mason/phenome/linked_alleles.mas

   1 <%doc>
   2 =head1 NAME
   3
   4 /phenome/linked_alleles.mas - a component for printing table with alleles linked to the parent object
   5
   6 =head1 DESCRIPTION
   7
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item alleles
  14
  15 arrayref allele ids
  16
  17 =item dbh
  18
  19  a database handle
  20
  21 =back
  22
  23 =head1 AUTHOR
  24
  25 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  26
  27 =cut
  28 </%doc>
  29
  30 <%args>
  31     $alleles=>undef
  32     $dbh
  33     $div=> ''
  34 </%args>
  35
  36 <%perl>
  37
  38 use CXGN::Phenome::Allele ;
  39
  40 my @allele_data;
  41
  42 foreach my $allele_id (@$alleles) {
  43   my $allele = CXGN::Phenome::Allele->new($dbh, $allele_id);
  44
  45   my $phenotype        = $allele->get_allele_phenotype();
  46   my $allele_link  = qq|<a href="/phenome/allele.pl?allele_id=$allele_id">$phenotype </a>|;
  47   my $locus_id = $allele->get_locus_id;
  48   my $locus_name = $allele->get_locus_name;
  49   my $locus_link = qq|<a href="/phenome/locus_display.pl?locus_id=$locus_id">$locus_name </a>|;
  50   push @allele_data,
  51     [
  52      (
  53       $locus_link,
  54       $allele->get_allele_name,
  55       $allele_link
  56      )
  57     ];
  58 }
  59
  60 </%perl>
  61
  62 <div id = "$div">
  63
  64 % if(@allele_data) {
  65 <& /page/columnar_table.mas,
  66   headings => [ "Locus name", "Allele symbol", "Phenotype" ],
  67   data     => \@allele_data ,
  68   &>
  69
  70 % }
  71 </div>