mason/chado/cvterm.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /chado/cvterm.mas - a component for printing the cvterm page
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 Parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item cvterm
  14
  15 CXGN::Chado::Cvterm object
  16
  17
  18
  19 =back
  20
  21 =head1 AUTHOR
  22
  23 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  24
  25 =cut
  26
  27 </%doc>
  28
  29 <%args>
  30   $cvterm
  31 </%args>
  32
  33 <%once>
  34 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw/
  35  info_section_html
  36  page_title_html
  37  columnar_table_html
  38 /;
  39 use CXGN::Phenome::Qtl::Tools;
  40 </%once>
  41
  42 <%perl>
  43 my $cvterm_id   = $cvterm->get_cvterm_id;
  44 my $db_name     = $cvterm->get_db_name;
  45 my $accession   = $cvterm->get_accession;
  46 my $cvterm_name = $cvterm->get_cvterm_name;
  47 my $definition  = $cvterm->get_definition;
  48 my $comment     = $cvterm->comment;
  49
  50 my $is_obsolete = $cvterm->get_obsolete();
  51 my @synonyms    = $cvterm->get_synonyms();
  52 my @def_dbxrefs = $cvterm->get_def_dbxref();
  53 my @secondary_dbxrefs = $cvterm->get_secondary_dbxrefs();
  54 my @image_ids = $cvterm->get_image_ids;
  55
  56 my @def_accessions = map( $_->get_db_name . ":" . $_->get_accession , @def_dbxrefs);
  57
  58 my @secondary_accessions = ();
  59 foreach ( @secondary_dbxrefs) {
  60   my $db =       $_->get_db_name;
  61   my $acc =      $_->get_accession;
  62   my $urlprefix= $_->get_urlprefix;
  63   my $url =      $_->get_url;
  64   my $full_acc = $db . ":" . $acc;
  65   my $link = $full_acc;
  66   if ( $url ) {
  67     my $xref_link = $urlprefix . $url . $acc;
  68     $link = qq | <a href="$xref_link">$full_acc</a> |
  69   }
  70   push @secondary_accessions , $link ;
  71 }
  72
  73 my @qtl_pops = CXGN::Phenome::Qtl::Tools->new()->is_from_qtl( $cvterm_id );
  74 my @qtl_data;
  75
  76 if ( @qtl_pops )
  77  {
  78     foreach my $pop (@qtl_pops)
  79     {
  80       my $pop_id   = $pop->get_population_id();
  81       my $name     = $pop->get_name();
  82       my $desc     = $pop->get_description();
  83       my $qtl_link = qq | <a href="/phenome/qtl_analysis.pl?population_id=$pop_id&amp;cvterm_id=$cvterm_id" onClick="Qtl.waitPage()">$name</a> |;
  84       push @qtl_data, [ $qtl_link, $desc ];
  85     }
  86  }
  87
  88 my $this_page = "/cvterm/$cvterm_id/view/";
  89 my $image_subtitle =
  90    " <a href=\"/image/add?type_id=$cvterm_id&type=cvterm&refering_page=$this_page\">[Add image]</a>" ;
  91
  92
  93 </%perl>
  94
  95
  96 <& /util/import_javascript.mas, classes => [qw [CXGN.AJAX.Ontology  CXGN.Phenome.Qtl thickbox jquery  jquery.dataTables] ] &>
  97
  98
  99 <script language="javascript">
 100   function recursiveAnnotations( a ) {
 101       jQuery.ajax( { url:      a.url+"?cvterm_id=<% $cvterm_id %>" ,
 102                      dataType: "json",
 103                      success: function(response) {
 104                               //jQuery("#"+a.content_id).html(response.html);
 105                               jQuery("#"+a.count_id).html( response.count + ' ' + a.inflect[ response.count == 1 ? 0 : 1 ]);
 106                        if( response.error )  {
 107                              alert(response.error);
 108                       }
 109                      }
 110                   });
 111   }
 112 </script>
 113
 114
 115 <& /page/page_title.mas, title=> "$db_name:$accession '$cvterm_name' " &>
 116
 117
 118 <&| /page/info_section.mas, title=>"Cvterm details" &>
 119 <table>
 120 <tr><td>Term id</td><td><b><% $accession %></b></td></tr>
 121 <tr><td>Term name</td><td><b><% $cvterm_name %></b></td></tr>
 122 <tr><td>Term definition</td><td><b><% $definition %></b></td></tr>
 123 <tr><td>Comment</td><td><b><% $comment %></b></td></tr>
 124 </table>
 125
 126 % if ($is_obsolete) {
 127 <b>Obsolete:</b> TRUE <br />
 128 % }
 129
 130 <br /><b>Synoyms</b><br />
 131 % foreach my $synonym (@synonyms) {
 132 <% $synonym %> <br />
 133 % }
 134
 135 <br /><b> Definition dbxrefs</b><br />
 136 % foreach my $da (@def_accessions) {
 137 <% $da %><br />
 138 % }
 139
 140 <br /><b> Related dbxrefs</b><br />
 141 % foreach my $sa (@secondary_accessions) {
 142 <% $sa %><br />
 143 %  }
 144
 145 </&>
 146 <br />
 147
 148 <h4>Add this term to a list</h4>
 149
 150 <div id="cvterm_id" style="display:none" ><% $cvterm_name %>|<% $db_name %>:<% $accession %></div>
 151
 152 <&| /page/info_section.mas, title=>"Add to list", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 153 <div id="paste_to_list">
 154 LOAD...
 155 </div>
 156
 157 </&>
 158 <script>
 159
 160   if (isLoggedIn()) {
 161     addToListMenu('paste_to_list', 'cvterm_id', { listType: 'traits' } );
 162   }
 163   else {
 164     jQuery('#paste_to_list').html("&nbsp;Please log in to use lists.");
 165   }
 166
 167 </script>
 168
 169 <br />
 170
 171
 172 <& /ontology/embedded_browser.mas, cvterm => $cvterm &>
 173
 174
 175
 176 <&| /page/info_section.mas,
 177     title=> "Annotated loci",
 178     subtitle => '',
 179     collapsible => 1,
 180     collapsed   => 1,
 181 &>
 182
 183 <table id="loci_data" class="display">
 184 <thead>
 185   <tr>
 186     <th>Organism</th>
 187     <th>Locus symbol</th>
 188     <th>Locus name</th>
 189   </tr>
 190 </thead>
 191
 192 </table>
 193
 194 <script>
 195
 196   jQuery(document).ready(function () {
 197
 198     jQuery('#loci_data').DataTable( {
 199       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_loci',
 200      });
 201   });
 202
 203 </script>
 204
 205
 206 </&>
 207
 208
 209
 210 <&| /page/info_section.mas,
 211        title=> "Annotated stocks",
 212        collapsible => 1,
 213        collapsed=>1,
 214        subtitle => '',
 215        hide_if_empty => 1,
 216  &>
 217
 218 <table id="annotated_stocks_data" class="display">
 219 <thead>
 220   <tr>
 221      <th>Type</th>
 222     <th>Stock name</th>
 223     <th>Description</th>
 224   </tr>
 225 </thead>
 226
 227 </table>
 228
 229 <script>
 230
 231   jQuery(document).ready(function () {
 232
 233     jQuery('#annotated_stocks_data').DataTable( {
 234       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/annotated_stocks',
 235      });
 236   });
 237
 238 </script>
 239
 240
 241 </&>
 242
 243
 244
 245 % if ( @qtl_pops )
 246 % {
 247     <&| /page/info_section.mas,
 248         title       => "QTL analysis",
 249         collapsible => 1,
 250    &>
 251      <& /page/columnar_table.mas,
 252         headings     => ["Analyze QTL in population", "Population description"],
 253         data         => \@qtl_data,
 254         __alt_freq   => 2,
 255         __align      =>'l',
 256      &>
 257   </&>
 258 % }
 259
 260
 261
 262 <&| /page/info_section.mas,
 263       title       => "Phenotyped accessions",
 264       collapsible => 1,
 265       collapsed=>1,
 266       subtitle    => '' ,
 267 &>
 268
 269
 270 <table id="phen_stocks_data" class="display">
 271 <thead>
 272   <tr>
 273      <th>Type</th>
 274     <th>Stock name</th>
 275     <th>Description</th>
 276   </tr>
 277 </thead>
 278
 279 </table>
 280
 281 <script>
 282
 283   jQuery(document).ready(function () {
 284
 285     jQuery('#phen_stocks_data').DataTable( {
 286       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/phenotyped_stocks',
 287      });
 288   });
 289
 290 </script>
 291
 292
 293 </&>
 294
 295
 296
 297 <&| /page/info_section.mas,
 298       title       => "Phenotyping trials",
 299       collapsible => 1,
 300       collapsed=>1,
 301       subtitle    => '<span id="trial_count"></span>',
 302 &>
 303
 304 <script language="javascript">
 305     recursiveAnnotations({
 306                          url:        "/cvterm/"+<% $cvterm_id %>+"/datatables/direct_trials",
 307                          content_id: "trial_div",
 308                          count_id:   "trial_count",
 309                          inflect:    [ 'trial', 'trials' ],
 310                        });
 311 </script>
 312
 313
 314
 315 <table id="trial_data" class="display">
 316 <thead>
 317   <tr>
 318      <th>Trial name</th>
 319      <th>Description</th>
 320   </tr>
 321 </thead>
 322
 323 </table>
 324
 325 <script>
 326
 327   jQuery(document).ready(function () {
 328
 329     jQuery('#trial_data').DataTable( {
 330       'ajax': '/cvterm/'+ <% $cvterm_id %> + '/datatables/direct_trials',
 331        }
 332      );
 333   });
 334
 335 </script>
 336
 337 </&>
 338
 339 <&| /page/info_section.mas,
 340     title => "Images and figures",
 341     subtitle      => $image_subtitle,
 342     collapsible   => 1,
 343     collapsed     => 0,
 344     hide_if_empty => 1,
 345 &>
 346
 347 <& /image/print_images.mas, images => \@image_ids &>
 348
 349 </&>
 350
 351 <& /qtl/waitmessage.mas &>