static/documents/what_is.txt

   1 <div class="boxbgcolor5">
   2
   3 The SOL Genomics Network (SGN) is a Clade Oriented Database (COD) containing
   4 genomic, genetic, phenotypic and taxonomic information for plant genomes.  SGN
   5 originally concentrated on the Euasterid clade, including the families <a href="/about/about_solanaceae.pl">Solanaceae</a>
   6 (e.g. tomato, potato, eggplant, pepper and petunia) and Rubiaceae
   7 (<a href="/content/coffee.pl">coffee</a>), but since our tools are not specific to
   8 these genomes, we are expanding our scope.  If you are interested in using SGN
   9 to explore one of the many new plant genomes being sequenced, please contact
  10 us!  <br/>
  11 <br />
  12 Genomic information is presented in a comparative format and tied to other
  13 important plant model species such as Arabidopsis. SGN is also one of the
  14 bioinformatics centers involved in tomato genome sequencing.<br />
  15
  16 <br />
  17 SGN is a <b>community curated</b> database. This means that <b>you</b> can contribute annotations to genes and phenotypes by becoming a <a href="/phenome/">locus editor</a>. You can also upload, analyze and share your <a href="/content/map_submissions.pl">map</a> and <a href="/qtl/">QTL data</a>. Contributions by members of the community like you help keep the information in the database up to date and correct.
  18 <ul>
  19 <li><div class="subheading"><a class="creativitylinks" href="/about/index.pl">About SGN </a></div></li>
  20 <li><div class="subheading"><a class="creativitylinks" href="/content/sgn_data.pl">Species in the SGN database</a></div></li>
  21 <li><div class="subheading"><a class="creativitylinks" href="/about/about_solanaceae.pl">What are Solanaceae?</a></div></li>
  22 <li><div class="subheading"><a class="creativitylinks" href="/solanaceae-project/index.pl">Why are the Solanaceae being studied?</a></div></li>
  23 <li><div class="subheading"><a class="creativitylinks" href="/genomes/Solanum_lycopersicum/">The tomato genome sequencing project</a></div></li>
  24 </ul>
  25
  26 <br /><br />
  27
  28 <div class="boxheading">Citing SGN</div>
  29 <div class="boxcontent">
  30 If SGN is useful in your research, please cite SGN in your publications using the following reference:
  31 <br /><br />
  32 <div class="boxbgcolor2">
  33 Fernandez-Pozo N, Menda N, Edwards JD, Saha S, Tecle IY, Strickler SR, Bombarely A, Fisher-York T, Pujar A, Foerster H, Yan A, Mueller LA. <b>The Sol Genomics Network (SGN)—from genotype to phenotype to breeding.</b> (2015) Nucleic Acids Res. Volume 43 (Database issue):D1036-41. <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25428362?dopt=Abstract">PubMed</a>.
  34 <br /><br />
  35 </div>
  36
  37 </div>
  38
  39 <br /><br />
  40 <div class="boxheading">SGN code and database</div>
  41 <div class="boxcontent">
  42  The SGN code and database are developed as an open source project, and is based on database schemas developed by the <a href="http://gmod.org/" target="_new" >GMOD project</a> and SGN-specific extensions.
  43 <br /><br />
  44 Contributions to the codebase are welcome.  All SGN code is available from <a href="http://github.com/solgenomics/" target="_new" >http://github.com/solgenomics</a>.
  45 </div>
  46
  47 <br />
  48 <br />
  49
  50
  51 </div>
  52