mason/sequencing/sol100.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 sol100.mas - SGN page for sol100 project organism data overview in a tree format
   6
   7 =cut
   8
   9 </%doc>
  10
  11 <%args>
  12     $organism_tree
  13
  14     $show_org_add_form => 0
  15
  16     $organism_add_uri
  17     $organism_autocomplete_uri => ''
  18 </%args>
  19
  20 <div style="margin: 20px auto"><& /page/page_title.mas, title=>"The SOL-100 sequencing project" &></div>
  21
  22 <& /util/import_javascript.mas, classes=>[qw[ CXGN.Page.FormattingHelpers  jquery jqueryui popup]] &>
  23
  24 <script language="javascript">
  25
  26   jQuery(function() {
  27      jQuery("#sol100_species").autocomplete({
  28          source: '<% $organism_autocomplete_uri %>'
  29      });
  30   });
  31
  32 </script>
  33
  34 <style>
  35   .infosectioncontent {
  36     text-align: justify;
  37     width: 680px;
  38   }
  39
  40   .infosectioncontent blockquote {
  41     border: 1px solid #ccc;
  42     background: #feb;
  43     padding: 2em 3em;
  44     font-size: 105%;
  45     letter-spacing: 0.8px;
  46     width: 60%;
  47     margin: 1em 10em 1em 7.5em;
  48   }
  49
  50
  51 </style>
  52
  53
  54 <&| /page/info_section.mas,
  55   title         =>  'The questions',
  56   collapsible   => 1,
  57   collapsed     => 1,
  58   &>
  59
  60 <p>
  61 The Solanaceae include more than 3000 species with wide adaptation, shape, chemistry, and distribution. Species of the family are of great agricultural, nutritional, horticultural and medicinal importance (e.g., potato, tomato, pepper, petunia and tobacco). This enormous diversity is contrasted by high conservation of gene order and content at the macro and micro syntenic levels. Solanaceae genomes can be genetically tied to a common framework linkage map, thus facilitating the identification of genes with homologous phenotypes in the different species. These features make Solanaceae an excellent taxon with which to address a central question in biology:
  62 </p>
  63
  64  <blockquote>How can a common set of genes/proteins give rise to such a wide range of morphologically and ecologically distinct species?</blockquote>
  65
  66
  67 <p>
  68 But also, studying the Solanaceae can generate answers to the currently highly relevant and urgent question:
  69 </p>
  70
  71 <blockquote>
  72 How can a deeper understanding of the genetic basis of plant biodiversity be harnessed to better meet the needs of society in an environmentally friendly and sustainable manner?
  73 </blockquote>
  74
  75 </&>
  76
  77 <&| /page/info_section.mas,
  78   title         =>  'The aim',
  79   collapsible   => 1,
  80   collapsed     => 0,
  81   &>
  82
  83
  84   <img style="margin: 0 0 10px 20px; display: block; float: right" src="/img/solproject_logo_100.png" />
  85
  86
  87   <p>
  88   The SOL community will create a common Solanaceae-based genomic
  89   framework that includes sequences and phenotypes of 100 genomes
  90   encompassing the phylogenetic diversity of the group. Specific
  91   objectives are to:
  92   </p>
  93
  94   <ol>
  95      <li>
  96         Tie the available tomato, tobacco, potato and Asterid relatives
  97         coffee and Mimulus (monkey-flower) genome sequences to a common
  98         SOL physical and genetic map as well as other Asterid taxonomic
  99         groups, such as Antirrhinum, sweet potato and mint.
 100      </li>
 101      <li>
 102        Select 100 Solanaceae species and Asterid outgroups (SOL-100)
 103        that broadly span the evolutionary tree and reflect important
 104        human uses.
 105      </li>
 106      <li>
 107        Apply emerging novel genome sequencing technologies to SOL-100
 108        and link the sequences to the common SOL physical and genetic
 109        maps.
 110      </li>
 111      <li>
 112        Genetically map simple and complex phenotypes affecting chemical,
 113        morphological, yield and fitness-related traits in the SOL-100
 114        species.
 115      </li>
 116      <li>
 117        Construct bioinformatic vehicles to effectively access and
 118        utilize the information generated within SOL-100.
 119      </li>
 120      <li>
 121        Foster a broadly-based international community of interacting
 122        scientists committed to exploring and conserving natural
 123        biodiversity.
 124      </li>
 125   </ol>
 126 </&>
 127
 128 <&| /page/info_section.mas,
 129   title         =>  'SOL-100 Organisms',
 130   subtitle      => 'click on an organism name to see more details ',
 131   empty_message => 'Tree not available',
 132   collapsible   => 1,
 133   collapsed     => 0,
 134   &>
 135
 136 %if ( $show_org_add_form ){
 137  <style>
 138   #sol100_add_organism {
 139       width: 30em;
 140       border: 2px solid #aaa;
 141       margin-top: 2em;
 142       padding: 0 0 1em 1em;
 143       position: relative;
 144   }
 145
 146   #sol100_add_organism div.boxtitle {
 147       margin-left: -1em;
 148       margin-top: -1.2em;
 149       padding-left: 0.2em;
 150       font-weight: bold;
 151       color: #333;
 152   }
 153
 154  </style>
 155  <div id="sol100_add_organism">
 156     <div class="boxtitle">Authorized user</div>
 157     <h3>Add a SOL-100 organism</h3>
 158     <div>
 159       <form method="POST" name="sol100_add_form" action="<% $organism_add_uri %>">
 160         <input name="species" type="text" size="30" id="sol100_species" /><input type="submit" name="add_to_tree" onclick="add_to_tree()" value="Add to Tree" />
 161         <div style="font-size: 80%; margin-left: 1em; color: #333">type an organism name</div>
 162       </form>
 163     </div>
 164  </div>
 165 %}
 166
 167   <p>
 168   The tree below shows organisms that have been proposed for
 169   sequencing by the SOL-100 project. Highlighted species are already
 170   being sequenced.
 171   </p>
 172
 173   <& /organism/tree.mas, organism_tree => $organism_tree &>
 174
 175 </&>
 176
 177 <&| /page/info_section.mas,
 178   title         =>  'Who are we?',
 179   collapsible   => 1,
 180   collapsed     => 0,
 181   &>
 182
 183   <p>
 184     The International SOL Genome Project (SOL) is a "virtual umbrella"
 185     organization for promoting, coordinating and actively seeking
 186     additional scientists, countries and funding agencies to participate
 187     in an expedition to understand, utilize and conserve natural
 188     biodiversity (see <a href="/solanaceae-project/">http://solgenomics.net/solanaceae-project/</a>). SOL
 189     includes scientists from more than 30 countries that are united and
 190     excited about the sustainable and equitable use of natural
 191     biodiversity in biological research, plant breeding and conservation
 192     of these resources for the future. The SOL community has sequenced
 193     both the tomato genome and the potato genome through grants from
 194     national funding agencies as well as international collaborative
 195     projects.
 196   </p>
 197
 198
 199   <b>Mathilde Causse, Jeanne Jacobs, Glenn Bryan, Harry Klee, Sanwen Huan, and Ren&eacute; Klein Lankhorst</b>
 200
 201 </&>
 202
 203 <&| /page/info_section.mas, title=>"Submit genome to SGN" &>
 204 If you are sequencing a SOL-100 genome, please submit the genome to SGN. <br /><br /><b>Submission to SGN requires prior submission to <a href="http://ncbi.nlm.nih.gov">Genbank</a></b> and a <b><a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/gprj_help.html#what_projectID">Genbank Project ID</a></b>. Please contact <a href="mailto:smtwhite@ncbi.nlm.nih.gov">Brian Smith-White</a> at Genbank or <a href="mailto:sgn-feedback@solgenomics.net">SGN</a> for more information.
 205 </&>
 206
 207
 208