mason/markers/basic_marker_info.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/rflp.mas - a Mason component displaying information about rflp (known function genes) markers
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 parameters
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $marker - a CXGN::Marker object.
  17
  18 =head1 AUTHOR
  19
  20 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  21
  22 =cut
  23
  24 </%doc>
  25
  26 <%args>
  27 $marker
  28 </%args>
  29
  30 <%perl>
  31
  32 use CXGN::Tools::Text;
  33 use CXGN::Marker::Tools;
  34
  35 my @marker_names = $marker->name_that_marker();
  36 my $dbh = $marker->{dbh};
  37 my $marker_id = $marker->marker_id();
  38
  39 my ($marker_name, @other_names) = @marker_names;
  40
  41 my $collections_string='';
  42 my $collections_description='';
  43 my $collections = $marker->collections();
  44
  45 if($collections and @{$collections}) {
  46     $collections_string=CXGN::Tools::Text::list_to_string(@{$collections})." ";
  47     for my $collection(@{$collections}) {
  48         $collections_description.="$collection markers are ".CXGN::Marker::Tools::collection_name_to_description($dbh,$collection)."<br />";
  49     }
  50 }
  51
  52 </%perl>
  53 <div class="center">SGN-M<% $marker_id %><br /><% $collections_description %>
  54 <br />
  55 </div>