mason/feature/feature_data.mas

   1 <%args>
   2     $feature
   3     $title   => 'Feature'
   4     $description_from => [ $feature ]
   5     $featurelocs
   6 </%args>
   7
   8
   9 <% info_table_html(
  10     'Name'          => feature_link( $feature ),
  11     ( $synonyms ? ( 'Synonyms / aliases' => $synonyms ) : () ),
  12     'Type'          => cvterm_link( $feature->type, 'caps' ),
  13     ( $length ? ( 'Length'        => $length ) : () ),
  14     'Organism' => organism_link($feature->organism),
  15      __border => 0,
  16      __multicol => 4
  17    )
  18 %>
  19
  20 <% info_table_html(
  21     ( $description ? ( 'Description'   => $description || '<span class="ghosted">none</span>' ) : () ),
  22     ( $featurelocs->count ? ( 'Location(s)'   => join('', map "<div>$_</div>\n", location_list( $feature, $featurelocs )) ) : () ),
  23     ( $cvterms_html =~ /\S/ ? ( 'Ontology term(s)' => $cvterms_html ) : () ),
  24      __border => 0,
  25 )%>
  26
  27 <& /feature/dbxrefs.mas, dbxrefs => [ $feature->dbxref, $feature->secondary_dbxrefs ]  &>
  28
  29 <%once>
  30     use SGN::View::Feature qw/
  31         feature_link cvterm_link organism_link feature_length
  32         get_descriptions
  33         location_list_html
  34         location_list
  35         /;
  36     use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
  37     use CXGN::Tools::Identifiers;
  38     use CXGN::Tools::Text qw/commify_number/;
  39 </%once>
  40 <%init>
  41
  42     my $description  = join( '<br />', grep $_, map get_descriptions($_), @$description_from );
  43
  44     my $length = commify_number( feature_length( $feature, $feature->search_related('featureloc_features') ) );
  45
  46     my $cvterms_html = $m->scomp( '/feature/feature_cvterms.mas', feature => $feature );
  47
  48     my $synonyms =
  49         join ', ',
  50         map { s/(\S+)/my $id = $1; CXGN::Tools::Identifiers::link_identifier($id) || $id/ge; $_ }
  51         map $_->synonym_sgml,
  52         grep $_->name ne $feature->name,
  53         $feature->synonyms;
  54
  55 </%init>