t/unit_fixture/CXGN/List.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use Test::More;
   7 use Data::Dumper;
   8 use SGN::Test::Fixture;
   9 use CXGN::List;
  10
  11 my $t = SGN::Test::Fixture->new();
  12
  13
  14 my $lists = CXGN::List::available_lists($t->dbh(), 41);
  15
  16 my @lists_sorted = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$lists;
  17
  18 print STDERR Dumper \@lists_sorted;
  19  is_deeply(\@lists_sorted,  [
  20                [
  21             '3',
  22             'test_stocks',
  23             undef,
  24             '5',
  25             '76451',
  26             'accessions',
  27                    '0',
  28                '0001-01-01 00:00:00',
  29                '0001-01-01 00:00:00'
  30           ],
  31           [
  32             '5',
  33             'accessions_for_solgs_tests',
  34             undef,
  35             '374',
  36             '76451',
  37             'accessions',
  38                    '0',
  39               '0001-01-01 00:00:00',
  40               '0001-01-01 00:00:00'
  41           ],
  42           [
  43             '6',
  44             'accessions_for_trial2',
  45             undef,
  46             '307',
  47             '76451',
  48             'accessions',
  49                   '0',
  50               '0001-01-01 00:00:00',
  51               '0001-01-01 00:00:00'
  52           ],
  53           [
  54             '7',
  55             'selection_acc',
  56             undef,
  57             '20',
  58             undef,
  59             undef,
  60                   '0',
  61               '0001-01-01 00:00:00',
  62               '0001-01-01 00:00:00'
  63           ],
  64           [
  65             12,
  66             'desynonymize_test_list',
  67             undef,
  68             6,
  69             76451,
  70             'accessions',
  71             0,
  72               '0001-01-01 00:00:00',
  73               '0001-01-01 00:00:00'
  74           ],
  75           [
  76             13,
  77             'traits',
  78             undef,
  79             10,
  80             76455,
  81             'traits',
  82             0,
  83               '0001-01-01 00:00:00',
  84               '0001-01-01 00:00:00'
  85           ],
  86           [
  87             '809',
  88             'janedoe_1_public',
  89             undef,
  90             '2',
  91             undef,
  92             undef,
  93                   '1',
  94           '0001-01-01 00:00:00',
  95           '0001-01-01 00:00:00'
  96           ],
  97           [
  98             '811',
  99             'janedoe_1_private',
 100             undef,
 101             '2',
 102             undef,
 103             undef,
 104                   '0',
 105           '0001-01-01 00:00:00',
 106           '0001-01-01 00:00:00'
 107           ],
 108            ], "check available lists initially");
 109
 110 my $list_id = CXGN::List::create_list($t->dbh(), 'test_list2', 'test_desc', 41);
 111
 112 #print STDERR "CREATED LIST WITH ID $list_id\n";
 113
 114 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id } );
 115
 116 my $name = $list->name();
 117 is($name, "test_list2", "get list name");
 118
 119 $list->name("new_test_name");
 120 is($list->name(), "new_test_name");
 121
 122 $list->description("new description");
 123 is($list->description(), "new description", "description change");
 124
 125 $list->type("accessions");
 126 is($list->type(), 'accessions', "list type test");
 127
 128 # check if name is actually stored
 129 my $list2 = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id });
 130 is($list2->name(), "new_test_name", "list name store test");
 131 is($list2->description(), "new description", "description store change");
 132 is($list2->type(), "accessions", "list type store");
 133 is($list2->type_id(), 76451, "list type_id");
 134 is($list2->owner(), 41, "list owner");
 135 my $error = $list->add_element("bla");
 136 ok(!$error, "adding an element to the list");
 137
 138 $error = $list->add_element("blabla");
 139 ok(!$error, "adding another element");
 140
 141 $error = $list->add_element("blabla");
 142 ok($error, "adding a duplicate element to the list");
 143
 144 is($list->list_size(), 2, "list size check 1");
 145
 146 ok($list->exists_element("blabla"), 'exists element check');
 147
 148 my $elements = $list->elements();
 149 is_deeply($elements, [ 'bla', 'blabla' ], "retrieve list elements after add");
 150
 151 $error = $list->remove_element('blabla');
 152 ok(!$error, "delete element from list");
 153
 154 $elements = $list->elements();
 155 is_deeply($elements, [ 'bla' ], "retrieve list elements after delete");
 156
 157 is($list->list_size(), 1, "list size check after delete");
 158 ok(!$list->exists_element("blabla"), 'exists element after delete');
 159
 160 my $lists = CXGN::List::available_lists($t->dbh(), 41);
 161
 162 #print STDERR Dumper($lists);
 163 @lists_sorted = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$lists;
 164 my @lists_minus_ids;
 165 foreach (@lists_sorted){
 166     shift(@$_);
 167     push @lists_minus_ids, $_;
 168 }
 169 print STDERR Dumper \@lists_minus_ids;
 170 print STDERR Dumper $lists_minus_ids[6][6];
 171 my $timestamp = $lists_minus_ids[6][6];
 172 my $timestamp_mod = $lists_minus_ids[6][7];
 173 is_deeply(\@lists_minus_ids, [
 174           [
 175             'test_stocks',
 176             undef,
 177             5,
 178             76451,
 179             'accessions',
 180             0,
 181               '0001-01-01 00:00:00',
 182               '0001-01-01 00:00:00'
 183           ],
 184           [
 185             'accessions_for_solgs_tests',
 186             undef,
 187             374,
 188             76451,
 189             'accessions',
 190             0,
 191               '0001-01-01 00:00:00',
 192               '0001-01-01 00:00:00'
 193           ],
 194           [
 195             'accessions_for_trial2',
 196             undef,
 197             307,
 198             76451,
 199             'accessions',
 200             0,
 201               '0001-01-01 00:00:00',
 202               '0001-01-01 00:00:00'
 203           ],
 204           [
 205             'selection_acc',
 206             undef,
 207             20,
 208             undef,
 209             undef,
 210             0,
 211               '0001-01-01 00:00:00',
 212               '0001-01-01 00:00:00'
 213           ],
 214           [
 215             'desynonymize_test_list',
 216             undef,
 217             6,
 218             76451,
 219             'accessions',
 220             0,
 221               '0001-01-01 00:00:00',
 222               '0001-01-01 00:00:00'
 223           ],
 224           [
 225             'traits',
 226             undef,
 227             10,
 228             76455,
 229             'traits',
 230             0,
 231               '0001-01-01 00:00:00',
 232               '0001-01-01 00:00:00'
 233           ],
 234           [
 235             'new_test_name',
 236             'new description',
 237             1,
 238             76451,
 239             'accessions',
 240             0,
 241             $timestamp,
 242             $timestamp_mod
 243           ],
 244           [
 245             'janedoe_1_public',
 246             undef,
 247             2,
 248             undef,
 249             undef,
 250             1,
 251               '0001-01-01 00:00:00',
 252               '0001-01-01 00:00:00'
 253           ],
 254           [
 255             'janedoe_1_private',
 256             undef,
 257             2,
 258             undef,
 259             undef,
 260             0,
 261               '0001-01-01 00:00:00',
 262               '0001-01-01 00:00:00'
 263           ]
 264         ],
 265         "check available lists after additions");
 266
 267
 268
 269 $error = CXGN::List::delete_list($t->dbh(), 5);
 270
 271 my $lists = CXGN::List::available_lists($t->dbh(), 41);
 272
 273 #print STDERR Dumper($lists);
 274
 275 @lists_sorted = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$lists;
 276 @lists_sorted = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @$lists;
 277 my @lists_minus_ids;
 278 foreach (@lists_sorted){
 279     shift(@$_);
 280     push @lists_minus_ids, $_;
 281 }
 282 $timestamp_mod = $lists_minus_ids[5][7];
 283 print STDERR Dumper \@lists_minus_ids;
 284 is_deeply(\@lists_minus_ids, [
 285           [
 286             'test_stocks',
 287             undef,
 288             5,
 289             76451,
 290             'accessions',
 291             0,
 292               '0001-01-01 00:00:00',
 293               '0001-01-01 00:00:00'
 294           ],
 295           [
 296             'accessions_for_trial2',
 297             undef,
 298             307,
 299             76451,
 300             'accessions',
 301             0,
 302               '0001-01-01 00:00:00',
 303               '0001-01-01 00:00:00'
 304           ],
 305           [
 306             'selection_acc',
 307             undef,
 308             20,
 309             undef,
 310             undef,
 311             0,
 312               '0001-01-01 00:00:00',
 313               '0001-01-01 00:00:00'
 314           ],
 315           [
 316             'desynonymize_test_list',
 317             undef,
 318             6,
 319             76451,
 320             'accessions',
 321             0,
 322               '0001-01-01 00:00:00',
 323               '0001-01-01 00:00:00'
 324           ],
 325           [
 326             'traits',
 327             undef,
 328             10,
 329             76455,
 330             'traits',
 331             0,
 332               '0001-01-01 00:00:00',
 333               '0001-01-01 00:00:00'
 334           ],
 335           [
 336             'new_test_name',
 337             'new description',
 338             1,
 339             76451,
 340             'accessions',
 341             0,
 342             $timestamp,
 343             $timestamp_mod
 344           ],
 345           [
 346             'janedoe_1_public',
 347             undef,
 348             2,
 349             undef,
 350             undef,
 351             1,
 352               '0001-01-01 00:00:00',
 353               '0001-01-01 00:00:00'
 354           ],
 355           [
 356             'janedoe_1_private',
 357             undef,
 358             2,
 359             undef,
 360             undef,
 361             0,
 362               '0001-01-01 00:00:00',
 363               '0001-01-01 00:00:00'
 364           ]
 365         ]
 366           , "check available lists after deletion");
 367
 368
 369
 370 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id });
 371 my $items = $list->retrieve_elements_with_ids($list_id);
 372 $error = $list->update_element_by_id($items->[0]->[0], 'updated name');
 373 ok(!$error, 'test update item');
 374 $items = $list->retrieve_elements_with_ids($list_id);
 375 #print STDERR Dumper $items;
 376 my @items_stripped;
 377 foreach (@$items){
 378     ok($_->[0]);
 379     push @items_stripped, $_->[1];
 380 }
 381 is_deeply(\@items_stripped, [
 382             'updated name'
 383         ], 'check updated list item');
 384
 385 my $space1 = $list->add_element(" bla1");
 386 ok($list->exists_element("bla1"), 'remove leading space element check');
 387 ok(!$list->exists_element(" bla1"), 'leading space removed from element');
 388
 389
 390 my $space2 = $list->add_element("bla2 ");
 391 ok($list->exists_element("bla2"), 'remove trailing space element check');
 392 ok(!$list->exists_element("bla2 "), 'trailing space removed from element');
 393
 394 my $space3 = $list->add_element(" bla3 ");
 395 ok($list->exists_element("bla3"), 'remove trailing and leading spaces element check');
 396 ok(!$list->exists_element(" bla3 "), 'trailing and leading spaces removed from element');
 397
 398 my $space4 = $list->add_element("    ");
 399 ok($space4 eq "Empty list elements are not allowed", 'element with only spaces cannot be added');
 400
 401 #test sort
 402 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id } );
 403 ok($list->add_bulk(['item1','item2','item1','item20','item1001','item01','item10','item010','it1num', 'it2num']), 'test add bulk');
 404 ok($list->sort_items('ASC'), "sort ascending list");
 405 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id } );
 406 $items = $list->elements;
 407 print STDERR Dumper $items;
 408 is_deeply($items, [
 409           'updated name',
 410           'bla1',
 411           'item1',
 412           'item01',
 413           'it1num',
 414           'bla2',
 415           'item2',
 416           'it2num',
 417           'bla3',
 418           'item10',
 419           'item010',
 420           'item20',
 421           'item1001'
 422         ], 'check asc ordered items');
 423
 424 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id } );
 425 ok($list->sort_items('DESC'), "sort descending list");
 426 my $list = CXGN::List->new( { dbh => $t->dbh(), list_id => $list_id } );
 427 $items = $list->elements;
 428 print STDERR Dumper $items;
 429 is_deeply($items, [
 430   'item1001',
 431   'item20',
 432   'item10',
 433   'item010',
 434   'bla3',
 435   'bla2',
 436   'item2',
 437   'it2num',
 438   'bla1',
 439   'item1',
 440   'item01',
 441   'it1num',
 442   'updated name'
 443 ], 'check desc ordered items');
 444
 445
 446 done_testing();