t/unit_fixture/CXGN/Stock.t

   1
   2 use strict;
   3
   4 use lib 't/lib';
   5
   6 use Test::More;
   7 use Data::Dumper;
   8 use SGN::Test::Fixture;
   9
  10 use_ok('CXGN::Stock');
  11
  12 my $f = SGN::Test::Fixture->new();
  13 my $schema = $f->bcs_schema();
  14
  15 print STDERR "Create new stock... ";
  16 my $new_s = CXGN::Stock->new(schema => $schema);
  17 $new_s->uniquename("aniceuniquename");
  18 $new_s->name("anicename");
  19 $new_s->type("accession");
  20 $new_s->description("blablabla");
  21 my $new_s_id = $new_s->store();
  22
  23 my $copy_s = CXGN::Stock->new(schema => $schema, stock_id => $new_s_id);
  24 is($copy_s->name(), $new_s->name(), "name save check");
  25 is($copy_s->uniquename(), $new_s->uniquename(), "uniquename save check");
  26 is($copy_s->type(), $new_s->type(), "type save check");
  27 is($copy_s->type_id(), $new_s->type_id(), "type_id save check");
  28 is($copy_s->description(), $new_s->description(), "description save check");
  29 is($copy_s->is_obsolete(), $new_s->is_obsolete(), "obsolete save check");
  30 is($copy_s->organism_id(), $new_s->organism_id(), "organism_id save check");
  31 is($copy_s->stock_id(), $new_s->stock_id(), "stock_id save check");
  32
  33 $new_s->name("new_name");
  34 $new_s->uniquename("new_uniquename");
  35 $new_s->type("plot");
  36 $new_s->description("blablabla 2");
  37 $new_s->is_obsolete(1);
  38 $new_s->store();
  39
  40 my $update_s = CXGN::Stock->new(schema => $schema, stock_id => $new_s_id);
  41 is($update_s->name(), "new_name", "update name check");
  42 is($update_s->uniquename(), "new_uniquename", "update uniquename check");
  43 is($update_s->description(), "blablabla 2", "update description check");
  44 is($update_s->is_obsolete(), 1, "update obsolete check");
  45
  46 my $s = CXGN::Stock->new( schema => $schema, stock_id => 38846 );
  47
  48 print STDERR "OBJECTS: ".Dumper($s->objects());
  49 print STDERR "SUJECTS: ".Dumper($s->subjects());
  50
  51 is($s->name(), "new_test_crossP001", "name check");
  52 is($s->uniquename(), "new_test_crossP001", "uniquename check");
  53 is($s->type_id(), 76392, 'type_id check');
  54 is($s->description(), "", "description check");
  55 is($s->is_obsolete(), 0, "obsolete check");
  56 is($s->get_species(), "Solanum lycopersicum", "species check");
  57 my @image_ids = $s->get_image_ids();
  58 is_deeply(\@image_ids, [], "image ids check");
  59 print STDERR Dumper(\@image_ids);
  60 my @trait_list = $s->get_trait_list();
  61 is_deeply(\@trait_list, [], "trait list check");
  62 print STDERR Dumper(\@trait_list);
  63 my @trial_list = $s->get_trials();
  64 is_deeply(\@trial_list, [], "trials check");
  65 print STDERR Dumper(\@trial_list);
  66 my $pedigree = $s->get_parents(1);
  67
  68 # test a stock with trial data
  69 my $t_s = CXGN::Stock->new(schema => $schema, stock_id => 38880);
  70 @trial_list = $t_s->get_trials();
  71 print STDERR Dumper(\@trial_list);
  72 is_deeply(\@trial_list,
  73 [
  74     [
  75         139,
  76         'Kasese solgs trial',
  77         '23',
  78         'test_location'
  79     ],
  80     [
  81         141,
  82         'trial2 NaCRRI',
  83         '23',
  84         'test_location'
  85     ],
  86     [
  87         144,
  88         'test_t',
  89         '23',
  90         'test_location'
  91     ]
  92 ], "trial list check");
  93 done_testing();