mason/publication/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /publication/index.mas - a page for displaying SGN publication details
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item $pubref
  14
  15 a hashref with all the parameters needed for printing the publication page!
  16
  17  $pubref->{pub_id}
  18  $pubref->{pub}
  19  $pubref->{schema}
  20
  21  $pubref->{curator}  (boolean)
  22  $pubref->{submitter} (boolean)
  23  $pubref->{is_owner} (boolean)
  24
  25
  26 =back
  27
  28 =head1 AUTHOR
  29
  30 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  31
  32 =cut
  33
  34 </%doc>
  35
  36
  37 <%args>
  38   $pubref => undef
  39
  40 </%args>
  41
  42
  43 <%perl>
  44
  45 my $pub       = $pubref->{pub};
  46 my $pub_id    = $pubref->{pub_id};
  47 my $action    = $pubref->{action} || 'view';
  48 my $person_id = $pubref->{person_id};
  49 my $curator   = $pubref->{curator};
  50 my $submitter = $pubref->{submitter};
  51 my $sequencer = $pubref->{sequencer};
  52 my $doi       = $pubref->{doi};
  53 my $stocks    = $pubref->{stocks};
  54 my $dbh       = $pubref->{dbh};
  55 my @xrefs     = $pub->get_dbxrefs;
  56 my $dbxrefs_html;
  57 foreach my $d(@xrefs) {
  58         my $db = $d->get_db_name();
  59         if ($db  ne 'SGN_ref') {
  60             my $url = $d->get_urlprefix() . $d->get_url() . $d->get_accession();
  61             $dbxrefs_html .=  qq| <a href= "$url" >| . "$db:" . $d->get_accession() . "</a><br />";
  62         }
  63     }
  64
  65 my @loci = $pub->get_loci;
  66 my $loci_link;
  67 my $loci_count = 0;
  68 foreach my $locus(@loci)  {
  69   my $locus_id = $locus->get_locus_id();
  70   my $locus_symbol= $locus->get_locus_symbol();
  71   my $cname=$locus->get_common_name();
  72   my $obsolete = $locus->get_obsolete;
  73   if ($obsolete ne 't') {
  74     $loci_link .= qq|<a href="/locus/$locus_id/view">$cname '$locus_symbol'</a><br />| ;
  75     $loci_count++;
  76   }
  77 }
  78
  79
  80 my $stocks_link;
  81 my $stocks_count = 0;
  82 foreach my $stock(@$stocks)  {
  83   my $stock_id = $stock->stock_id();
  84   my $stock_name= $stock->uniquename();
  85   my $obsolete = $stock->is_obsolete;
  86   unless ($obsolete) {
  87     $stocks_link .= qq|<a href="/stock/$stock_id/view">$stock_name</a><br /> |;
  88     $stocks_count++;
  89   }
  90 }
  91
  92 my $this_page = "/publication/$pub_id/view/";
  93 if ($doi) { $this_page = "/doi/pub/$doi/"; }
  94 my $pub_title = $pub->get_title;
  95
  96
  97 </%perl>
  98
  99
 100 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery","jqueryui", "CXGN.Phenome.Tools" ] &>
 101
 102
 103 <& /page/page_title.mas, title=> $pub_title  || 'New publication' &>
 104
 105
 106 <&| /page/info_section.mas, title=>"Publication details"  &>
 107
 108
 109 <& /page/form.mas,
 110     object_type          => 'publication',
 111     object_id            => "$pub_id",
 112     form_name            => 'pub_form',
 113     server_side_script   => '/jsforms/pub_ajax_form.pl',
 114     form_div_name        => 'pub_details',
 115     js_object_name       => 'pubForm',
 116     page_url             => "$this_page",
 117     alternate_new_button => '<a class="btn btn-sm btn-default" href ="/publication/0/new">New</a>'
 118     &>
 119
 120
 121 </&>
 122
 123
 124 % if ($pub_id) {
 125
 126 <&| /page/info_section.mas, title=>"External resources",
 127   collapsible=>1, collapsed=>0
 128   &>
 129   <% $dbxrefs_html %>
 130
 131 </&>
 132
 133 <&| /page/info_section.mas, title=>"Associated loci (" . $loci_count  . ")", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 134   <% $loci_link %>
 135
 136 </&>
 137
 138 <&| /page/info_section.mas, title=>"Associated stocks (" .  $stocks_count  . ")", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 139   <% $stocks_link %>
 140
 141 </&>
 142
 143
 144 <& /page/comments.mas, object_type=>'publication', object_id=>$pub_id, referer=>$this_page &>
 145
 146
 147 % }