Changes

   1 Release date: NEXT
   2 Release tag: NEXT
   3
   4 Changes:
   5  -Interactive Statistics
   6    -Implements a dedicated QTL population page with an interface for setting QTL analysis parameters and running analysis with any set of ones own parameters.
   7    -Runs and displays correlation analysis.
   8    -Features tools to download QTL population phenotype, genotype and correlation data.
   9    -Implements 'wait page' feature while qtl analysis is running.
  10
  11  - Redesign tomato genome project and data pages, splitting the tomato clone sequencing status report into its own page.
  12
  13 ---
  14 Release date: Mon May 2 11:35:00 2011 -0800
  15 Release tag: sgn-96.0
  16
  17 Changes:
  18
  19  - Fix marker detail page crashing bug (mueller).
  20  - Integrated SecreTary results to secretion prediction search (tomfy).
  21  - Updated SignalP results at http://solgenomics.net/secretom/detail/prediction for TAIR10 and ITAG2 releases of arabidopsis and tomato, respectively (tomfy).
  22
  23 ---
  24
  25 Release date: Mon Apr 25 17:14:00 2011 -0800
  26 Release tag: sgn-95.0
  27
  28 Changes:
  29
  30  - Major improvements to SecreTary calculation code (tomfy).
  31  - ITAG2.3 tomato genome browser released (rob).
  32  - Improvements to cross-linking between loci, gene models, and the quick search (rob).
  33  - Improved quick search, now includes results from the genome browser and the feature detail pages (rob).
  34  - Add BLAST buttons to many displayed sequences on feature pages and in the BLAST highlighted-sequence viewer, which allow users to BLAST these sequences with one click (rob).
  35
  36 ---
  37
  38 Release date: Wed Apr 13 10:12:00 2011 -0800
  39 Release tag: sgn-93.0
  40
  41 Changes:
  42
  43  - New QTL effects section on population details pages (isaak).
  44  - Bug fixes to Ontology tree AJAX browser on ontology term detail pages (naama).
  45  - 'Polishing and bug fixes to feature detail pages: calculate the concept of "length" differently for some features. (rbuels)'
  46  - Fixed bug in adding images on Stock detail pages (naama).
  47  - Improved detail pages for polypeptide and mRNA features (rob).
  48  - Layout improvements to "compare entire maps" tool (rob).
  49  - TODO naama please add a note about 41178691fb9092daaf715f864b5f2cf053fa2b8e
  50  - Improvements to BLAST report linking dialog box, better layout, now has a link to see the hit region in the genome browser if possible (rob).
  51  - Performance improvements in BLAST highlighted-sequence viewer tool.
  52
  53 ---
  54
  55 Release date: Mon Mar 28 11:52:00 2011 -0800
  56 Release tag: sgn-92.0
  57
  58 Changes:
  59
  60  - improved integration of solQTL with phenotypes and traits
  61  - Behind-the-scenes cleanups to map viewer code.
  62  - New search functions for tracking stock lines.
  63  - Fix bug with ITAG2 annotation download registration, required 8 characters for Name field, and some people actually have first and last names that are shorter than this.  Now requires 5.
  64  - New stock page for accessions, individuals, and populations. Using Chado stock and NaturalDiversity modules for representing accession data and its phenotypes and genotypes.
  65
  66 ---
  67
  68 Release date: Mon Feb 7 11:30:00 2011 -0800
  69 Release tag: sgn-88.0
  70
  71 Changes:
  72
  73  - Editorial improvements to solQTL pages, added link to solQTL publication.
  74  - Many code cleanups behind the scenes.
  75
  76 ---
  77
  78 Release date: Fri Jan 14 13:43:21 2011 -0800
  79 Release tag: sgn-87.0
  80
  81 Changes:
  82
  83  - 'Improvements to Genomic details (i.e. feature) pages: add "Ontology terms" section, plus more.'
  84  - Redesigned 'Contact Us' page.
  85  - Simplified interstitial 'job running' page.
  86  - International Tomato Annotation Group (ITAG) annotation bulk files now available for download, with newly rewritten download routines to record user information for each downloaded file.
  87  - Fixed performance problems of International Tomato Sequencing project page.
  88
  89 ---
  90
  91 Release date: Thu Dec 09 12:58:00 2010 -0800
  92 Release tag: sgn-84.1
  93
  94 Changes:
  95
  96  - New easy-to-use trait search, linked from the breeders' toolbox.
  97  - New features for tracking organism stocks using the Chado natural diversity module.
  98  - "Fixed bug with BLAST tool: simple BLASTs were not filtering low-complexity sequence by default."
  99
 100 ---
 101
 102 Release date: Tue Nov 30 00:15:14 2010 -0800
 103 Release tag: sgn-83.0
 104
 105 Changes:
 106
 107  - "Big new feature: gene model pages, integrated with locus pages and GBrowse."
 108  - "New correlation heatmap on QTL pages."
 109