mason/gem/experiment/basic_experiment_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_experiment_info.mas
   6  Mason component to show the basic information for experimental design web page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show the basic information for experiment web page.
  19
  20  - Mason root page = experiment_detail.mas
  21  - Perl controller = experiment.pl
  22
  23  The use of CXGN::People::Person require of dbi connection not linked
  24  with the schema object
  25
  26
  27 =cut
  28
  29 =head 1 AUTHOR
  30
  31  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  32
  33 =cut
  34
  35 </%doc>
  36
  37
  38 <%args>
  39 $dbh
  40 $experiment
  41 </%args>
  42
  43
  44 <%perl>
  45 use strict;
  46 use warnings;
  47
  48 use CXGN::GEM::Schema;
  49 use CXGN::Chado::Dbxref;
  50 use CXGN::GEM::Hybridization;
  51 use CXGN::People::Person;
  52 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  53
  54 my $basic_info_content;
  55 my $exp_accession;
  56
  57 my $default_message = '<i><font color="gray">data not available</font></i>';
  58
  59 ## If there aren't any experiment_row that comes from experimental_design_detail.mas, it will return a message.
  60
  61 if (defined $experiment->get_experiment_id()) {
  62
  63    ## Get the schema object
  64    my $schema = $experiment->get_schema();
  65
  66    my $experiment_name = $experiment->get_experiment_name();
  67    $exp_accession = $experiment_name;
  68
  69    my $replicates_nr = $experiment->get_replicates_nr();
  70    my $colour_nr = $experiment->get_colour_nr();
  71    my $description = $experiment->get_description();
  72
  73    ## Get the data for experimental design and targets
  74
  75    my $expdesign = $experiment->get_experimental_design();
  76    my $expdesign_id = $expdesign->get_experimental_design_id();
  77    my $expdesign_name = $expdesign->get_experimental_design_name();
  78    my $expdesign_link = '/gem/experimental_design.pl?id='.$expdesign_id;
  79    my $expdesign_html = "<a href=$expdesign_link>$expdesign_name</a>";
  80
  81    ## Get the external links
  82
  83     my @exp_dbxref_list_id = $experiment->get_dbxref_list();
  84     my @exp_dbxref_html_list = ();
  85
  86     foreach my $exp_dbxref_id (@exp_dbxref_list_id) {
  87         my ($exp_dbxref_row) = $schema->resultset('General::Dbxref')
  88                                       ->search({ dbxref_id => $exp_dbxref_id });
  89
  90         if (defined $exp_dbxref_row) {
  91             my ($exp_db_row) = $schema->resultset('General::Db')
  92                                       ->search({ db_id => $exp_dbxref_row->get_column('db_id') });
  93
  94             my $exp_dbxref_link = $exp_db_row->get_column('urlprefix') .
  95                                   $exp_db_row->get_column('url') .
  96                                   $exp_dbxref_row->get_column('accession');
  97
  98             my $exp_dbxref_html = $exp_db_row->get_column('name') .
  99                                   ": <a href=$exp_dbxref_link>" .
 100                                   $exp_dbxref_row->get_column('accession')."</a>";
 101
 102             push @exp_dbxref_html_list, $exp_dbxref_html;
 103         }
 104     }
 105
 106     my $exp_dbxref_html_list = join('<br>', @exp_dbxref_html_list) || $default_message;
 107
 108    ## Get the sample_element_dbxref (GO and PO terms)
 109    ## It remove the redundancy using a hash
 110
 111    my %onto_html;
 112    my %external_links_html;
 113
 114    my @target_html_list;
 115    my @target_list = $experiment->get_target_list();
 116    foreach my $target (@target_list) {
 117        my $target_id = $target->get_target_id();
 118        my $target_name = $target->get_target_name();
 119        my $target_link = '/gem/target.pl?id='.$target_id;
 120        my $target_html = "<a href=$target_link>$target_name</a>";
 121        push @target_html_list, $target_html;
 122
 123        ## It will take the ontology list too
 124
 125        my %target_elements = $target->get_target_elements();
 126
 127        foreach my $target_el_name (sort keys %target_elements) {
 128            my %target_el_data = %{ $target_elements{$target_el_name} };
 129            my $sample_id = $target_el_data{'sample_id'};
 130            my $sample = CXGN::Biosource::Sample->new($schema, $sample_id);
 131
 132            my %dbxref_related = $sample->get_dbxref_related();
 133
 134            foreach my $dbxref_id (keys %dbxref_related) {
 135
 136                if (defined $dbxref_related{$dbxref_id} ) {
 137
 138                    my %dbxref_rel_data = %{ $dbxref_related{$dbxref_id} };
 139
 140                    if (defined $dbxref_rel_data{'cvterm.name'}) {
 141
 142                        my $onto_accession = $dbxref_rel_data{'db.name'} . ":" . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 143                        my $onto_descr = $dbxref_rel_data{'cvterm.name'};
 144                        my $onto_link = '/cvterm/'.$dbxref_rel_data{'cvterm.cvterm_id'}.'/view';
 145                        my $onto_line = "<a href=$onto_link>$onto_accession</a> ($onto_descr)<br>";
 146                        unless (defined $onto_html{$onto_line}) {
 147                            $onto_html{$onto_line} = 1;
 148                        }
 149                    }
 150                    else {
 151                        my $external_accession = $dbxref_rel_data{'db.name'} . ": " . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 152                        my $external_link = $dbxref_rel_data{'db.urlprefix'} . $dbxref_rel_data{'db.url'} . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 153                        my $external_line = "<a href=$external_link>$external_accession</a><br>";
 154                        unless (defined $external_links_html{$external_line}) {
 155                            $external_links_html{$external_line} = 1;
 156                        }
 157                    }
 158                }
 159            }
 160        }
 161    }
 162
 163
 164
 165
 166    my $onto_list = join(' ', sort keys %onto_html) || $default_message;
 167
 168    ## It will not print the dbxref links for a sample
 169    ## my $external_links_list = join(' ', keys %external_links_html) || $default_message;
 170
 171    my $target_html_list = join('<br>', @target_html_list) || $default_message;
 172
 173    ## Get information of the contact
 174    my $person_id = $experiment->get_contact_id();
 175    my ($complete_name, $contact_email);
 176    if (defined $person_id) {
 177
 178        my $person = CXGN::People::Person->new($dbh, $person_id);
 179
 180        my $salutation = $person->get_salutation() || 'Dr.';
 181        my $first_name = $person->get_first_name();
 182        my $last_name = $person->get_last_name();
 183        $contact_email = $person->get_contact_email || $default_message;
 184        if (defined $salutation && defined $first_name && defined $last_name) {
 185            $complete_name = "$salutation $first_name $last_name";
 186        } else {
 187            $complete_name = $default_message;
 188        }
 189    } else {
 190       $complete_name = $default_message;
 191       $contact_email = $default_message;
 192    }
 193
 194    ## Create the HTML table
 195
 196    $basic_info_content = <<HTML;
 197
 198    <table width="100%">
 199            <tr> <td width="25%"> <b>Experiment name:</b>           </td> <td> $experiment_name </td></tr>
 200            <tr> <td width="25%"> <b>Description:</b>               </td> <td> $description </td></tr>
 201            <tr> <td width="25%"> <b>Colours:</b>                   </td> <td> $colour_nr </td></tr>
 202            <tr> <td width="25%"> <b>Replicates:</b>                </td> <td> $replicates_nr </td></tr>
 203            <tr> <td width="25%"> <b>Experiment external links:</b> </td> <td> $exp_dbxref_html_list </td></tr>
 204            <tr> <td width="25%"> <b>Experimental design:</b>       </td> <td> $expdesign_html </td></tr>
 205            <tr> <td width="25%"> <b>Targets:</b>                   </td> <td> $target_html_list </td></tr>
 206            <tr> <td width="25%"> <b>Ontologies:</b>                </td> <td> $onto_list </td></tr>
 207            <tr> <td width="25%"> <b>Contact info:</b>              </td> <td> <b>Name:</b> $complete_name </td></tr>
 208            <tr> <td width="">                                      </td> <td> <b>E-mail:</b> $contact_email </td></tr>
 209    </table>
 210
 211 HTML
 212
 213 } else {
 214    $basic_info_content = "<h1>No experiment data for the specified parameters.</h1>";
 215 }
 216
 217 my $basic_info_html;
 218 if (defined $exp_accession) {
 219    $basic_info_html = "<center><big><b>Expression Experiment: $exp_accession</b></big></center><br>";
 220 }
 221
 222 $basic_info_html .= info_section_html( title => "Experiment Basic Information", contents => $basic_info_content );
 223
 224 </%perl>
 225
 226 <% $basic_info_html %>
 227
 228 <&
 229    /util/import_javascript.mas,
 230    classes => 'CXGN.Effects'
 231 &>