t/selenium2/solgs/solgs.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use Test::More;
   7 use SGN::Test::WWW::WebDriver;
   8 use SGN::Test::Fixture;
   9 use SGN::Test::solGSData;
  10 use Config::Any;
  11
  12 my $d = SGN::Test::WWW::WebDriver->new();
  13 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  14
  15 my $solgs_data = SGN::Test::solGSData->new({'fixture' => $f, 'accessions_list_subset' => 60, 'plots_list_subset' => 60});
  16 my $cache_dir = $solgs_data->site_cluster_shared_dir();
  17 print STDERR "\nsite_cluster_shared_dir-- $cache_dir\n";
  18
  19
  20 my $accessions_list =  $solgs_data->load_accessions_list();
  21 my $accessions_list_name = $accessions_list->{list_name};
  22 my $accessions_list_id   = 'list_' . $accessions_list->{list_id};
  23
  24 my $plots_list =  $solgs_data->load_plots_list();
  25 my $plots_list_name = $plots_list->{list_name};
  26 my $plots_list_id = 'list_' . $plots_list->{list_id};
  27
  28 my $trials_list =  $solgs_data->load_trials_list();
  29 my $trials_list_name = $trials_list->{list_name};
  30 my $trials_list_id = 'list_' . $trials_list->{list_id};
  31
  32 my $trials_dt = $solgs_data->load_trials_dataset();
  33 my $trials_dt_name = $trials_dt->{dataset_name};
  34 my $trials_dt_id = 'dataset_' . $trials_dt->{dataset_id};
  35 my $accessions_dt = $solgs_data->load_accessions_dataset();
  36 my $accessions_dt_name = $accessions_dt->{dataset_name};
  37 my $accessions_dt_id = 'dataset_' . $accessions_dt->{dataset_id};
  38
  39 my $plots_dt = $solgs_data->load_plots_dataset();
  40 my $plots_dt_name = $plots_dt->{dataset_name};
  41 my $plots_dt_id = 'dataset_' . $plots_dt->{dataset_id};
  42
  43 print STDERR "\ntrials dt: $trials_dt_name -- $trials_dt_id\n";
  44 print STDERR "\naccessions dt: $accessions_dt_name -- $accessions_dt_id\n";
  45 print STDERR "\nplots dt: $plots_dt_name -- $plots_dt_id\n";
  46
  47 print STDERR "\ntrials list: $trials_list_name -- $trials_list_id\n";
  48 print STDERR "\naccessions list: $accessions_list_name -- $accessions_list_id\n";
  49 print STDERR "\nplots list: $plots_list_name -- $plots_list_id\n";
  50
  51
  52 `rm -r $cache_dir`;
  53 sleep(5);
  54
  55 $d->while_logged_in_as("submitter", sub {
  56     sleep(2);
  57     $d->get('/solgs', 'solgs home page');
  58     sleep(4);
  59     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  60     sleep(5);
  61     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
  62     sleep(5);
  63     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  64     sleep(3);
  65     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'submit job tr pop')->click();
  66     sleep(2);
  67     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test Kasese Tr pop');
  68     sleep(2);
  69         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  70     sleep(2);
  71     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  72     sleep(150);
  73     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
  74     sleep(5);
  75     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('Kasese solgs trial');
  76     sleep(5);
  77     $d->find_element_ok('search_trial', 'id', 'search for training pop')->click();
  78     sleep(5);
  79     $d->find_element_ok('Kasese', 'partial_link_text', 'create training pop')->click();
  80     sleep(15);
  81
  82     $d->find_element_ok('Genotype data', 'partial_link_text',  'download training pop genotype data');
  83     sleep(3);
  84     $d->find_element_ok('Phenotype data', 'partial_link_text',  'download training pop phenotype data');
  85     sleep(3);
  86     sleep(3);
  87    # #  #trial type training population: single trait modeling
  88
  89     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model')->click();
  90     sleep(3);
  91     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'no job queueing')->click();
  92     sleep(2);
  93     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'no job queueing')->send_keys('Test DMCP model Kasese');
  94     sleep(2);
  95         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
  96     sleep(2);
  97     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
  98     sleep(150);
  99     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 100     sleep(7);
 101
 102     $d->find_element_ok('dry matter', 'partial_link_text',  'build model')->click();
 103     sleep(15);
 104
 105     my $sel_pred = $d->find_element('Model accuracy statistics', 'partial_link_text', 'scroll to accuracy');
 106     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 107     sleep(2);
 108     $d->find_element_ok('Download model accuracy', 'partial_link_text',  'download accuracy');
 109     sleep(3);
 110
 111     my $sel_pred = $d->find_element('GEBVs vs observed', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 112     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $sel_pred);
 113     sleep(2);
 114     $d->find_element_ok('download_gebvs_histo_plot', 'id',  'download gebvs');
 115     sleep(3);
 116
 117         my $sel_pred = $d->find_element('GEBVs vs observed', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 118     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $sel_pred);
 119     sleep(2);
 120     $d->find_element_ok('save_gebvs', 'id',  'store gebvs')->click();
 121     sleep(150);
 122         $d->find_element_ok('View stored GEBVs', 'partial_link_text',  'view store gebvs')->click();
 123     sleep(20);
 124
 125     $d->driver->go_back();
 126     sleep(15);
 127
 128     my $sel_pred = $d->find_element('Marker effects', 'partial_link_text', 'scroll to marker effects');
 129     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-200);", $sel_pred);
 130     sleep(2);
 131     $d->find_element_ok('Marker effects', 'partial_link_text', 'expand marker effects')->click();
 132     sleep(2);
 133     $d->find_element_ok('Download marker', 'partial_link_text',  'download marker effects');
 134     sleep(3);
 135
 136     my $download = $d->find_element('Download data', 'partial_link_text', 'download model data section');
 137     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $download);
 138     sleep(2);
 139     $d->find_element_ok('Genotype data', 'partial_link_text',  'download model genotype data');
 140     sleep(3);
 141     $d->find_element_ok('Phenotype data', 'partial_link_text',  'download model phenotype data');
 142     sleep(3);
 143     $d->find_element_ok('Analysis log', 'partial_link_text',  'download analysis log');
 144     sleep(3);
 145     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 146     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 147     sleep(2);
 148     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 149     sleep(2);
 150     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 151     sleep(30);
 152     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 153     sleep(5);
 154     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 155     sleep(2);
 156     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'fill in selection prediction job name')->send_keys('Test DMCP selection pred nacrri');
 157     sleep(2);
 158         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'fill user email')->send_keys('email@email.com');
 159     sleep(2);
 160     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 161     sleep(180);
 162     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 163     sleep(3);
 164
 165     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 166     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 167     sleep(8);
 168     $d->find_element_ok('DMCP', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 169     sleep(5);
 170
 171     my $sel_pred = $d->find_element('Expected genetic gain', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 172     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $sel_pred);
 173     sleep(2);
 174     $d->find_element_ok('check_genetic_gain', 'id',  'run plot genetic gain')->click();
 175     sleep(20);
 176     $d->find_element_ok('boxplot', 'partial_link_text',  'checkout boxplot download link');
 177     sleep(2);
 178
 179     $d->driver->refresh();
 180     sleep(3);
 181
 182         my $sel_pred = $d->find_element('Expected genetic gain', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 183     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $sel_pred);
 184     sleep(2);
 185     $d->find_element_ok('Genotype data', 'partial_link_text',  'download selection pop genotype data');
 186     sleep(3);
 187     $d->find_element_ok('Analysis log', 'partial_link_text',  'download analysis log');
 188     sleep(3);
 189     $d->find_element_ok('save_gebvs', 'id',  'store gebvs')->click();
 190     sleep(150);
 191         $d->find_element_ok('View stored GEBVs', 'partial_link_text',  'view store gebvs')->click();
 192     sleep(20);
 193
 194     $d->driver->go_back();
 195     sleep(15);
 196
 197     $d->driver->go_back();
 198     sleep(5);
 199
 200     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 201     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 202     sleep(5);
 203     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
 204     sleep(5);
 205     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 206     sleep(2);
 207     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('accessions list sel pred');
 208     sleep(2);
 209         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 210     sleep(2);
 211     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 212     sleep(150);
 213
 214     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 215     sleep(5);
 216
 217     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 218     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 219     sleep(10);
 220      $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'accessions list sel pred')->click();
 221     sleep(5);
 222     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 223     sleep(10);
 224
 225         my $sel_pred = $d->find_element('Expected genetic gain', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 226     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $sel_pred);
 227     sleep(2);
 228     $d->find_element_ok('save_gebvs', 'id',  'store gebvs')->click();
 229     sleep(80);
 230         $d->find_element_ok('View stored GEBVs', 'partial_link_text',  'view store gebvs')->click();
 231     sleep(20);
 232
 233     $d->driver->go_back();
 234     sleep(15);
 235
 236     $d->driver->go_back();
 237     sleep(5);
 238
 239 #####################
 240         # $d->get('/solgs/trait/70741/population/139/gp/1');
 241         # sleep(5);
 242 #####################
 243
 244     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 245     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 246     sleep(12);
 247     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 248     sleep(2);
 249     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 250     sleep(2);
 251     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('dataset clones sel pred');
 252     sleep(2);
 253         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 254     sleep(2);
 255     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 256     sleep(150);
 257     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 258     sleep(5);
 259
 260     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 261     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 262     sleep(5);
 263
 264     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 265     sleep(5);
 266     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "DMCP")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 267     sleep(5);
 268
 269         my $sel_pred = $d->find_element('Expected genetic gain', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 270         my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $sel_pred);
 271         sleep(2);
 272         $d->find_element_ok('save_gebvs', 'id',  'store gebvs')->click();
 273         sleep(80);
 274         $d->find_element_ok('View stored GEBVs', 'partial_link_text',  'view store gebvs')->click();
 275         sleep(20);
 276
 277         $d->driver->go_back();
 278         sleep(15);
 279
 280     $d->driver->refresh();
 281     sleep(3);
 282
 283       $d->find_element_ok('Kasese solgs trial', 'partial_link_text', 'back to model page')->click();
 284     sleep(5);
 285         $d->find_element_ok('Kasese solgs trial', 'partial_link_text', 'back to training pop page')->click();
 286         sleep(5);
 287
 288     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 289     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 290     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 291     sleep(3);
 292     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 293     sleep(2);
 294     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('Test DMCP-FRW modeling  Kasese');
 295     sleep(2);
 296         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 297     sleep(2);
 298     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 299     sleep(150);
 300     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 301     sleep(3);
 302
 303 #####################
 304         # $d->get('/solgs/population/139/gp/1');
 305         # sleep(5);
 306 #####################
 307
 308     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[1]/td/input', 'xpath', 'select 1st trait')->click();
 309     sleep(1);
 310     $d->find_element_ok('//table[@id="population_traits_list"]/tbody/tr[2]/td/input', 'xpath', 'select 2nd trait')->click();
 311     sleep(1);
 312     $d->find_element_ok('runGS', 'id',  'build multi models')->click();
 313     sleep(5);
 314
 315
 316     $d->find_element_ok('trial_search_box', 'id', 'population search form')->send_keys('trial2 NaCRRI');
 317     sleep(2);
 318     $d->find_element_ok('search_selection_pop', 'id', 'search for selection pop')->click();
 319     sleep(5);
 320     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click training pop')->click();
 321     sleep(5);
 322     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 323     sleep(2);
 324     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'fill in job name')->send_keys('Test DMCP-FRW selection pred naccri');
 325     sleep(2);
 326         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'fill in user email')->send_keys('email@email.com');
 327     sleep(2);
 328     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 329     sleep(250);
 330     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 331     sleep(5);
 332     $d->find_element_ok('//table[@id="selection_pops_table"]//*[contains(text(), "FRW")]', 'xpath', 'check multi traits selection prediction ')->click();
 333     sleep(5);
 334
 335     $d->driver->go_back();
 336     sleep(6);
 337
 338     my $sel_pred = $d->find_element('Expected genetic gain', 'partial_link_text', 'scroll to GEBvs');
 339     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-100);", $sel_pred);
 340     sleep(2);
 341     $d->find_element_ok('gg_pops_select', 'id', 'select list sl pop')->click();
 342     sleep(3);
 343     $d->find_element_ok('//select[@id="gg_pops_select"]/option[text()="trial2 NaCRRI"]', 'xpath', 'select selection pop')->click();
 344     sleep(3);
 345     $d->find_element_ok('check_genetic_gain', 'id',  'run plot genetic gain')->click();
 346     sleep(40);
 347     $d->find_element_ok('boxplot', 'partial_link_text',  'check multi traits  boxplot download link');
 348     sleep(2);
 349
 350     $d->driver->refresh();
 351     sleep(3);
 352
 353     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 354     sleep(5);
 355     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 356     sleep(2);
 357     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('clones list dmc-frw sel pred');
 358     sleep(2);
 359         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 360     sleep(2);
 361     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 362     sleep(250);
 363     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 364     sleep(2);
 365     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 366     sleep(5);
 367     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_list_id .'"]//*[contains(text(), "FRW")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 368     sleep(5);
 369
 370     $d->driver->go_back();
 371     sleep(5);
 372
 373     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'click list sel pred')->click();
 374     sleep(5);
 375     $d->find_element_ok('queue_job', 'id', 'job queueing')->click();
 376     sleep(2);
 377     $d->find_element_ok('analysis_name', 'id', 'job queueing')->send_keys('dataset clones sel pred2');
 378     sleep(2);
 379         $d->find_element_ok('user_email', 'id', 'user email')->send_keys('email@email.com');
 380     sleep(2);
 381     $d->find_element_ok('submit_job', 'id', 'submit')->click();
 382     sleep(250);
 383     $d->find_element_ok('Go back', 'partial_link_text', 'go back')->click();
 384     sleep(3);
 385
 386     my $sel_pred = $d->find_element('Predict', 'partial_link_text', 'scroll to selection pred');
 387     my $elem = $d->driver->execute_script( "arguments[0].scrollIntoView(true);window.scrollBy(0,-70);", $sel_pred);
 388     sleep(5);
 389     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "Predict")]', 'xpath', 'dataset dmcp-frw pred')->click();
 390     $d->find_element_ok('//tr[@id="' . $accessions_dt_id .'"]//*[contains(text(), "FRW")]', 'xpath', 'dataset dmcp-frw pred')->click();
 391     sleep(10);
 392
 393     foreach my $list_id ($trials_list_id, $accessions_list_id, $plots_list_id) {
 394         $list_id =~ s/\w+_//g;
 395         $solgs_data->delete_list($list_id);
 396     }
 397
 398     foreach my $dataset_id ($trials_dt_id, $accessions_dt_id, $plots_dt_id) {
 399         $dataset_id =~ s/\w+_//g;
 400         $solgs_data->delete_dataset($dataset_id);
 401     }
 402
 403
 404
 405
 406 });
 407
 408
 409
 410 done_testing();