mason/help/cos_markers.mas

   1
   2
   3   <center>
   4
   5
   6     <table summary="" width="720" cellpadding="0" cellspacing="0"
   7     border="0">
   8       <tr>
   9         <td>
  10           <center>
  11             <h3>Conserved Ortholog Set (COS) markers</h3>
  12           </center>
  13
  14           <p>We have used a computational method to screen the
  15           tomato EST database against the arabidopsis genome
  16           sequence in order to find a set of highly conserved,
  17           single copy genes which can be used as markers for
  18           comparative mapping between the tomato and arabidopsis
  19           genomes. Currently we have identified approximately 1000
  20           of these Conserved Ortholog Set (COS) markers.<br /></p>
  21
  22           <p>In this section of SGN, you will find sequence and
  23           clone information for each of these COS markers as well
  24           as their matching counterpart in the arabidopsis genome.
  25           We have surveyed these COS markers and mapped some of
  26           these COS markers on the tomato genome to provide a
  27           tomato: arabidopsis comparative map. This mapping
  28           information is available on SGN now.<br /></p>
  29
  30           <p>Because these COS markers are so highly conserved,
  31           they may also be useful for comparative mapping in other
  32           dicot species. The computational screen by how COS
  33           markers were identified is described below:</p>
  34
  35           <ul>
  36             <li>TBLASTX tomato ESTs against the arabidopsis genome
  37             (specifically, the BAC tiling path from TAIR)</li>
  38
  39             <li>Identify single best matches (&lt; e -15) between a
  40             single tomato EST (or associated contig) and a single
  41             BAC in Arabidopsis. Each tomato EST must pass the
  42             following criteria:
  43
  44               <ul>
  45                 <li>it hits an arabidopsis sequence at a
  46                 significance level of &lt; e -15</li>
  47
  48                 <li>it is determined to be NOT part of a domain
  49                 (where several solanaceous sequences hit the same
  50                 arabidopsis region)</li>
  51
  52                 <li>the next best Arabidopsis hit must be of lower
  53                 significance (delta e &gt; 10)</li>
  54               </ul>
  55             </li>
  56
  57             <li>ESTs that pass all these criteria are classified as
  58             conserved orthologs, all others are considered
  59             potentially paralogous and eliminated.</li>
  60           </ul><br />
  61
  62           <h4>Functional annotation of COS markers</h4>
  63
  64           <p>COS-markers were functionally annotated using the MIPS
  65           role categories as they were defined at the time of the
  66           analysis. As the functional role descriptions are subject
  67           to continued changes, a copy of the role categories and
  68           the COS-marker annotations as used in the analysis can be
  69           found below:<br /></p>
  70
  71           <p><a href="/documents/markers/role_categories.txt">MIPS role categories at
  72           time of COS marker annotation</a></p>
  73
  74           <h4>The list of COS markers is available in both online
  75           and plain text format</h4>
  76
  77           <p><a href="/search/markers/cos_list.pl">COS list
  78           online</a> - online format with links to sequences and
  79           tiling path.<br />
  80           <a href="/documents/markers/cos_list-old.txt">Old plain text download</a> - plain
  81           text format for download. <br />
  82           <a href="/documents/markers/cos_list.txt">Old plain text download 2</a> - plain
  83           text format for download.
  84           </p>
  85
  86           <p><strong>Note:</strong> for the tomato map position in
  87           the table linked above:</p>
  88
  89           <ul>
  90             <li>Copy No is how many copies the COS marker shows on
  91             a southern blot survey- S(single) is 1-2 copy, L(low)
  92             is 3-4 copy, M(multiple) means more than 4 copy.</li>
  93
  94             <li>Map position is where the COS marker mapped on the
  95             tomato: arabidopsis systeny map. For example, T1675 map
  96             position is 01.005, meaning Chromosome 1, 5 cM down
  97             from the top. Most of the COS markers have only one map
  98             position, if the COS marker has a second or third map
  99             position, then there were two or three alleles that
 100             could be mapped.</li>
 101           </ul><br />
 102           <br />
 103         </td>
 104       </tr>
 105     </table>
 106
 107   </center>