mason/genomes/Solanum_pimpinellifolium.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 </%doc>
   5
   6
   7 <& /page/page_title.mas, title=>"Genome: <i>Solanum pimpinellifolium</i>" &>
   8
   9 <div class="page_introduction">
  10
  11   <a href="/chado/organism.pl?organism_id=770"><i>Solanum
  12   pimpinellifolium</i></a> is the wild tomato that is most closely
  13   related to the domesticated <a href="/chado/organism.pl?organism_id=1"><i>Solanum
  14   lycopersicum</i></a>.  It was sequenced by a group of scientists at
  15   the <a href="http://cshl.org">Cold Spring Harbor Laboratory</a>.
  16
  17 </div>
  18
  19 <&| /page/info_section.mas, title=>"Disclaimer and data access agreement" &>
  20
  21 <!-- div style="text-align: justify; border: 1px solid gray; padding: 2em 3em 3em 3em">
  22
  23 <h2 style="text-align: center">Wild Tomato Species Genome Sequence Release</h2>
  24 <h2 style="text-align: center">PLEASE READ BEFORE ACCESSING THE PRE-PUBLICATION SEQUENCE OF SOLANUM PIMPINELLIFOLIUM</h2>
  25
  26   The research groups of D. Ware, W.R. McCombie, and Z. B. Lippman at
  27   Cold Spring Harbor Laboratory are pleased to provide to the Solanaceae
  28   and broader plant biology communities a pre-publication draft genome
  29   sequence of the Solanum pimpinellifolium wild tomato species
  30   genome. S. pimpinellifolium is the proposed wild progenitor of
  31   domesticated tomato, and its draft sequence provides a rich resource
  32   of genomic data for biological discovery of the processes of plant
  33   domestication and evolution. The sequence was generated using
  34   Illumina/Solexa sequencing technology to obtain approximately 20-fold
  35   genome coverage, and combined with mRNA-seq data to enrich for gene
  36   space. The data are provided freely for both public and private use,
  37   but with the understanding that users will respect the rights of Cold
  38   Spring Harbor Laboratory to describe the genome and its comparison to
  39   the domesticated Heinz tomato genome in a peer-reviewed
  40   publication. This description includes genome level analyses on genes,
  41   gene families, repetitive sequences, SNP diversity, etc. We encourage
  42   users to review NIH-NHGRI guidelines on distribution and use of
  43   pre-publication genome sequence at
  44   <a
  45   href="http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10506537">http://www.genome.gov/page.cfm?pageID=10506537</a>.
  46   Any
  47   use of the
  48   S. pimpinellifolium genome sequence prior to its publication should
  49   credit "D. Ware, W. R. McCombie, and Z. B. Lippman at Cold Spring
  50   Harbor Laboratory".
  51
  52 </div -->
  53
  54 <div>
  55  These data have been published and are freely accessible. Please cite <a href="http://www.nature.com/nature/journal/v485/n7400/full/nature11119.html">Nature 485, 635-641</a> when using this resource. <br /><br />
  56  Please contact D. Ware or Z. B. Lippman (E-mail:
  57   <a href="mailto:ware@cshl.edu">ware@cshl.edu</a> or
  58   <a href="mailto:lippman@cshl.edu">lippman@cshl.edu</a>) with any questions.
  59
  60 </div>
  61 </&>
  62
  63
  64 <&| /page/info_section.mas, title => 'Available Data' &>
  65    <% info_table_html(
  66          __border   => 0,
  67          __multicol => 2,
  68          'Bulk Datasets (via FTP)' =>
  69            '<a href="ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_pimpinellifolium/LA1589/assemblies/A-1.0/">Genomic scaffolds</a>',
  70          BLAST => '<a href="/tools/blast/?db_id=114">Genomic scaffolds</a>'
  71      )
  72     %>
  73 </&>
  74
  75
  76 <%init>
  77   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/info_table_html/;
  78 </%init>