t/selenium2/solgs/selection_index.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use Test::More;
   7 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   8 use SGN::Test::Fixture;
   9 use SGN::Test::solGSData;
  10
  11 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  12 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  13
  14 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new({'fixture' => $f, 'accessions_list_subset' => 60, 'plots_list_subset' => 60});
  15 my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  16 print STDERR "\nsite_cluster_shared_dir-- $cache_dir\n";
  17
  18
  19 my $accessions_list =  $solgs_data->load_accessions_list();
  20 # my $accessions_list = $solgs_data->get_list_details('accessions');
  21 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  22 my $accessions_list_id = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  23 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  24 my $plots_list =  $solgs_data->load_plots_list();
  25 # my $plots_list =  $solgs_data->get_list_details('plots');
  26 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  27 my $plots_list_id = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  28
  29 print STDERR "\nadding trials list '\n";
  30 my $trials_list =  $solgs_data->load_trials_list();
  31 # my $trials_list =  $solgs_data->get_list_details('trials');
  32 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  33 my $trials_list_id = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  34 print STDERR "\nadding trials dataset\n";
  35 # my $trials_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('trials');
  36 my $trials_dt = $solgs_data->load_trials_dataset();
  37 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  38 my $trials_dt_id = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  39 print STDERR "\nadding accessions dataset\n";
  40 # my $accessions_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('accessions');
  41 my $accessions_dt = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  42 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  43 my $accessions_dt_id = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  44
  45 print STDERR "\nadding plots dataset\n";
  46 # my $plots_dt =  $solgs_data->get_dataset_details('plots');
  47 my $plots_dt = $solgs_data->load_plots_dataset();
  48 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  49 my $plots_dt_id = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  50
  51 #$accessions_dt_name = '' . $accessions_dt_name . '';
  52 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  53 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  54 print STDERR "\nplots dt: $plots_dt_name -- $plots_dt_id\n";
  55
  56 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  57 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  58 print STDERR "\nplots list: $plots_list_name -- $plots_list_id\n";
  59
  60 `rm -r $cache_dir`;
  61 sleep(5);
  62
  63 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  64     sleep(2);
  65     $d->get('/solgs', 'solgs home page');
  66     sleep(4);
  67     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  68     sleep(5);
  69     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
  70     sleep(5);
  71     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  72     sleep(3);
  73     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
  74     sleep(2);
  75     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
  76     sleep(2);
  77         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  78     sleep(2);
  79     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  80     sleep(90);
  81     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
  82     sleep(5);
  83     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  84     sleep(5);
  85     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
  86     sleep(5);
  87     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  88     sleep(15);
  89
  90
  91     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
  92     sleep(1);
  93     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
  94     sleep(1);
  95     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
  96     sleep(3);
  97     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
  98     sleep(2);
  99     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 100     sleep(2);
 101         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 102     sleep(2);
 103     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 104     sleep(150);
 105     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 106     sleep(3);
 107     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 108     sleep(1);
 109     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 110     sleep(1);
 111     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 112     sleep(5);
 113
 114     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 115     sleep(2);
 116     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 117     sleep(5);
 118     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 119     sleep(5);
 120     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 121     sleep(2);
 122     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred naccri');
 123     sleep(2);
 124         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 125     sleep(2);
 126     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 127     sleep(170);
 128     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 129     sleep(10);
 130
 131
 132     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 133     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 134     sleep(5);
 135     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 136     sleep(3);
 137     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="Kasese solgs trial"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 138     sleep(3);
 139     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(3);
 140     sleep(5);
 141     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(5);
 142     sleep(5);
 143     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 144     sleep(80);
 145
 146     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 147     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-10);", $si);
 148     sleep(5);
 149     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Values")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 150     sleep(2);
 151     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 152     sleep(2);
 153     # $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Indices")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 154     # sleep(2);
 155
 156     $d->driver->refresh();
 157     sleep(2);
 158
 159     my $cor = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 160     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $cor);
 161     sleep(5);
 162     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 163     sleep(3);
 164     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 165     sleep(3);
 166     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(2);
 167     sleep(5);
 168     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(4);
 169     sleep(5);
 170     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 171     sleep(60);
 172
 173     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 174     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-10);", $si);
 175     sleep(5);
 176     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Values")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 177     sleep(2);
 178     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 179     sleep(2);
 180     # $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Indices")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 181     # sleep(2);
 182
 183
 184     `rm -r $cache_dir`;
 185     $d->get('/solgs');
 186
 187     sleep(2);
 188     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 189     sleep(2);
 190     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 191     sleep(1);
 192     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 193     sleep(2);
 194     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 195     sleep(5);
 196     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 197     sleep(5);
 198
 199     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 200     sleep(2);
 201     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 202     sleep(2);
 203     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 204     sleep(2);
 205     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 206     sleep(3);
 207     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
 208     sleep(2);
 209     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'analysis name')->send_keys('combined trials');
 210     sleep(2);
 211     $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 212     sleep(2);
 213     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 214     sleep(200);
 215     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 216     sleep(3);
 217
 218
 219     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
 220     sleep(2);
 221     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 222     sleep(3);
 223     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->clear();
 224     sleep(2);
 225     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 nacrri');
 226     sleep(5);
 227     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
 228     sleep(5);
 229
 230     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="139"]', 'xpath', 'select trial kasese')->click();
 231     sleep(3);
 232     $d->find_element_ok('//table[@id="searched_trials_table"]//input[@value="141"]', 'xpath', 'select trial nacrri')->click();
 233     sleep(3);
 234     $d->find_element_ok('select_trials_btn', 'id', 'done selecting')->click();
 235     sleep(3);
 236     $d->find_element_ok('combine_trait_trials', 'id', 'combine trials')->click();
 237     sleep(20);
 238
 239     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 240     sleep(1);
 241     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 242     sleep(1);
 243     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 244     sleep(10);
 245     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 246     sleep(2);
 247     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'analysis name')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling combo trials');
 248     sleep(2);
 249         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 250         sleep(2);
 251     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 252     sleep(180);
 253     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 254     sleep(3);
 255
 256     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 257     sleep(1);
 258     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 259     sleep(1);
 260     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 261     sleep(5);
 262
 263     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 264     sleep(5);
 265     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 266     sleep(20);
 267     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 268     sleep(5);
 269     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 270     sleep(2);
 271     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'analysis name')->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred naccri');
 272     sleep(2);
 273         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 274         sleep(2);
 275     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 276     sleep(150);
 277     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 278     sleep(5);
 279
 280     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 281     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $si);
 282     sleep(5);
 283     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 284     sleep(3);
 285     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[contains(text(), "Training population 280")]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 286     sleep(3);
 287     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(3);
 288     sleep(5);
 289     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(5);
 290     sleep(5);
 291     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 292     sleep(80);
 293
 294     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 295     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-10);", $si);
 296     sleep(5);
 297     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Values")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 298     sleep(2);
 299     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 300     sleep(2);
 301
 302     $d->driver->refresh();
 303     sleep(2);
 304
 305     my $cor = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 306     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $cor);
 307     sleep(5);
 308     $d->find_element_ok('si_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 309     sleep(3);
 310     $d->find_element_ok('//select[@id="si_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]', 'xpath', 'select trial type tr pop')->click();
 311     sleep(3);
 312     $d->find_element_ok('DMCP', 'id', 'rel wt 1st')->send_keys(2);
 313     sleep(5);
 314     $d->find_element_ok('FRW', 'id', 'rel wt 2st')->send_keys(4);
 315     sleep(5);
 316     $d->find_element_ok('calculate_si', 'id',  'calc selection index')->click();
 317     sleep(60);
 318
 319     my $si = $d->find_element('selection index', 'partial_link_text', 'scroll up');
 320     $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-10);", $si);
 321     sleep(5);
 322     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Values")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 323     sleep(2);
 324     $d->find_element_ok('//div[@id="si_canvas"]//*[contains(text(), "Index Name")]', 'xpath', 'check caption')->click();
 325     sleep(2);
 326
 327     foreach my $list_id ($trials_list_id, $accessions_list_id, $plots_list_id) {
 328         $list_id =~ s/\w+_//g;
 329         $solgs_data->delete_list($list_id);
 330     }
 331
 332     foreach my $dataset_id ($trials_dt_id, $accessions_dt_id, $plots_dt_id) {
 333         $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 334         $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 335     }
 336
 337 });
 338
 339
 340
 341 done_testing();