mason/gem/template/correlation_analysis.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  correlation_analysis.mas
   6  Mason component to show the correlation analysis data for template web page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show the basic information for template web page.
  19
  20  - Mason root page = template_detail.mas
  21  - Perl controller = template.pl
  22
  23 =cut
  24
  25 =head 1 AUTHOR
  26
  27  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  28
  29 =cut
  30
  31 </%doc>
  32
  33
  34 <%args>
  35 $schema
  36 $template
  37 </%args>
  38
  39
  40 <%perl>
  41
  42 use strict;
  43 use warnings;
  44
  45 use CXGN::Metadata::Dbiref;
  46 use CXGN::Metadata::Dbipath;
  47 use CXGN::GEM::Template;
  48 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  49
  50
  51 my $corr_analysis_content;
  52 my $corr_n = 0;
  53
  54 ## Define the default message
  55
  56 my $default_message = '<font color="gray"><i>No available</i></font>';
  57
  58 ## Define the internal links associated to the internal accessions
  59 ## This should be replace for other system
  60
  61 my %internal_prelinks = (
  62                           unigene => ['<a href=/search/unigene.pl?unigene_id=', '', '>SGN-U', '', '</a>'],
  63                           est     => ['<a href=/search/est/pl?request_from=1&request_id=', '', '&request_type=7>SGN-E', '', '</a>'],
  64                           clone   => ['<a href=/search/est/pl?request_from=1&request_id=', '', '&request_type=8>SGN-C', '', '</a>'],
  65                         );
  66
  67
  68
  69 ## If there aren't any template that comes from template it will do nothing. The error message will returned by basic information
  70
  71 if (defined $template) {
  72
  73    ## Get the data from the template object
  74
  75    my $template_id = $template->get_template_id();
  76
  77    ## Search correlation analysis member for this template id.
  78
  79    my $corr_analysis_html;
  80
  81    ## Find correlation analysis id associated with this template
  82
  83    my $corr_analysis_rs = $schema->resultset('GeCorrelationMember')
  84                                  ->search(
  85                                             [
  86                                                { template_a_id => $template_id },
  87                                                { template_b_id => $template_id }
  88                                             ],
  89                                              {
  90                                                select   => 'correlation_analysis_id',
  91                                                group_by => 'correlation_analysis_id'
  92                                             }
  93                                           );
  94
  95    my @corr_analysis_ids = $corr_analysis_rs->get_column('correlation_analysis_id')
  96                                             ->all();
  97
  98
  99    if (scalar(@corr_analysis_ids) > 0) {   ### Mean that exists correlation analysis for this template_id.
 100
 101        ## It will print a table and a list of templates with correlation values per analysis so:
 102
 103        foreach my $corr_id (@corr_analysis_ids) {
 104
 105            my ($corr_analysis_row) = $schema->resultset('GeCorrelationAnalysis')
 106                                             ->search(
 107                                                       {
 108                                                         correlation_analysis_id => $corr_id
 109                                                       }
 110                                                     );
 111
 112            my $methodology = $corr_analysis_row->get_column('methodology') ||
 113                $default_message;
 114
 115            my $description = $corr_analysis_row->get_column('description') ||
 116                $default_message;
 117
 118            ## Construct the table for the data
 119
 120            $corr_analysis_html .= '<table width="100%">';
 121            $corr_analysis_html .= '<tr> <td width="30%"> <b>Correlation Analisis ID: </b> </td> <td>' . $corr_id     . '</td></tr>';
 122            $corr_analysis_html .= '<tr> <td width="30%"> <b>Methodology:             </b> </td> <td>' . $methodology . '</td></tr>';
 123            $corr_analysis_html .= '<tr> <td width="30%"> <b>Description:             </b> </td> <td>' . $description . '</td></tr>';
 124            $corr_analysis_html .= '</table><br>';
 125            $corr_n++;
 126
 127            ## Now we are going to get all the correlation values using two aprox, (positives and negatives);
 128
 129            my @corr_types = ('Possitive correlations', 'Negative correlations');
 130            foreach my $corr_type (@corr_types) {
 131
 132                my ($cond, $order);
 133                if ($corr_type =~ m/negative/i) {
 134                    $cond = '<';
 135                    $order = 'correlation_value ASC';
 136                }
 137                elsif ($corr_type =~ m/possitive/i) {
 138                    $cond = '>';
 139                    $order = 'correlation_value DESC';
 140                }
 141                else {
 142                    $cond = '!=';
 143                    $order = 'correlation_value';
 144                }
 145
 146                ## When the condition is set, it will take the data from the database, searching for template_a_id
 147                ## OR template_b_id (Should not be duplicated, but anyway the duplications will be removed later)
 148
 149                my @corr_members_rows = $schema->resultset('GeCorrelationMember')
 150                                               ->search(
 151                                                         [
 152                                                           {
 153                                                             template_a_id           => $template_id,
 154                                                             correlation_analysis_id => $corr_id,
 155                                                             correlation_value       => {$cond, 0}
 156                                                           },
 157                                                           {
 158                                                             template_b_id           => $template_id,
 159                                                             correlation_analysis_id => $corr_id,
 160                                                             correlation_value       => {$cond, 0}
 161                                                           }
 162                                                         ],
 163                                                         {
 164                                                             order_by => $order,
 165                                                         }
 166                                                       );
 167
 168                my @corr_data;
 169                my ($corrtype, $corr_template_type);
 170
 171                ## Now it will get the template_id (a or b) and to put in the same order in an array
 172
 173                my @corr_member_ids;
 174                my %member;
 175
 176                foreach my $corr_member_row (@corr_members_rows) {
 177
 178                    my %corr_member_data = $corr_member_row->get_columns();
 179                    $corrtype = $corr_member_data{'correlation_type'};
 180
 181                    my $templ_a_id = $corr_member_data{'template_a_id'};
 182                    my $templ_b_id = $corr_member_data{'template_b_id'};
 183
 184                    ## It will take the data diff
 185
 186                    if ($templ_a_id == $template_id) {
 187                        unless (exists $member{$templ_b_id}) {
 188                            $member{$templ_b_id} = $corr_member_data{'correlation_value'};
 189                            push @corr_member_ids, $templ_b_id;
 190                        }
 191                    }
 192                    elsif ($templ_b_id == $template_id) {
 193                        unless (exists $member{$templ_a_id}) {
 194                            $member{$templ_a_id} = $corr_member_data{'correlation_value'};
 195                            push @corr_member_ids, $templ_a_id;
 196                        }
 197                    }
 198                }
 199
 200                ## With the list of template_ids it will take them using CXGN::GEM::Template object
 201
 202                if (@corr_members_rows > 0) {
 203
 204                     my $temp_count = ' (' . scalar(@corr_member_ids) . ' templates correlated)';
 205                     $corr_analysis_html .= '<table width="100%">';
 206                     $corr_analysis_html .= '<tr> <td width ="2%"></td><td width="28%"> <b>Correlation Type: </b> </td>';
 207                     $corr_analysis_html .= ' <td align="left">'.$corr_type . $temp_count .'</td></tr>';
 208                     $corr_analysis_html .= '</table><br>';
 209                }
 210
 211                my @test;
 212                foreach my $corr_template_id (@corr_member_ids) {
 213
 214                    ## Create the link for the new template_id
 215
 216                    my $corr_template = CXGN::GEM::Template->new($schema, $corr_template_id);
 217                    my $corr_template_name = $corr_template->get_template_name();
 218                    my $corr_template_type = $corr_template->get_template_type();
 219                    my $corr_template_link = '/gem/template.pl?id=' . $corr_template_id;
 220                    my $corr_template_html = "<a href=$corr_template_link>" . $corr_template_name . '</a>';
 221
 222
 223                    ## Get the SGN-internal link
 224
 225                    my @dbiref_list_id = $corr_template->get_dbiref_list();
 226
 227                    if (scalar(@dbiref_list_id) > 0) {
 228
 229                        foreach my $dbiref_id (@dbiref_list_id) {
 230
 231                            my $dbiref = CXGN::Metadata::Dbiref->new($schema, $dbiref_id);
 232                            my $dbipath = CXGN::Metadata::Dbipath->new($schema, $dbiref->get_dbipath_id() );
 233
 234                            my $itype = $dbipath->get_table_name();
 235
 236                            my $prelink_aref = $internal_prelinks{$itype};
 237                            my @prelink = @{$prelink_aref};
 238
 239                            ## Define the link with the accession for positions 1 and 3 in the array
 240
 241                            $prelink[1] = $dbiref->get_accession();
 242                            $prelink[3] = $dbiref->get_accession();
 243
 244                            my $internal_link = join('', @prelink);
 245                            push @corr_data, [$corr_template_html, $member{$corr_template_id}, $internal_link];
 246                        }
 247                    }
 248                    else {
 249                        push @corr_data, [$corr_template_html, $member{$corr_template_id}, $default_message];
 250                    }
 251                }
 252
 253                if (scalar(@corr_data) > 0) {
 254                    $corr_analysis_html .= columnar_table_html( headings => [ 'Template', $corrtype, 'Internal Mapping' ],
 255                                                                data     => \@corr_data,
 256                                                                __align  => ['l', 'c', 'c'],
 257                                                              );
 258                    $corr_analysis_html .= '<br>';
 259                }
 260            }
 261        }
 262    }
 263    else {
 264        $corr_analysis_html = 'No correlation analysis was found associated to this template';
 265    }
 266    $corr_analysis_content = info_section_html(
 267                                                title       => "Correlation analysis (".$corr_n.")",
 268                                                contents    => $corr_analysis_html,
 269                                                collapsible => 1,
 270                                                collapsed   => 1,
 271                                              );
 272
 273 }
 274
 275 </%perl>
 276
 277 <% $corr_analysis_content %>
 278
 279 <&
 280    /util/import_javascript.mas,
 281    classes => 'CXGN.Effects'
 282 &>
 283