t/selenium2/solgs/pca.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use File::Spec::Functions qw / catfile catdir/;
   7 use Test::More;
   8 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   9 use SGN::Test::Fixture;
  10 use SGN::Test::solGSData;
  11
  12
  13 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  14 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  15 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new(
  16     {
  17         'fixture'                => $f,
  18         'accessions_list_subset' => 60,
  19         'plots_list_subset'      => 60
  20     }
  21 );
  22
  23 my $cache_dir    = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  24 my $protocol_dir = $solgs_data->default_protocol_dir();
  25 my $pca_dir  = catdir( $protocol_dir, 'pca' );
  26 my $log_dir  = catdir( $protocol_dir, 'log' );
  27
  28 # my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  29 print STDERR "\nsite_cluster_shared_dir-- $cache_dir\n";
  30
  31 my $accessions_list = $solgs_data->load_accessions_list();
  32
  33 # my $accessions_list = $solgs_data->get_list_details('accessions');
  34 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  35 my $accessions_list_id   = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  36 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  37 my $plots_list = $solgs_data->load_plots_list();
  38
  39 # my $plots_list =  $solgs_data->get_list_details('plots');
  40 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  41 my $plots_list_id   = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  42
  43 print STDERR "\nadding trials list\n";
  44 my $trials_list = $solgs_data->load_trials_list();
  45
  46 # my $trials_list =  $solgs_data->get_list_details('trials');
  47 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  48 my $trials_list_id   = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  49 print STDERR "\nadding trials dataset\n";
  50
  51 # my $trials_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('trials');
  52 my $trials_dt      = $solgs_data->load_trials_dataset();
  53 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  54 my $trials_dt_id   = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  55 print STDERR "\nadding accessions dataset\n";
  56
  57 # my $accessions_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('accessions');
  58 my $accessions_dt      = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  59 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  60 my $accessions_dt_id   = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  61
  62 print STDERR "\nadding plots dataset\n";
  63
  64 # my $plots_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('plots');
  65 my $plots_dt      = $solgs_data->load_plots_dataset();
  66 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  67 my $plots_dt_id   = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  68
  69 #$accessions_dt_name = '' . $accessions_dt_name . '';
  70 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  71 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  72 print STDERR "\nplots dt: $plots_dt_name -- $plots_dt_id\n";
  73
  74 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  75 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  76 print STDERR "\nplots list: $plots_list_name -- $plots_list_id\n";
  77
  78 `rm -r $cache_dir`;
  79
  80 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  81
  82     $d->get_ok('/pca/analysis', 'pca home page');
  83     sleep(5);
  84     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
  85     sleep(2);
  86     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run pca')->click();
  87     sleep(3);
  88     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'queue pca job')->click();
  89     sleep(3);
  90     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'clones list job name')->send_keys('geno pca job');
  91     sleep(2);
  92     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  93         sleep(2);
  94     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  95     sleep(200);
  96     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to pca pg')->click();
  97     sleep(3);
  98
  99     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 100     sleep(2);
 101     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run pca accessions list (genotype)')->click();
 102     sleep(5);
 103     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check accessions list geno  pca plot')->click();
 104     sleep(5);
 105
 106     `rm -r $cache_dir`;
 107     $d->driver->refresh();
 108     sleep(5);
 109
 110     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 111     sleep(2);
 112     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 113     sleep(3);
 114     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 115     sleep(200);
 116     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check accessions list geno  pca plot')->click();
 117     sleep(5);
 118
 119     $d->driver->refresh();
 120     sleep(5);
 121
 122     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select phenotype')->click();
 123     sleep(2);
 124     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 125     sleep(3);
 126     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 127     sleep(240);
 128     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials list pheno pca plot')->click();
 129     sleep(5);
 130
 131     $d->driver->refresh();
 132     sleep(5);
 133
 134     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 135     sleep(2);
 136     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 137     sleep(3);
 138     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 139     sleep(240);
 140     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials list geno pca plot')->click();
 141     sleep(5);
 142
 143    `rm -r $cache_dir`;
 144     $d->driver->refresh();
 145     sleep(5);
 146
 147     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 148     sleep(2);
 149     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_list_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 150     sleep(3);
 151     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 152     sleep(200);
 153     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials list pheno pca plot')->click();
 154     sleep(5);
 155
 156     `rm -r $cache_dir`;
 157
 158     $d->driver->refresh();
 159     sleep(5);
 160
 161     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 162     sleep(3);
 163     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 164     sleep(3);
 165     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 166     sleep(200);
 167     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check accessions dataset geno pca plot')->click();
 168     sleep(5);
 169
 170     $d->driver->refresh();
 171     sleep(5);
 172
 173     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_dt_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select phenotype')->click();
 174     sleep(3);
 175     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $plots_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 176     sleep(3);
 177     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 178     sleep(200);
 179     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check plots dataset  pheno pca plot')->click();
 180     sleep(5);
 181
 182     $d->driver->refresh();
 183     sleep(5);
 184
 185     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 186     sleep(3);
 187     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 188     sleep(3);
 189     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 190     sleep(200);
 191     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials dataset geno pca plot')->click();
 192     sleep(5);
 193
 194     $d->driver->refresh();
 195     sleep(5);
 196
 197     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select phenotype')->click();
 198     sleep(3);
 199     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $trials_dt_id .'"]//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 200     sleep(3);
 201     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 202     sleep(200);
 203     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials dataset pheno pca plot')->click();
 204     sleep(5);
 205
 206     `rm -r $cache_dir`;
 207
 208     $d->get_ok('/breeders/trial/139', 'trial detail home page');
 209     sleep(10);
 210
 211     my $analysis_tools = $d->find_element('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 212     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $analysis_tools);
 213     sleep(5);
 214     $d->find_element_ok('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis')->click();
 215     sleep(5);
 216     $d->find_element_ok('ANOVA', 'partial_link_text', 'collapse anova')->click();
 217     sleep(3);
 218     $d->find_element_ok('PCA', 'partial_link_text', 'expand PCA')->click();
 219     sleep(3);
 220     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select phenotype')->click();
 221     sleep(10);
 222     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 223     sleep(3);
 224     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 225     sleep(200);
 226     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trial page pheno pca plot')->click();
 227     sleep(5);
 228
 229     $d->driver->refresh();
 230     sleep(5);
 231
 232     my $analysis_tools = $d->find_element('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools');
 233     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $analysis_tools);
 234     sleep(5);
 235     $d->find_element_ok('Analysis Tools', 'partial_link_text', 'toogle analysis tools')->click();
 236     sleep(5);
 237     $d->find_element_ok('ANOVA', 'partial_link_text', 'collapse anova')->click();
 238     sleep(3);
 239     $d->find_element_ok('PCA', 'partial_link_text', 'expand PCA')->click();
 240     sleep(3);
 241     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 242     sleep(10);
 243     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 244     sleep(3);
 245     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 246     sleep(200);
 247     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check trials page geno pca plot')->click();
 248     sleep(5);
 249
 250     `rm -r $cache_dir`;
 251
 252     $d->get_ok('/solgs', 'solgs homepage');
 253     sleep(10);
 254
 255     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 256     sleep(5);
 257     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 258     sleep(5);
 259     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 260     sleep(5);
 261     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 262     sleep(2);
 263     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'Test Kasese Tr pop')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
 264     sleep(2);
 265     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 266         sleep(2);
 267     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 268     sleep(200);
 269     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to solgs homepage')->click();
 270     sleep(3);
 271
 272     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 273     sleep(5);
 274     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 275     sleep(5);
 276     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
 277     sleep(15);
 278
 279     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model')->click();
 280     sleep(3);
 281     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'modeling job queueing')->click();
 282     sleep(2);
 283     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'modeling analysis name')->send_keys('Test DMCP model Kasese');
 284     sleep(2);
 285         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 286     sleep(2);
 287     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 288     sleep(150);
 289     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to training pop page')->click();
 290     sleep(7);
 291
 292     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model -- go to model page')->click();
 293     sleep(3);
 294     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 295     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 296     sleep(5);
 297     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 298     sleep(5);
 299     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 300     sleep(3);
 301     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 302     sleep(200);
 303     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check geno pca plot in model page')->click();
 304     sleep(5);
 305
 306     $d->driver->refresh();
 307     sleep(5);
 308
 309     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 310     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 311     sleep(3);
 312     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 313     sleep(5);
 314     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 315     sleep(3);
 316     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 317     sleep(200);
 318     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check pheno pca plot in model page')->click();
 319     sleep(5);
 320
 321     $d->driver->refresh();
 322     sleep(5);
 323
 324     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 325     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 326     sleep(2);
 327     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 328     sleep(2);
 329     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 330     sleep(10);
 331     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 332     sleep(5);
 333     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 334     sleep(3);
 335     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', ' sel pred analysis name')->send_keys('Test DMCP selection pred Kasese');
 336     sleep(3);
 337         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 338     sleep(3);
 339     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 340     sleep(200);
 341     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to model page')->click();
 342     sleep(3);
 343
 344     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 345     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 346     sleep(8);
 347     $d->find_element_ok('DMCP', 'partial_link_text', 'go to selection pop prediction page')->click();
 348     sleep(5);
 349
 350     # $d->get_ok('/solgs/selection/141/model/139/trait/70666/gp/1', 'selection prediction page');
 351     # sleep(5);
 352
 353     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 354     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 355     sleep(5);
 356     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 357     sleep(10);
 358     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 359     sleep(3);
 360     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 361     sleep(200);
 362     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check geno pca plot in selection pop page')->click();
 363     sleep(5);
 364
 365     `rm -r $cache_dir`;
 366
 367     $d->get_ok('/solgs', 'solgs homepage');
 368     sleep(4);
 369
 370     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 371     sleep(2);
 372     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 373     sleep(1);
 374     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 375     sleep(2);
 376     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('nacrri');
 377     sleep(5);
 378     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 379     sleep(3);
 380
 381     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 382     sleep(2);
 383     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 384     sleep(2);
 385     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 386     sleep(2);
 387     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 388     sleep(3);
 389     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit combine trials job ')->click();
 390     sleep(2);
 391     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'combo trials tr pop')->send_keys('combo trials tr pop');
 392     sleep(2);
 393     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 394         sleep(2);
 395     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 396     sleep(200);
 397     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to solgs homepage')->click();
 398     sleep(3);
 399
 400
 401     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 402     sleep(2);
 403     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 404     sleep(1);
 405     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 406     sleep(2);
 407     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('nacrri');
 408     sleep(5);
 409     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 410     sleep(5);
 411
 412     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 413     sleep(3);
 414     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 415     sleep(3);
 416     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 417     sleep(3);
 418     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials -- go to combined trials training pop page')->click();
 419     sleep(20);
 420
 421     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model')->click();
 422     sleep(3);
 423     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
 424     sleep(2);
 425     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'Test DMCP model combo')->send_keys('Test DMCP model combo');
 426     sleep(2);
 427         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 428     sleep(2);
 429     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 430     sleep(140);
 431     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to training pop page')->click();
 432     sleep(7);
 433
 434
 435     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model')->click();
 436     sleep(3);
 437     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 438     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 439     sleep(5);
 440     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 441     sleep(10);
 442     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 443     sleep(3);
 444     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 445     sleep(200);
 446     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check geno pca plot in model page')->click();
 447     sleep(5);
 448
 449     $d->driver->refresh();
 450     sleep(5);
 451
 452     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 453     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 454     sleep(5);
 455     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Phenotype"]', 'xpath', 'select phenotype')->click();
 456     sleep(10);
 457     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 458     sleep(3);
 459     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 460     sleep(200);
 461     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check pheno pca plot in model page')->click();
 462     sleep(5);
 463
 464     $d->driver->refresh();
 465     sleep(5);
 466
 467     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 468     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 469     sleep(2);
 470     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 471     sleep(2);
 472     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 473     sleep(20);
 474     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click sel pop')->click();
 475     sleep(5);
 476     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 477     sleep(4);
 478     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'selection pop prediction analysis name')->send_keys('Test DMCP selection pred nacrri');
 479     sleep(4);
 480         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 481     sleep(3);
 482     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 483     sleep(200);
 484     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back to model page')->click();
 485     sleep(5);
 486
 487     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 488     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 489     sleep(8);
 490     $d->find_element_ok('DMCP', 'partial_link_text', 'go to selection pop prediction page')->click();
 491     sleep(5);
 492
 493     # $d->get_ok('/solgs/selection/141/model/139/trait/70666/gp/1', 'selection prediction page');
 494     # sleep(5);
 495
 496     my $pca = $d->find_element('PCA', 'partial_link_text', 'scroll up');
 497     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $pca);
 498     sleep(5);
 499     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id,"pca_data_type_select")]/option[text()="Genotype"]', 'xpath', 'select genotype')->click();
 500     sleep(10);
 501     $d->find_element_ok('//*[starts-with(@id, "run_pca")]', 'xpath', 'run_pca')->click();
 502     sleep(3);
 503     $d->find_element_ok('no_queue', 'id', 'no job queueing')->click();
 504     sleep(200);
 505     $d->find_element_ok('//*[contains(text(), "PC2")]', 'xpath', 'check geno pca plot in selection pop page')->click();
 506     sleep(5);
 507
 508
 509     foreach my $list_id ( $trials_list_id, $accessions_list_id, $plots_list_id ) {
 510             $list_id =~ s/\w+_//g;
 511             $solgs_data->delete_list($list_id);
 512         }
 513
 514     foreach my $dataset_id ( $trials_dt_id, $accessions_dt_id, $plots_dt_id ) {
 515             $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 516             $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 517     }
 518
 519 });
 520
 521
 522 done_testing();