trial tr pop'
 784         )->click();
 785         sleep(3);
 786         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 787             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 788         sleep(2);
 789         $d->find_element_ok(
 790 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 791             'xpath',
 792             'select genotype'
 793         )->click();
 794         sleep(2);
 795         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 796             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 797         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 798             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 799         sleep(2);
 800         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 801             'xpath', 'run cluster' )->click();
 802         sleep(3);
 803         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 804         sleep(250);
 805         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check tr pop geno kmeans cluster plot');
 806         sleep(5);
 807
 808         $d->driver->refresh();
 809         sleep(3);
 810
 811         my $clustering =
 812           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 813         $d->driver->execute_script(
 814             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 815             $clustering );
 816         sleep(5);
 817         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 818           ->click();
 819         sleep(3);
 820         $d->find_element_ok(
 821 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
 822             'xpath',
 823             'select trial tr pop'
 824         )->click();
 825         sleep(3);
 826         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 827             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 828         sleep(2);
 829         $d->find_element_ok(
 830             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
 831             'xpath', 'select gebv' )->click();
 832         sleep(2);
 833         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 834             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 835         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 836             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 837         sleep(2);
 838         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 839             'xpath', 'run cluster' )->click();
 840         sleep(3);
 841         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 842         sleep(250);
 843         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs tr pop gebvs kmeans cluster plot');
 844         sleep(5);
 845
 846         $d->driver->refresh();
 847         sleep(3);
 848
 849         my $cor = $d->find_element( 'Genetic correlation',
 850             'partial_link_text', 'scroll up' );
 851         $d->driver->execute_script(
 852             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
 853             $cor );
 854         sleep(5);
 855         $d->find_element_ok( 'si_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 856           ->click();
 857         sleep(3);
 858         $d->find_element_ok(
 859 '//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
 860             'xpath',
 861             'select trial type tr pop'
 862         )->click();
 863         sleep(3);
 864         $d->find_element_ok( 'DMCP', 'id', 'rel wt 1st' )->send_keys(3);
 865         sleep(5);
 866         $d->find_element_ok( 'FRW', 'id', 'rel wt 2st' )->send_keys(5);
 867         sleep(5);
 868         $d->find_element_ok( 'calculate_si', 'id', 'calc selection index' )
 869           ->click();
 870         sleep(250);
 871
 872         my $clustering =
 873           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 874         $d->driver->execute_script(
 875             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 876             $clustering );
 877         sleep(5);
 878         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 879           ->click();
 880         sleep(3);
 881         $d->find_element_ok(
 882 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="139-DMCP-3-FRW-5"]',
 883             'xpath', 'select sel index pop'
 884         )->click();
 885         sleep(3);
 886         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 887             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 888         sleep(2);
 889         $d->find_element_ok(
 890 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 891             'xpath',
 892             'select genotype'
 893         )->click();
 894         sleep(2);
 895         $d->find_element_ok(
 896             '//*[starts-with(@id, "selection_proportion_input")]',
 897             'xpath', 'fill in sel prop' )->send_keys('15');
 898         sleep(2);
 899         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 900             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 901         sleep(1);
 902         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 903             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 904         sleep(2);
 905         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 906             'xpath', 'run cluster' )->click();
 907         sleep(3);
 908         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 909         sleep(250);
 910         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs SIndex geno kmeans cluster plot');
 911         sleep(5);
 912
 913         $d->driver->refresh();
 914         sleep(3);
 915
 916         my $clustering =
 917           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 918         $d->driver->execute_script(
 919             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
 920             $clustering );
 921         sleep(5);
 922         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 923           ->click();
 924         sleep(3);
 925         $d->find_element_ok(
 926 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
 927             'xpath',
 928             'select trial sel pop'
 929         )->click();
 930         sleep(3);
 931         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 932             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 933         sleep(2);
 934         $d->find_element_ok(
 935 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
 936             'xpath',
 937             'select genotype'
 938         )->click();
 939         sleep(2);
 940         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 941             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 942         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 943             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 944         sleep(2);
 945         $d->find_element_ok(
 946             '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 947             'xpath',
 948             'run trial2 NaCRRI  geno cluster'
 949         )->click();
 950         sleep(3);
 951         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id',
 952             'no job queueing -- trial2 NaCRRI  geno cluster' )->click();
 953         sleep(250);
 954         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs sel pop geno kmeans cluster plot');
 955         sleep(5);
 956
 957         $d->driver->refresh();
 958         sleep(3);
 959
 960         my $clustering =
 961           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
 962         $d->driver->execute_script(
 963             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
 964             $clustering );
 965         sleep(5);
 966         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
 967           ->click();
 968         sleep(3);
 969         $d->find_element_ok(
 970 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
 971             'xpath',
 972             'select trial sel pop'
 973         )->click();
 974         sleep(3);
 975         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
 976             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
 977         sleep(2);
 978         $d->find_element_ok(
 979             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
 980             'xpath', 'select gebv' )->click();
 981         sleep(2);
 982         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 983             'xpath', 'clear k number' )->clear();
 984         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
 985             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
 986         sleep(2);
 987         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
 988             'xpath', 'run cluster' )->click();
 989         sleep(3);
 990         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
 991         sleep(250);
 992         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check sel pop gebv kmeans cluster plot');
 993         sleep(5);
 994
 995         $d->driver->refresh();
 996         sleep(3);
 997
 998         `rm -r $cluster_dir`;
 999         sleep(3);
1000         `rm -r $log_dir`;
1001         sleep(5);
1002
1003 # # $d->get_ok('solgs/traits/all/population/139/traits/1971973596/gp/1', 'models page');
1004 # # sleep(15);
1005
1006         my $clustering =
1007           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1008         $d->driver->execute_script(
1009             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1010             $clustering );
1011         sleep(5);
1012         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1013           ->click();
1014         sleep(3);
1015         $d->find_element_ok(
1016 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1017             'xpath',
1018             'select trial sel pop'
1019         )->click();
1020         sleep(3);
1021         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1022             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1023         sleep(2);
1024         $d->find_element_ok(
1025 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1026             'xpath',
1027             'select genotype'
1028         )->click();
1029         sleep(2);
1030         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1031             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1032         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1033             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1034         sleep(2);
1035         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1036             'xpath', 'run cluster' )->click();
1037         sleep(3);
1038         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id',
1039             'queueing trial2 NaCRRI  geno km clustering' )->click();
1040         sleep(3);
1041         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1042             'analysis name -Nacrri sel pop geno clustering' )
1043           ->send_keys('Nacrri sel pop geno clustering');
1044         sleep(2);
1045         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1046           ->send_keys('email@email.com');
1047         sleep(2);
1048         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1049         sleep(250);
1050         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1051           ->click();
1052         sleep(3);
1053
1054         $d->driver->refresh();
1055         sleep(3);
1056
1057         my $clustering =
1058           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1059         $d->driver->execute_script(
1060             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1061             $clustering );
1062         sleep(5);
1063         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1064           ->click();
1065         sleep(3);
1066         $d->find_element_ok(
1067 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1068             'xpath',
1069             'select trial sel pop'
1070         )->click();
1071         sleep(3);
1072         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1073             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1074         sleep(2);
1075         $d->find_element_ok(
1076 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1077             'xpath',
1078             'select genotype'
1079         )->click();
1080         sleep(2);
1081         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1082             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1083         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1084             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1085         sleep(2);
1086         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1087             'xpath', 'run cluster' )->click();
1088         sleep(20);
1089         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs sel pop geno kmeans cluster plot');
1090         sleep(5);
1091
1092         $d->driver->refresh();
1093         sleep(3);
1094
1095         my $clustering =
1096           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1097         $d->driver->execute_script(
1098             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1099             $clustering );
1100         sleep(5);
1101         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1102           ->click();
1103         sleep(3);
1104         $d->find_element_ok(
1105 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1106             'xpath',
1107             'select trial sel pop'
1108         )->click();
1109         sleep(3);
1110         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1111             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1112         sleep(2);
1113         $d->find_element_ok(
1114             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1115             'xpath', 'select gebv' )->click();
1116         sleep(2);
1117         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1118             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1119         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1120             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1121         sleep(2);
1122         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1123             'xpath', 'run cluster' )->click();
1124         sleep(3);
1125         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id',
1126             'queueing trial2 NaCRRI  gebv cluster' )->click();
1127         sleep(3);
1128         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1129             'analysis name -Nacrri sel pop gebv clustering' )
1130           ->send_keys('Nacrri sel pop gebv clustering');
1131         sleep(2);
1132         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1133           ->send_keys('email@email.com');
1134         sleep(2);
1135         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1136         sleep(250);
1137         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1138           ->click();
1139         sleep(3);
1140
1141         $d->driver->refresh();
1142         sleep(3);
1143
1144         my $clustering =
1145           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1146         $d->driver->execute_script(
1147             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1148             $clustering );
1149         sleep(5);
1150         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1151           ->click();
1152         sleep(3);
1153         $d->find_element_ok(
1154 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1155             'xpath',
1156             'select trial sel pop'
1157         )->click();
1158         sleep(3);
1159         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1160             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1161         sleep(2);
1162         $d->find_element_ok(
1163             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1164             'xpath', 'select gebv' )->click();
1165         sleep(2);
1166         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1167             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1168         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1169             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1170         sleep(2);
1171         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1172             'xpath', 'run cluster' )->click();
1173         sleep(10);
1174         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs trial sel pop gebv kmeans cluster plot');
1175         sleep(5);
1176
1177         $d->driver->refresh();
1178         sleep(3);
1179
1180         my $cor = $d->find_element( 'Genetic correlation',
1181             'partial_link_text', 'scroll up' );
1182         $d->driver->execute_script(
1183             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1184             $cor );
1185         sleep(5);
1186         $d->find_element_ok( 'si_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1187           ->click();
1188         sleep(3);
1189         $d->find_element_ok(
1190 '//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
1191             'xpath',
1192             'select trial type tr pop'
1193         )->click();
1194         sleep(3);
1195         $d->find_element_ok( 'DMCP', 'id', 'rel wt 1st' )->send_keys(3);
1196         sleep(5);
1197         $d->find_element_ok( 'FRW', 'id', 'rel wt 2st' )->send_keys(5);
1198         sleep(5);
1199         $d->find_element_ok( 'calculate_si', 'id', 'calc selection index' )
1200           ->click();
1201         sleep(250);
1202
1203         my $clustering =
1204           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1205         $d->driver->execute_script(
1206             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1207             $clustering );
1208         sleep(5);
1209         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1210           ->click();
1211         sleep(3);
1212         $d->find_element_ok(
1213 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="139-DMCP-3-FRW-5"]',
1214             'xpath', 'select sel index pop'
1215         )->click();
1216         sleep(3);
1217         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1218             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1219         sleep(2);
1220         $d->find_element_ok(
1221 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1222             'xpath',
1223             'select genotype'
1224         )->click();
1225         sleep(2);
1226         $d->find_element_ok(
1227             '//*[starts-with(@id, "selection_proportion_input")]',
1228             'xpath', 'fill in sel prop' )->send_keys('15');
1229         sleep(2);
1230         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1231             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1232         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1233             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1234         sleep(2);
1235         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1236             'xpath', 'run cluster' )->click();
1237         sleep(3);
1238         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'no job queueing' )->click();
1239         sleep(3);
1240         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1241             'analysis name -Nacrri sel pop sindex clustering' )
1242           ->send_keys('Nacrri sel pop sindex clustering');
1243         sleep(2);
1244         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1245           ->send_keys('email@email.com');
1246         sleep(2);
1247         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1248         sleep(140);
1249         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1250           ->click();
1251         sleep(3);
1252
1253         my $cor = $d->find_element( 'Genetic correlation',
1254             'partial_link_text', 'scroll up' );
1255         $d->driver->execute_script(
1256             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1257             $cor );
1258         sleep(5);
1259         $d->find_element_ok( 'si_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1260           ->click();
1261         sleep(3);
1262         $d->find_element_ok(
1263 '//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]',
1264             'xpath',
1265             'select trial type tr pop'
1266         )->click();
1267         sleep(3);
1268         $d->find_element_ok( 'DMCP', 'id', 'rel wt 1st' )->send_keys(3);
1269         sleep(5);
1270         $d->find_element_ok( 'FRW', 'id', 'rel wt 2st' )->send_keys(5);
1271         sleep(5);
1272         $d->find_element_ok( 'calculate_si', 'id', 'calc selection index' )
1273           ->click();
1274         sleep(250);
1275         #
1276         my $clustering =
1277           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1278         $d->driver->execute_script(
1279             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1280             $clustering );
1281         sleep(5);
1282         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1283           ->click();
1284         sleep(3);
1285         $d->find_element_ok(
1286 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="139-DMCP-3-FRW-5"]',
1287             'xpath', 'select sel index pop'
1288         )->click();
1289         sleep(3);
1290         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1291             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1292         sleep(2);
1293         $d->find_element_ok(
1294 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1295             'xpath',
1296             'select genotype'
1297         )->click();
1298         sleep(2);
1299         $d->find_element_ok(
1300             '//*[starts-with(@id, "selection_proportion_input")]',
1301             'xpath', 'fill in sel prop' )->send_keys('15');
1302         sleep(2);
1303         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1304             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1305         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1306             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1307         sleep(2);
1308         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1309             'xpath', 'run cluster' )->click();
1310         sleep(140);
1311         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs SI geno kmeans cluster plot');
1312         sleep(5);
1313
1314         $d->driver->refresh();
1315         sleep(3);
1316
1317 #########################
1318         `rm -r $cluster_dir`;
1319         sleep(3);
1320         `rm -r $log_dir`;
1321         sleep(5);
1322 ########################################
1323
1324         my $clustering =
1325           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1326         $d->driver->execute_script(
1327             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1328             $clustering );
1329         sleep(5);
1330         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1331           ->click();
1332         sleep(3);
1333         $d->find_element_ok(
1334 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1335             'xpath',
1336             'select trial sel pop'
1337         )->click();
1338         sleep(3);
1339         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1340             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1341         sleep(2);
1342         $d->find_element_ok(
1343 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1344             'xpath',
1345             'select genotype'
1346         )->click();
1347         sleep(2);
1348         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1349             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1350         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1351             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1352         sleep(2);
1353         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1354             'xpath', 'run cluster' )->click();
1355         sleep(3);
1356         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id',
1357             'wait to finish clustering trial2 NaCRRI genotype' )->click();
1358         sleep(250);
1359         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs sel pop geno kmeans cluster plot');
1360         sleep(5);
1361
1362         $d->driver->refresh();
1363         sleep(3);
1364
1365  # #    #  #######    #
1366  #  # # $d->get_ok('/solgs/trait/70666/population/139/gp/1', 'open model page');
1367  # ## sleep(5);
1368  # #    #
1369
1370         my $clustering =
1371           $d->find_element( 'Models summary', 'partial_link_text',
1372             'scroll up' );
1373         $d->driver->execute_script(
1374             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1375             $clustering );
1376         sleep(5);
1377         $d->find_element_ok(
1378             '//table[@id="model_summary"]//*[contains(text(), "FRW")]',
1379             'xpath', 'click training pop' )->click();
1380         sleep(5);
1381         ######
1382
1383         my $clustering =
1384           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1385         $d->driver->execute_script(
1386             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1387             $clustering );
1388         sleep(5);
1389         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1390             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1391         sleep(2);
1392         $d->find_element_ok(
1393 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1394             'xpath',
1395             'select genotype'
1396         )->click();
1397         sleep(2);
1398         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1399             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1400         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1401             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1402         sleep(2);
1403         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1404             'xpath', 'run cluster' )->click();
1405         sleep(3);
1406         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id',
1407             'wait to finish clustering in single trial model page' )->click();
1408         sleep(250);
1409         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs tr pop trait geno kmeans cluster plot');
1410         sleep(5);
1411
1412 # #    #  #$d->get_ok('/solgs/model/combined/populations/2804608595/trait/70741/gp/1', 'open combined trials model page');
1413 # #    # # sleep(2);
1414 # #    #
1415
1416         $d->get_ok( '/solgs', 'solgs home page' );
1417         sleep(2);
1418         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1419             'population search form' )->send_keys('Kasese solgs trial');
1420         sleep(2);
1421         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
1422             'search for training pop' )->click();
1423         sleep(1);
1424         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1425             'population search form' )->clear();
1426         sleep(2);
1427         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1428             'population search form' )->send_keys('trial2 nacrri');
1429         sleep(5);
1430         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
1431             'search for training pop' )->click();
1432         sleep(1);
1433
1434         $d->find_element_ok(
1435             '//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]',
1436             'xpath', 'select trial kasese' )->click();
1437         sleep(2);
1438         $d->find_element_ok(
1439             '//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]',
1440             'xpath', 'select trial nacrri' )->click();
1441         sleep(2);
1442         $d->find_element_ok( 'select_trials_btn', 'id', 'done selecting' )
1443           ->click();
1444         sleep(2);
1445         $d->find_element_ok( 'combine_trait_trials', 'id', 'combine trials' )
1446           ->click();
1447         sleep(3);
1448         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'submit job tr pop' )->click();
1449         sleep(2);
1450         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id', 'job queueing' )
1451           ->send_keys('combined trials');
1452         sleep(2);
1453         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1454           ->send_keys('email@email.com');
1455         sleep(2);
1456         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1457         sleep(250);
1458         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1459           ->click();
1460         sleep(10);
1461
1462 #         ####################
1463 # #  #$d->get('/solgs/populations/combined/2804608595/gp/1', 'combo trials tr pop page');
1464 # #    #  #sleep(5);
1465 # #    #
1466 #         ##################
1467         $d->get_ok( '/solgs', 'solgs homepage' );
1468         sleep(2);
1469
1470         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1471             'population search form' )->send_keys('Kasese solgs trial');
1472         sleep(2);
1473         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
1474             'search for training pop' )->click();
1475         sleep(1);
1476         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1477             'population search form' )->clear();
1478         sleep(2);
1479         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1480             'population search form' )->send_keys('trial2 nacrri');
1481         sleep(5);
1482         $d->find_element_ok( 'search_training_pop', 'id',
1483             'search for training pop' )->click();
1484         sleep(3);
1485
1486         $d->find_element_ok(
1487             '//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]',
1488             'xpath', 'select trial kasese' )->click();
1489         sleep(2);
1490         $d->find_element_ok(
1491             '//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]',
1492             'xpath', 'select trial nacrri' )->click();
1493         sleep(2);
1494         $d->find_element_ok( 'select_trials_btn', 'id', 'done selecting' )
1495           ->click();
1496         sleep(2);
1497         $d->find_element_ok( 'combine_trait_trials', 'id', 'combine trials' )
1498           ->click();
1499         sleep(15);
1500
1501         $d->find_element_ok(
1502             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input',
1503             'xpath', 'select 1st trait' )->click();
1504         sleep(1);
1505         $d->find_element_ok(
1506             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input',
1507             'xpath', 'select 2nd trait' )->click();
1508         sleep(1);
1509         $d->find_element_ok( 'runGS', 'id',
1510             'run combined trials build multi models' )->click();
1511         sleep(10);
1512         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id', 'combined trials job queueing' )
1513           ->click();
1514         sleep(2);
1515         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1516             'combined trials multi models job name' )
1517           ->send_keys('Test DMCP-FRW modeling combo trials');
1518         sleep(2);
1519         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1520           ->send_keys('email@email.com');
1521         sleep(2);
1522         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1523         sleep(250);
1524         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1525           ->click();
1526         sleep(15);
1527
1528 # # ###########################
1529 # # # $d->get('/solgs/populations/combined/2804608595/gp/1', 'combo trials tr pop page');
1530 # #  # sleep(5);
1531 # #   ############################
1532
1533         $d->find_element_ok(
1534             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input',
1535             'xpath', 'select 1st trait' )->click();
1536         sleep(1);
1537         $d->find_element_ok(
1538             '//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input',
1539             'xpath', 'select 2nd trait' )->click();
1540         sleep(1);
1541         $d->find_element_ok( 'runGS', 'id',
1542             ' go to combined trials multi models page' )->click();
1543         sleep(10);
1544
1545         $d->find_element_ok( 'trial_search_box', 'id',
1546             'combo trials models sel population search form' )
1547           ->send_keys('trial2 NaCRRI');
1548         sleep(5);
1549         $d->find_element_ok( 'search_selection_pop', 'id',
1550             'search for selection pop' )->click();
1551         sleep(20);
1552         $d->find_element_ok(
1553 '//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]',
1554             'xpath',
1555             'click training pop'
1556         )->click();
1557         sleep(5);
1558         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id',
1559             'trial sel pop prediction job queueing' )->click();
1560         sleep(2);
1561         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1562             'sel pop prediction analysis name' )
1563           ->send_keys('combo DMCP-FRW selection pred nacrri');
1564         sleep(2);
1565         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1566           ->send_keys('email@email.com');
1567         sleep(2);
1568         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1569         sleep(250);
1570         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text',
1571             'go back to combo trials multi models pg' )->click();
1572         sleep(15);
1573
1574         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
1575         sleep(5);
1576         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id',
1577             'list type sel pop prediction job queueing' )->click();
1578         sleep(2);
1579         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1580             'list type  sel pop prediction analysis name' )
1581           ->send_keys('combo clones list dmc-frw sel pred');
1582         sleep(2);
1583         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1584           ->send_keys('email@email.com');
1585         sleep(2);
1586         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1587         sleep(250);
1588         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1589           ->click();
1590         sleep(5);
1591
1592         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions dataset sel pred')->click();
1593         sleep(5);
1594         $d->find_element_ok( 'queue_job', 'id',
1595             'dataset sel pop prediction job queueing' )->click();
1596         sleep(2);
1597         $d->find_element_ok( 'analysis_name', 'id',
1598             'dataset sel pop prediction analysis name' )
1599           ->send_keys('combo dataset clones sel pred');
1600         sleep(2);
1601         $d->find_element_ok( 'user_email', 'id', 'user email' )
1602           ->send_keys('email@email.com');
1603         sleep(2);
1604         $d->find_element_ok( 'submit_job', 'id', 'submit' )->click();
1605         sleep(250);
1606         $d->find_element_ok( 'Go back', 'partial_link_text', 'go back' )
1607           ->click();
1608         sleep(3);
1609
1610         my $clustering =
1611           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1612         $d->driver->execute_script(
1613             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1614             $clustering );
1615         sleep(5);
1616         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1617           ->click();
1618         sleep(3);
1619         $d->find_element_ok(
1620 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Training population 2804608595"]',
1621             'xpath',
1622             'select list sel pop'
1623         )->click();
1624         sleep(5);
1625         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1626             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1627         sleep(2);
1628         $d->find_element_ok(
1629 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]',
1630             'xpath',
1631             'select phenotype'
1632         )->click();
1633         sleep(2);
1634         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1635             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1636         sleep(2);
1637         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1638             'xpath', 'run cluster' )->click();
1639         sleep(3);
1640         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1641         sleep(250);
1642         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check solgs tr combo trials pheno kmeans cluster plot');
1643         sleep(5);
1644
1645         $d->driver->refresh();
1646         sleep(3);
1647
1648         my $clustering =
1649           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1650         $d->driver->execute_script(
1651             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1652             $clustering );
1653         sleep(5);
1654         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1655           ->click();
1656         sleep(3);
1657         $d->find_element_ok(
1658 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Training population 2804608595"]',
1659             'xpath',
1660             'select list sel pop'
1661         )->click();
1662         sleep(5);
1663         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1664             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1665         sleep(2);
1666         $d->find_element_ok(
1667             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1668             'xpath', 'select phenotype' )->click();
1669         sleep(2);
1670         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1671             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1672         sleep(2);
1673         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1674             'xpath', 'run cluster' )->click();
1675         sleep(3);
1676         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing -- GEBV' )
1677           ->click();
1678         sleep(250);
1679         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials accessions list pheno kmeans cluster plot');
1680         sleep(5);
1681
1682         $d->driver->refresh();
1683         sleep(3);
1684
1685         my $clustering =
1686           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1687         $d->driver->execute_script(
1688             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1689             $clustering );
1690         sleep(5);
1691         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'click cluster pops' )
1692           ->click();
1693         sleep(3);
1694         $d->find_element_ok(
1695 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="Training population 2804608595"]',
1696             'xpath',
1697             'select tr pop'
1698         )->click();
1699         sleep(5);
1700         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1701             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1702         sleep(2);
1703         $d->find_element_ok(
1704 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1705             'xpath',
1706             'select genotype'
1707         )->click();
1708         sleep(2);
1709         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1710             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1711         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1712             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1713         sleep(2);
1714         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1715             'xpath', 'run cluster' )->click();
1716         sleep(3);
1717         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing-- Genotype' )
1718           ->click();
1719         sleep(250);
1720         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials tr pop geno kmeans cluster plot');
1721         sleep(5);
1722
1723         $d->driver->refresh();
1724         sleep(3);
1725
1726         my $cor = $d->find_element( 'Genetic correlation',
1727             'partial_link_text', 'scroll up' );
1728         $d->driver->execute_script(
1729             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1730             $cor );
1731         sleep(5);
1732         $d->find_element_ok( 'si_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1733           ->click();
1734         sleep(3);
1735         $d->find_element_ok(
1736 '//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="Training population 2804608595"]',
1737             'xpath',
1738             'select combo pop'
1739         )->click();
1740         sleep(3);
1741         $d->find_element_ok( 'DMCP', 'id', 'rel wt 1st' )->send_keys(3);
1742         sleep(5);
1743         $d->find_element_ok( 'FRW', 'id', 'rel wt 2st' )->send_keys(5);
1744         sleep(5);
1745         $d->find_element_ok( 'calculate_si', 'id', 'calc selection index' )
1746           ->click();
1747         sleep(50);
1748
1749         my $clustering =
1750           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1751         $d->driver->execute_script(
1752             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1753             $clustering );
1754         sleep(5);
1755         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'click cluster pops' )
1756           ->click();
1757         sleep(3);
1758         $d->find_element_ok(
1759 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="2804608595-DMCP-3-FRW-5"]',
1760             'xpath', 'si'
1761         )->click();
1762         sleep(5);
1763         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1764             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1765         sleep(2);
1766         $d->find_element_ok(
1767 '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="Genotype"]',
1768             'xpath', 'genotype'
1769         )->click();
1770         sleep(2);
1771         $d->find_element_ok(
1772             '//*[starts-with(@id, "selection_proportion_input")]',
1773             'xpath', 'fill in sel prop' )->send_keys('15');
1774         sleep(2);
1775         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1776             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1777         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1778             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1779         sleep(2);
1780         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1781             'xpath', 'run cluster' )->click();
1782         sleep(3);
1783         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1784         sleep(140);
1785         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo triasl tr pop SIndex geno kmeans cluster plot');
1786         sleep(5);
1787
1788         $d->driver->refresh();
1789         sleep(5);
1790
1791 # #$d->get_ok('/solgs/models/combined/trials/2804608595/traits/1971973596/gp/1', 'combined trials models summary page');
1792         ## sleep(5);
1793
1794         my $sel_pops =
1795           $d->find_element( 'Predict', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1796         my $elem = $d->driver->execute_script(
1797             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -600);",
1798             $sel_pops );
1799         sleep(5);
1800
1801         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions dataset sel pred')->click();
1802     sleep(5);
1803
1804         my $clustering =
1805           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1806         $d->driver->execute_script(
1807             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1808             $clustering );
1809         sleep(5);
1810         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id',
1811             'select dataset type sl pop - GEBV' )->click();
1812         sleep(3);
1813         $d->find_element_ok(
1814             '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="'
1815               . $accessions_dt_name . '"]',
1816             'xpath',
1817             'select dataset sel pop'
1818         )->click();
1819         sleep(3);
1820         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1821             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1822         sleep(2);
1823         $d->find_element_ok(
1824             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1825             'xpath', 'select gebv' )->click();
1826         sleep(2);
1827         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1828             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1829         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1830             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1831         sleep(2);
1832         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1833             'xpath', 'run GEBV cluster' )->click();
1834         sleep(3);
1835         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1836         sleep(250);
1837         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials accessions dataset gebv kmeans cluster plot');
1838         sleep(5);
1839
1840         $d->driver->refresh();
1841         sleep(5);
1842
1843         my $sel_pops =
1844           $d->find_element( 'Predict', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1845         my $elem = $d->driver->execute_script(
1846             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0, -200);",
1847             $sel_pops );
1848
1849         $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
1850         sleep(5);
1851
1852         my $clustering =
1853           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1854         $d->driver->execute_script(
1855             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1856             $clustering );
1857         sleep(5);
1858         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id',
1859             'select list type sl pop -- GEBV' )->click();
1860         sleep(3);
1861         $d->find_element_ok(
1862             '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="'
1863               . $accessions_list_name . '"]',
1864             'xpath',
1865             'select list sel pop'
1866         )->click();
1867         sleep(3);
1868         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1869             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1870         sleep(2);
1871         $d->find_element_ok(
1872             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1873             'xpath', 'select gebv' )->click();
1874         sleep(2);
1875         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1876             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1877         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1878             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1879         sleep(2);
1880         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1881             'xpath', 'run cluster' )->click();
1882         sleep(3);
1883         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1884         sleep(180);
1885         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo triasl tr pop accessions list gebv kmeans cluster plot');
1886         sleep(5);
1887
1888         $d->driver->refresh();
1889         sleep(3);
1890
1891         my $clustering =
1892           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1893         $d->driver->execute_script(
1894             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1895             $clustering );
1896         sleep(5);
1897         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id', 'select list sl pop' )
1898           ->click();
1899         sleep(3);
1900         $d->find_element_ok(
1901 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1902             'xpath',
1903             'select trial sel pop'
1904         )->click();
1905         sleep(3);
1906         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1907             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1908         sleep(2);
1909         $d->find_element_ok(
1910 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1911             'xpath',
1912             'select genotype'
1913         )->click();
1914         sleep(2);
1915         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1916             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1917         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1918             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1919         sleep(2);
1920         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1921             'xpath', 'run cluster' )->click();
1922         sleep(3);
1923         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1924         sleep(250);
1925         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials tr pop trial sel pop geno kmeans cluster plot');
1926         sleep(5);
1927
1928         $d->driver->refresh();
1929         sleep(3);
1930
1931         # #
1932         my $clustering =
1933           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1934         $d->driver->execute_script(
1935             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1936             $clustering );
1937         sleep(5);
1938         $d->find_element_ok( 'cluster_pops_select', 'id',
1939             'select trial sl pop -- GEBV' )->click();
1940         sleep(3);
1941         $d->find_element_ok(
1942 '//select[@id="cluster_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]',
1943             'xpath',
1944             'select trial sel pop'
1945         )->click();
1946         sleep(3);
1947         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1948             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1949         sleep(2);
1950         $d->find_element_ok(
1951             '//select[@id="cluster_data_type_select"]/option[text()="GEBV"]',
1952             'xpath', 'select gebv' )->click();
1953         sleep(2);
1954         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1955             'xpath', 'clear k number' )->clear();
1956         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1957             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
1958         sleep(2);
1959         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
1960             'xpath', 'run cluster' )->click();
1961         sleep(3);
1962         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
1963         sleep(140);
1964         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials tr pop trial gebv kmeans cluster plot');
1965         sleep(5);
1966
1967         $d->driver->refresh();
1968         sleep(3);
1969
1970         my $clustering =
1971           $d->find_element( 'Models summary', 'partial_link_text',
1972             'scroll up' );
1973         $d->driver->execute_script(
1974             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);",
1975             $clustering );
1976         sleep(5);
1977         $d->find_element_ok(
1978             '//table[@id="model_summary"]//*[contains(text(), "DMCP")]',
1979             'xpath', 'go to  training model pg' )->click();
1980         sleep(5);
1981
1982         my $clustering =
1983           $d->find_element( 'Clustering', 'partial_link_text', 'scroll up' );
1984         $d->driver->execute_script(
1985             "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);",
1986             $clustering );
1987         sleep(5);
1988
1989         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "cluster_type_select")]',
1990             'xpath', 'select k-means' )->send_keys('K-means');
1991         sleep(2);
1992         $d->find_element_ok(
1993 '//*[starts-with(@id, "cluster_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]',
1994             'xpath',
1995             'select genotype'
1996         )->click();
1997         sleep(2);
1998         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
1999             'xpath', 'clear k number' )->clear();
2000         $d->find_element_ok( '//*[starts-with(@id, "k_number_input")]',
2001             'xpath', 'select k number' )->send_keys(4);
2002         sleep(2);
2003         $d->find_element_ok(
2004             '//*[starts-with(@id, "run_cluster")]',
2005             'xpath',
2006             'run genotype cluster'
2007         )->click();
2008         sleep(3);
2009         $d->find_element_ok( 'no_queue', 'id', 'no job queueing' )->click();
2010         sleep(250);
2011         $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "Cluster variances")]', 'xpath', 'check combo trials tr pop trait model geno kmeans cluster plot');
2012         sleep(5);
2013
2014         foreach my $list_id ( $trials_list_id, $accessions_list_id, $plots_list_id ) {
2015             $list_id =~ s/\w+_//g;
2016             $solgs_data->delete_list($list_id);
2017         }
2018
2019         foreach my $dataset_id ( $trials_dt_id, $accessions_dt_id, $plots_dt_id ) {
2020             $dataset_id =~ s/\w+_//g;
2021             $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
2022         }
2023
2024 });
2025
2026 done_testing();