mason/tools/bulk/tabs/unigene_tab.mas

   1
   2 <%args>
   3 $debug => ''
   4 </%args>
   5
   6 <%perl>
   7
   8 =head2 unigene_search
   9
  10   Desc: sub unigene_search
  11   Args: n/a
  12   Ret : unigene tab format
  13
  14   Defines the format of the unigene tab using html, perl and perl dbi. Speicfies
  15   information fields available for searching unigenes. Prints the debug
  16   checkbox when debug parameter is set to one.
  17
  18 =cut
  19
  20 sub unigene_search {
  21
  22 #
  23 # displays the unigene input form
  24 #
  25 # Note: the unigene input form does not display the drop down of unigene builds, because a unigene ID is by definition mapped to a
  26 # given build.
  27 #
  28 # This form supports to different types of unigene queries: getting information pertaining to unigenes themselves (annotations and seq)
  29 # and unigene membership information. The two queries are distinguished by the unigene_mode radio control. Some adjustments have to
  30 # be made in the download.pl program when distinguishing the two modes.
  31 #
  32     my ( $page, $db, $debug ) = @_;
  33
  34     my $content   = "";
  35     my $ug_select = ug_build_selectbox($db);
  36
  37 }
  38 </%perl>
  39
  40 <form name="bulkform" action="/tools/bulk/download" method="post" enctype="multipart/form-data">
  41
  42 <br />
  43 <table summary="" cellpadding="10" width="100%"><tr><td valign="top" bgcolor="#EEEEEE" width="320">
  44
  45 <br />
  46 Enter a list of identifiers or upload a file containing one identifer separated by whitespace (returns, spaces or tabs):<br />
  47
  48
  49 <table summary="" width="100%" cellpadding="0"><tr><td>
  50 <textarea name="ids" rows="5" cols="20"></textarea>
  51 </td>
  52 <td>
  53 <i>Example:</i>
  54 <pre style="border: 1px solid gray; width: 10em; height: 5em">
  55 SGN-U268057
  56 SGN-U562661
  57 SGN-U196026
  58 </pre>
  59 </td></tr></table>
  60 <br />
  61 <br />
  62
  63 And/or upload list file: <br /><input type="file" name="file" />
  64 <br />
  65 <br />
  66
  67 </td><td valign="top" bgcolor="#EEEEEE" width="320">
  68
  69  <input type="checkbox" name="convert_to_current" checked="checked" /><label for="convert_to_current"><a class="stealth" title="Check this box to convert each unigene in the list to its equivalent in the most current corresponding unigene build(s), if available"><img src="/documents/img/new.gif" />convert unigene list to current build</a></label>
  70
  71  <hr />
  72
  73 <input type="radio" name="unigene_mode" value="unigene_info" checked="checked" /> <b>Download unigene information</b>:<br />
  74 <!-- SGN_U for Unigene Info -->
  75 <div style="padding-left: 1em">
  76     <input type="checkbox" name="SGN_U_U" checked="checked" /> unigene id (SGN-U)<br />
  77     <input type="checkbox" name="automatic_annotation" checked="checked" /> automatic (BLAST) annotation<br />
  78     <input type="checkbox" name="best_genbank_match" checked="checked" /> best genbank match<br />
  79     <input type="checkbox" name="best_arabidopsis_match" checked="checked" /> best arabidopsis match<br />
  80     <input type="checkbox" name="associated_loci" checked="checked" /> associated loci<br />
  81     <input type="checkbox" name = "uni_seq" checked="checked" onclick="check_fasta_option()"/> sequence<br />
  82     <div style="padding-left: 1em">
  83          <input type="radio" name="seq_mode" value="unigene_seq" checked="checked" /> unigene nucleotide sequence<br />
  84          <input type="radio" name="seq_mode" value="estscan_seq" /> estscan predicted proteins<br />
  85          <input type="radio" name="seq_mode" value="longest6frame_seq" /> longest ORF from 6-frame translation<br />
  86          <input type="radio" name="seq_mode" value="preferred_protein_seq" /> preferred sequence<br />
  87     </div>
  88 </div>
  89
  90 <input type="radio" name="unigene_mode" value="member_info" /> <b>Download member information</b>:
  91 <div style="padding-left: 1em">
  92     <input type="checkbox" name="clone_name" checked="checked" /> clone name<br />
  93     <input type="checkbox" name="SGN_C" checked="checked" /> clone id (SGN-C)<br />
  94     <input type="checkbox" name="SGN_T" checked="checked" /> sequence read id (SGN-T)<br />
  95     <input type="checkbox" name="SGN_E" checked="checked" /> est id (SGN-E)<br />
  96     <input type="checkbox" name="build_nr" checked="checked" /> unigene build number<br />
  97     <!-- SGN_U for Member Info -->
  98     <input type="checkbox" name="SGN_U_M" checked="checked" /> unigene id (SGN-U)<br />
  99     <input type="checkbox" name="chipname" checked="checked" /> chipname<br />
 100     <input type="checkbox" name="SGN_S" checked="checked" /> microarray spot id (SGN-S)<br />
 101     <input type="checkbox" name="TUS" checked="checked" /> TUS number<br />
 102     <input type="checkbox" name="manual_annotation" /> manual annotation<br />
 103     <input type="checkbox" name="est_seq" checked="checked" /> EST sequence<br />
 104 </div>
 105 </td></tr></table>
 106
 107 %    if ( $debug eq "1" ) {
 108 %        print qq|<input type="checkbox" checked="checked" name=debug /> print debug statements<br /><br />\n|;
 109 %    }
 110
 111         <input type=hidden name="idType" value="unigene" />
 112         <input type="reset" />&nbsp;&nbsp;
 113 <input type="submit" value="Submit" /><br />
 114 </form>
 115