mason/transcript/unigene_detail.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  unigene_detail.mas
   6  Mason code to get different sections of the unigene web_page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 $m->exec('/transcript/unigene_detail.mas',
  19              dbh         => $dbh,
  20              schema      => $schema,
  21              sgn_schema  => $sgn_schema,
  22              unigene     => $unigene,
  23              highlight   => $args{'highlight'},
  24              force_image => $args{'force_image'},
  25              basepath    => $basepath,
  26              temp_dir    => $tmpdir );
  27
  28 where: $m is a Mason Interpreter Object (HTML::Mason::Interp),
  29        $schema is a schema object with Bio::Chado::Schema, CXGN::Metadata::Schema and CXGN::Biosource::Schema classes
  30                (aditionally, for expression data should contain CXGN::GEM::Schema classes)
  31        $sgn_schema, a schema with SGN::Schema classes
  32        $unigene, an CXGN::Transcript::Unigene object
  33        $highlight and $force_image are web arguments transmited to member_info.mas component
  34        $basepath and $temp_dir are vhost configuration arguments transmited to protein_prediction_info.mas component
  35
  36 =cut
  37
  38 =head1 DESCRIPTION
  39
  40  This mason script coordinate different mason component to create the unigene page.
  41
  42  Its controller is: unigene.pl
  43
  44 =cut
  45
  46 =head 1 AUTHOR
  47
  48  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  49
  50 =cut
  51
  52 </%doc>
  53
  54
  55 <%args>
  56 $dbh
  57 $schema
  58 $sgn_schema
  59 $unigene
  60 $highlight   => undef
  61 $force_image => undef
  62 $basepath
  63 $temp_dir
  64 </%args>
  65
  66
  67 <%perl>
  68
  69 ## None code is used in unigene_detail.mas.
  70 ## It compose the web page using mason components and args from the controller
  71
  72 </%perl>
  73
  74
  75 <&
  76    '/transcript/unigene/deprecated_content.mas',
  77    unigene => $unigene
  78 &>
  79
  80 <&
  81    '/transcript/unigene/basic_unigene_info.mas',
  82    sgn_schema => $sgn_schema,
  83    schema     => $schema,
  84    unigene    => $unigene
  85 &>
  86
  87 <&
  88    '/transcript/unigene/associated_loci.mas',
  89    unigene => $unigene
  90 &>
  91
  92 <&
  93    '/transcript/unigene/genomic_locations.mas',
  94    unigene => $unigene
  95 &>
  96
  97 <&
  98    '/transcript/unigene/library_info.mas',
  99    dbh     => $dbh,
 100    schema  => $schema,
 101    unigene => $unigene
 102 &>
 103
 104 <&
 105    '/transcript/unigene/members_info.mas',
 106    unigene     => $unigene,
 107    highlight   => $highlight,
 108    force_image => $force_image
 109 &>
 110
 111 <&
 112    '/transcript/unigene/markers_info.mas',
 113    dbh     => $dbh,
 114    unigene => $unigene,
 115 &>
 116
 117 <&
 118    '/transcript/unigene/expression_info.mas',
 119    schema  => $schema,
 120    unigene => $unigene,
 121 &>
 122
 123
 124 <&
 125    '/transcript/unigene/annotation_info.mas',
 126    sgn_schema => $sgn_schema,
 127    unigene    => $unigene,
 128 &>
 129
 130 <&
 131    '/transcript/unigene/protein_prediction_info.mas',
 132    schema   => $schema,
 133    unigene  => $unigene,
 134    basepath => $basepath,
 135    temp_dir => $temp_dir
 136 &>
 137
 138 <&
 139    '/transcript/unigene/gene_family_info.mas',
 140    unigene => $unigene,
 141 &>
 142
 143 <&
 144    '/transcript/unigene/preceding_unigenes.mas',
 145    dbh     => $dbh,
 146    unigene => $unigene,
 147 &>
 148
 149 <&
 150    /util/import_javascript.mas,
 151    classes => 'CXGN.Effects'
 152 &>