mason/stock/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /stock/index.mas - a page for displaying stock details (e.g. accession, population, etc.)
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 3
  12
  13 =item $stock_id
  14
  15 The id of the stock in the database
  16
  17 =item $schema
  18
  19 L<Bio::Chado::Schema> object
  20
  21 =item $user
  22
  23 the person logged into the system right now
  24
  25
  26
  27 =back
  28
  29 =head1 AUTHOR
  30
  31 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  32
  33 =cut
  34
  35 </%doc>
  36
  37
  38
  39 <%args>
  40
  41 $action => 'view'
  42 $stock_id => 0
  43 $user => undef
  44 $schema
  45
  46 </%args>
  47
  48
  49 <%perl>
  50
  51
  52 use Bio::Chado::Schema;
  53 use CXGN::Sunshine::Browser;
  54 use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show info_table_html /;
  55
  56
  57 # print message if stock_id is not valid
  58 unless ( ( $stock_id =~ m /^\d+$/ ) || ($action eq 'new' && !$stock_id) ) {
  59   $c->throw(is_error=>0,
  60             message=>"No stock/accession exists for identifier $stock_id",
  61            );
  62 }
  63 #my $stock = $schema->resultset("Stock::Stock")->create( {} ) if !$stock_id;
  64 my ($stock) = $schema->resultset("Stock::Stock")->search( { stock_id => $stock_id} ) ;
  65
  66 my $person_id = $user->get_sp_person_id();
  67 my $user_type = $user->get_user_type();
  68 my $stockprop_cv = $schema->resultset("Cv::Cv")->search( {
  69  'me.name' => 'stock_property'} );
  70 # print message if the stock is obsolete
  71 my ($obsolete_cvterm) = $stockprop_cv->search_related('cvterms',
  72 { 'me.name' => 'obsolete' } );
  73
  74 my $obsolete;
  75 $obsolete = $stock->search_related('stockprops' , {
  76             type_id => $obsolete_cvterm->cvterm_id() }) if $obsolete_cvterm;
  77
  78 if ( $obsolete  && $user_type ne 'curator' )
  79   {
  80     $c->throw(is_error=>0,
  81               title => 'Obsolete stock',
  82               message=>"Stock $stock_id is obsolete!",
  83               developer_message => 'only curators can see obsolete stock',
  84               notify => 0,   #< does not send an error email
  85              );
  86   }
  87
  88 # print message if stock_id does not exist
  89
  90 if ( !$stock && $action ne 'new' && $action ne 'store' ) {
  91   $c->throw(is_error=>0, message=>'No stock exists for this identifier',);
  92 }
  93
  94 my $this_page = "/phenome/stock.pl?stock_id=$stock_id";
  95
  96 my ($organism) = $stock->search_related('organism');
  97 my $species = $organism->species();
  98
  99 #my ($person_id_cvterm) = $stockprop_cv->search_related('cvterms' , { 'me.name'=>'sp_person_id' } );
 100
 101 #my @owners = $stock->search_related('stockprops', { type_id => $person_id_cvterm->cvterm_id() } );
 102
 103 #my $owner_objects= $locus->get_owners(1);
 104
 105
 106 #################
 107 my $owner;
 108 #if ( $stock && ($user_type eq 'curator' || $person_id && grep { $_ == $person_id } @owners  ) ) {  $owner = 1; }
 109 #<& /stock/initialize.mas, stock_id=>$stock_id  &>
 110 </%perl>
 111
 112 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ "jquery", "thickbox", "CXGN.Page.FormattingHelpers"] &>
 113
 114
 115
 116 <& /page/page_title.mas, title=> $stock->uniquename()  . "\n" &>
 117
 118
 119 <&| /page/info_section.mas, title=>"Stock details" , subtitle => ""  &>
 120
 121   <& /page/form.mas, object_type=>'stock', object_id=>"$stock_id", form_name=> 'stock_form', server_side_script => '/phenome/stock/stock_ajax_form.pl', form_div_name=>'stock_details', js_object_name=> 'stockForm', page_url => '/phenome/stock.pl'  &>
 122
 123 </&>
 124
 125
 126 % if($owner) {
 127 <&| /page/info_section.mas, title=>"Stock history", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 128   <& /stock/history.mas, stock=>$stock  &>
 129 </&>
 130
 131 % }
 132
 133
 134
 135 <& /page/comments.mas, object_type=>'stock', object_id=>$stock_id, referer=>$this_page &>