mason/feature/gene_group_export_to_alignment_viewer.mas

   1 <%args>
   2   $feature
   3 </%args>
   4
   5   <style>
   6     #gene_group_export > * { vertical-align: middle }
   7   </style>
   8   <div id="gene_group_export">
   9        <button onclick="export_gene_group(<% $feature->feature_id %>)">
  10             Export sequences to alignment viewer
  11        </button>
  12        <img width="16" height="16" id="gene_group_export_spinner" src="/img/spinner.gif" style="display: none" />
  13        <span class="message">(may take a long time for large gene groups)</span>
  14   </div>
  15
  16   <script type="text/javascript">
  17     <& /util/import_javascript.mas, classes => 'jquery' &>
  18     var myprotein;
  19     jQuery(function($) { $('#gene_group_export button').attr('disabled',false) });
  20     function export_gene_group(feature_id) {
  21         var spinner = jQuery('#gene_group_export img');
  22         var message = jQuery('#gene_group_export .message');
  23         var button  = jQuery('#gene_group_export button');
  24         button.attr( 'disabled', true );
  25         spinner.show();
  26         message.html( 'calculating and fetching sequences, please wait ... ');
  27         jQuery.get( '/feature/'+feature_id+'/gene_group_protein_fasta', function(protein_fasta) {
  28                 myprotein = protein_fasta;
  29
  30                 spinner.hide();
  31                 message.html('sending to alignment viewer...');
  32
  33                 // make a hidden form to send sequences to the alignment viewer
  34                 var seqform = document.createElement('form');
  35                 seqform.method = 'POST';
  36                 seqform.action = '/tools/align_viewer/index.pl';
  37                 seqform.style.display = 'none';
  38
  39                 // add our sequence data to it
  40                 var seq_input = document.createElement('input');
  41                 seq_input.type = 'hidden';
  42                 seq_input.value = protein_fasta;
  43                 seq_input.name = 'seq_data';
  44                 seqform.appendChild(seq_input);
  45
  46                 // add a title for the alignment
  47                 var title = document.createElement('input');
  48                 title.type = 'hidden';
  49                 title.value = '<% $feature->type->name %> <% $feature->name %>';
  50                 title.name = 'title';
  51                 seqform.appendChild( title );
  52
  53                 // add the form to the document and submit it
  54                 document.body.appendChild(seqform);
  55                 seqform.submit();
  56                 button.attr( 'disabled', false );
  57         });
  58     }
  59   </script>