mason/phenome/allele.mas

   1 <%doc>
   2 =head1 NAME
   3
   4 /phenome/allele.mas - a component for printing the alleles section
   5
   6 =head1 DESCRIPTION
   7
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 3
  12
  13 =item alleles
  14
  15 arrayref of CXGN::Phenome::Allele objects
  16
  17 =item user_id
  18
  19 logged in sp_person_id
  20
  21 =item curator
  22
  23 boolean. Is the logged user a curator?
  24
  25 =back
  26
  27 =head1 AUTHOR
  28
  29 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  30
  31 =cut
  32 </%doc>
  33
  34 <%args>
  35   $alleles
  36   $user_id
  37   $curator
  38 </%args>
  39
  40 <%perl>
  41
  42 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / columnar_table_html /;
  43
  44 my @allele_data;
  45 my $data;
  46
  47 foreach my $a (@$alleles) {
  48
  49   my $allele_id = $a->{allele_id};
  50   my $allele_synonyms;
  51   my @allele_aliases = $a->get_allele_aliases();
  52   foreach my $a_synonym (@allele_aliases) {
  53     $allele_synonyms .= $a_synonym->get_allele_alias() . "  ";
  54   }
  55   if ( !$allele_synonyms ) { $allele_synonyms = "[add new]"; }
  56   my $allele_synonym_link =
  57     qq |<a href= "/phenome/allele_synonym.pl?allele_id=$allele_id&amp;action=new">$allele_synonyms</a> |;
  58
  59   my $a_person_id = $a->get_sp_person_id;
  60   my $allele_edit_link =
  61     ( $a_person_id && $user_id && ( $a_person_id == $user_id ) || ( $curator ) )
  62     ? "<a href=\"/phenome/allele.pl?action=edit&amp;allele_id=$allele_id\">[Edit]</a>"
  63         : '<span class="ghosted">[Edit]</span> ';
  64
  65   my $phenotype   = $a->get_allele_phenotype();
  66   my $stock_ids   = $a->get_stock_ids();
  67   my $stock_count = scalar(@$stock_ids);
  68   my $stock_link  = qq|<a href="/phenome/allele.pl?action=view&amp;allele_id=$allele_id">$stock_count </a>|;
  69   push @allele_data,
  70     [
  71      (
  72       "<i>" . $a->get_allele_symbol . "</i>",
  73       $a->get_allele_name,
  74       $allele_synonym_link,
  75       qq|<div align="left"><a href="/phenome/allele.pl?action=view&amp;allele_id=$allele_id"> |
  76       . $phenotype
  77       . "</a></div>",
  78       $stock_link,
  79       $allele_edit_link,
  80      )
  81     ];
  82 }
  83 if (@allele_data) {
  84   $data = columnar_table_html(
  85                               headings => [
  86                                            'Allele symbol', 'Allele name',
  87                                            'Synonyms',      'Phenotype',
  88                                            'Accessions',
  89                                           ],
  90                               data         => \@allele_data,
  91                               __alt_freq   => 2,
  92                               __alt_width  => 1,
  93                               __alt_offset => 3,
  94                              );
  95 }
  96
  97 </%perl>
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  99
 100 <% $data %>