mason/gem/target/basic_target_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_target_info.mas
   6  Mason component to show the basic information for target web page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show the basic information for target web page.
  19
  20  - Mason root page = target_detail.mas
  21  - Perl controller = target.pl
  22
  23 =cut
  24
  25 =head 1 AUTHOR
  26
  27  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  28
  29 =cut
  30
  31 </%doc>
  32
  33
  34 <%args>
  35 $target
  36 </%args>
  37
  38
  39 <%perl>
  40 use strict;
  41 use warnings;
  42
  43 use CXGN::GEM::Schema;
  44 use CXGN::Chado::Dbxref;
  45 use CXGN::Biosource::Sample;
  46 use CXGN::Biosource::Protocol;
  47
  48 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  49
  50 my $basic_info_content;
  51 my $element_info_content;
  52 my $target_accession;
  53
  54 my $default_message = '<i><font color="gray">data not available</font></i>';
  55
  56 ## If there aren't any experiment_row that comes from experimental_design_detail.mas, it will return a message.
  57
  58 if ($target->get_target_id() ) {
  59
  60     ## Get the target object
  61
  62     my $target_name = $target->get_target_name();
  63     $target_accession = $target_name;
  64
  65
  66     ## Get the schema object
  67
  68     my $schema = $target->get_schema();
  69
  70     ## Get the experiment link:
  71
  72     my $experiment = $target->get_experiment();
  73
  74     my $exp_id = $experiment->get_experiment_id();
  75     my $exp_name = $experiment->get_experiment_name();
  76     my $exp_link = '/gem/experiment.pl?id='.$exp_id;
  77     my $exp_html = "<a href=$exp_link>$exp_name</a><br>";
  78
  79     ## Get the experimental design link
  80
  81     my $expdesign = $target->get_experimental_design();
  82
  83     my $expdesign_id = $expdesign->get_experimental_design_id();
  84     my $expdesign_name = $expdesign->get_experimental_design_name();
  85     my $expdesign_link = '/gem/experimental_design.pl?id='.$expdesign_id;
  86     my $expdesign_html = "<a href=$expdesign_link>$expdesign_name</a>";
  87
  88     ## Get the external links
  89
  90     my @dbxref_list_id = $target->get_dbxref_list();
  91     my @dbxref_html_list = ();
  92
  93     foreach my $dbxref_id (@dbxref_list_id) {
  94         my ($dbxref_row) = $schema->resultset('General::Dbxref')
  95                                   ->search({ dbxref_id => $dbxref_id });
  96
  97         if (defined $dbxref_row) {
  98             my ($db_row) = $schema->resultset('General::Db')
  99                                   ->search({ db_id => $dbxref_row->get_column('db_id') });
 100
 101             my $dbxref_link = $db_row->get_column('urlprefix') . $db_row->get_column('url') . $dbxref_row->get_column('accession');
 102             my $dbxref_html = $db_row->get_column('name') . ": <a href=$dbxref_link>".$dbxref_row->get_column('accession')."</a>";
 103             push @dbxref_html_list, $dbxref_html;
 104         }
 105     }
 106
 107     my $dbxref_html_list = join('<br>', @dbxref_html_list) || $default_message;
 108
 109     ## Get the target elements
 110
 111     my %target_elements = $target->get_target_elements();
 112
 113     ## It will create a table with target_elements as target_element_name, dye, sample_name (with links), protocol_name (with
 114     ## links too) and GO
 115
 116     my @target_el_html_list = ();
 117
 118     foreach my $target_el_name (sort keys %target_elements) {
 119         my %target_el_data = %{ $target_elements{$target_el_name} };
 120
 121         my $dye = $target_el_data{'dye'};
 122
 123         my $sample_html;
 124         my $sample_id = $target_el_data{'sample_id'};
 125         my $sample = CXGN::Biosource::Sample->new($schema, $sample_id);
 126         my $sample_name = $sample->get_sample_name();
 127         unless (defined $sample_name) {
 128             $sample_html = $default_message;
 129         }
 130         else {
 131             my $sample_link = '/biosource/sample.pl?id=' . $sample_id;
 132             $sample_html = "<a href=$sample_link>$sample_name</a>";
 133         }
 134
 135         my $protocol_html;
 136         my $protocol_id = $target_el_data{'protocol_id'};
 137         my $protocol = CXGN::Biosource::Protocol->new($schema, $protocol_id);
 138         my $protocol_name = $protocol->get_protocol_name();
 139         unless (defined $protocol_name) {
 140             $protocol_html = $default_message;
 141         }
 142         else {
 143             my $protocol_link = '/biosource/protocol.pl?id=' . $protocol_id;
 144             $protocol_html = $protocol_name;
 145             ## protocol.pl page doesn't exists for now (2010-09-23), dissable option" <a href=$protocol_link>$protocol_name</a>";
 146         }
 147
 148         ## Get the sample_element_dbxref (GO and PO terms)
 149
 150         my %dbxref_related = $sample->get_dbxref_related();
 151
 152         ## It remove the redundancy using a hash
 153
 154         my %onto_html;
 155         foreach my $dbxref_id (keys %dbxref_related) {
 156
 157             if (defined $dbxref_related{$dbxref_id} ) {
 158
 159                 my %dbxref_rel_data = %{ $dbxref_related{$dbxref_id} };
 160
 161                 if (defined $dbxref_rel_data{'cvterm.name'}) {
 162
 163                     my $onto_accession = $dbxref_rel_data{'db.name'} . ":" . $dbxref_rel_data{'dbxref.accession'};
 164                     my $onto_descr = $dbxref_rel_data{'cvterm.name'};
 165                     my $onto_link = '/cvterm/'.$dbxref_rel_data{'cvterm.cvterm_id'}.'/view';
 166                     my $onto_line = "<a href=$onto_link>$onto_accession</a> ($onto_descr)<br>";
 167
 168                     unless (defined $onto_html{$onto_line}) {
 169                         $onto_html{$onto_line} = 1;
 170                     }
 171                 }
 172             }
 173         }
 174         my $onto_list = join(' ', sort keys %onto_html) || $default_message;
 175
 176         push @target_el_html_list, [$target_el_name, $dye, $sample_html, $protocol_html, $onto_list];
 177     }
 178
 179     my $target_el_composition_html = columnar_table_html( headings   => [ 'Target element name',
 180                                                                           'Dye',
 181                                                                           'Sample',
 182                                                                           'Protocol',
 183                                                                           'Ontologies',
 184                                                                         ],
 185                                                            data       => \@target_el_html_list,
 186                                                            __align    => ['c', 'c', 'c', 'c', 'l'],
 187                                                            __alt_freq => 1,
 188                                                           );
 189
 190
 191     ## Create the HTML table
 192
 193     $basic_info_content = <<HTML;
 194
 195     <table width="100%">
 196            <tr> <td width="25%"> <b>Target name:</b>              </td> <td> $target_name </td></tr>
 197            <tr> <td width="25%"> <b>Experiment name:</b>          </td> <td> $exp_html </td></tr>
 198            <tr> <td width="25%"> <b>Experimental design name:</b> </td> <td> $expdesign_html</td></tr>
 199            <tr> <td width="25%"> <b>Target external links:</b>    </td> <td> $dbxref_html_list</td></tr>
 200     </table>
 201
 202     <br>
 203
 204 HTML
 205
 206 $element_info_content .= $target_el_composition_html;
 207
 208 } else {
 209    $basic_info_content = "<big>There aren't any target data for the specified parameters.</big>";
 210 }
 211 my $basic_info_html;
 212 if (defined $target_accession) {
 213    $basic_info_html = "<center><big><b>Expression Target: $target_accession</b></big></center><br>";
 214 }
 215 $basic_info_html .= info_section_html( title => "Target Basic Information", contents => $basic_info_content );
 216
 217 if (defined $target_accession) {
 218     $basic_info_html .= info_section_html( title => "Target Element Information", contents => $element_info_content );
 219 }
 220
 221 </%perl>
 222
 223 <% $basic_info_html %>
 224
 225 <&
 226    /util/import_javascript.mas,
 227    classes => 'CXGN.Effects'
 228 &>