mason/breeders_toolbox/download.mas

   1 <%args>
   2
   3 </%args>
   4
   5 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ 'jqueryui', 'jquery.cookie', 'CXGN.BreederSearch', 'CXGN.List', 'CXGN.BreedersToolbox.HTMLSelect', 'spin_min', 'ladda_min' ] &>
   6
   7 <& /page/page_title.mas, title=>"Download Using Lists" &>
   8
   9 <div class="container-fluid">
  10
  11 <div class="well">
  12 Choose a list for each parameter and click "Download".
  13 </div>
  14
  15 <div class="well well-sm">
  16 <h4>Download Phenotypes Using Lists</h4><p>Select Parameters:</p>
  17 <form id="download_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
  18 <table class="table table-bordered" >
  19   <thead>
  20   <tr>
  21     <th>
  22       Accessions
  23     </th>
  24     <th>
  25       Trials
  26     </th>
  27     <th>
  28       Traits
  29     </th>
  30     <th>
  31         Options
  32     </th>
  33     <th>
  34       Action
  35     </th>
  36   </tr>
  37   </thead>
  38   <tbody>
  39   <tr>
  40     <td>
  41       <div id="accession_list">
  42       </div>
  43     </td>
  44     <td>
  45       <div id="trial_list">
  46       </div>
  47     </td>
  48     <td>
  49       <div id="trait_list">
  50       </div>
  51    </td>
  52     <td>
  53     <b>Format:</b><br/>
  54     <select class="form-control" id="format" name="format">
  55         <option value=".csv">CSV</option>
  56         <option value=".xls">XLS</option>
  57         <option value="html">HTML</option>
  58     </select>
  59     <br/>
  60     <b>Data Level:</b><br/>
  61     <select class="form-control" id="phenotype_datalevel" name="phenotype_datalevel">
  62         <option value="all">All</option>
  63         <option value="plot">Plot</option>
  64         <option value="plant">Plant</option>
  65     </select>
  66     <br/>
  67     <b>Timestamp:</b><br/>
  68     <select class="form-control" id="timestamp" name="timestamp">
  69         <option value="0">No</option>
  70         <option value="1">Yes</option>
  71     </select>
  72     <br/>
  73     <b>Exclude Phenotype Outliers:</b><br/>
  74     <select class="form-control" id="exclude_phenotype_outlier" name="exclude_phenotype_outlier">
  75         <option value="0">No</option>
  76         <option value="1">Yes</option>
  77     </select>
  78     </td>
  79     <td>
  80       <button class="btn btn-primary" type="button" id="phenotype">Download</button>
  81       <input type="hidden" id="phenotype_download_token" name="phenotype_download_token"/>
  82     </td>
  83   </tr>
  84   </tbody>
  85   </table>
  86 </form>
  87 </div>
  88
  89 <div class="well well-sm">
  90 <h4>Inspect Datasets</h4>
  91 <table class="table table-bordered" >
  92   <thead>
  93   <tr>
  94     <th>
  95       Datasets
  96     </th>
  97   </tr>
  98   </thead>
  99   <tbody>
 100   <tr>
 101     <td>
 102       <div id="phenotype_download_dataset_list">
 103       </div>
 104     </td>
 105   </tr>
 106   </tbody>
 107   </table>
 108 </div>
 109
 110 <div class="well well-sm">
 111 <h4>Download Metadata</h4><p>Select Parameters:</p>
 112 <form id="download_metadata_form" action="/breeders/download_action" method="POST" >
 113 <table class="table table-bordered" >
 114   <thead>
 115   <tr>
 116     <th>
 117       Trials
 118     </th>
 119     <th>
 120         Options
 121     </th>
 122     <th>
 123       Action
 124     </th>
 125   </tr>
 126   </thead>
 127   <tbody>
 128   <tr>
 129     <td>
 130       <div id="trial_metadata_list">
 131       </div>
 132     </td>
 133     <td>
 134     <b>Format:</b><br/>
 135     <select class="form-control" id="metadata_format" name="metadata_format">
 136         <option value=".xls">XLS</option>
 137         <option value=".csv">CSV</option>
 138         <option value="html">HTML</option>
 139     </select>
 140     <br/>
 141     <div id="datalevel" style="display:none">
 142       <select class="form-control" id="metadata_datalevel" name="metadata_datalevel">
 143           <option value="metadata">Metadata</option>
 144       </select>
 145     </div>
 146     </td>
 147     <td>
 148       <button class="btn btn-primary" type="button" id="metadata">Download</button>
 149       <input type="hidden" id="metadata_download_token" name="metadata_download_token"/>
 150     </td>
 151   </tr>
 152   </tbody>
 153   </table>
 154 </form>
 155 </div>
 156
 157 <script>
 158 $(document).ready(function() {
 159
 160     var lo = new CXGN.List();
 161
 162     $('#accession_list').html(lo.listSelect('accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 163     $('#trial_list').html(lo.listSelect('trial_list', [ 'trials' ], 'select', undefined, undefined ));
 164     $('#trait_list').html(lo.listSelect('trait_list', [ 'traits' ], 'select', undefined, undefined  ));
 165     $('#trial_metadata_list').html(lo.listSelect('trial_metadata_list', ['trials'], 'select', undefined, undefined));
 166
 167     get_select_box('datasets', 'phenotype_download_dataset_list');
 168
 169     $('#metadata').click(function() {
 170       var trial_list_id = $('#trial_metadata_list_list_select').val();
 171       var trial_validation = 1;
 172       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 173
 174       var problem_lists = new Array();
 175       if (trial_validation != 1) {
 176         problem_lists.push('trials');
 177       }
 178
 179       if (problem_lists.length > 0) {
 180           alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 181                 return;
 182       }
 183
 184       var ladda = Ladda.create(this);
 185       ladda.start();
 186       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 187       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 188       jQuery('#metadata_download_token').val(token);
 189       jQuery('#download_metadata_form').submit();
 190
 191     });
 192
 193     $('#phenotype').click(function() {
 194
 195       var accession_list_id = $('#accession_list_list_select').val();
 196       var trial_list_id = $('#trial_list_list_select').val();
 197       var trait_list_id = $('#trait_list_list_select').val();
 198
 199       var accession_validation = 1;
 200       if (accession_list_id) { accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true); }
 201
 202       var trial_validation = 1;
 203       if (trial_list_id) { trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true); }
 204
 205       var trait_validation = 1;
 206       if (trait_list_id) { trait_validation = lo.validate(trait_list_id, 'traits', true); }
 207
 208       var problem_lists = new Array();
 209
 210       if (accession_validation != 1) {
 211         problem_lists.push('accessions');
 212       }
 213       if (trial_validation != 1) {
 214         problem_lists.push('trials');
 215       }
 216       if (trait_validation != 1) {
 217         problem_lists.push('trials');
 218       }
 219
 220       if (problem_lists.length > 0) {
 221          alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 222          return;
 223       }
 224
 225       var ladda = Ladda.create(this);
 226       ladda.start();
 227       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 228       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 229       jQuery('#phenotype_download_token').val(token);
 230       jQuery('#download_form').submit();
 231
 232         });
 233
 234 });
 235
 236 </script>
 237
 238
 239 <!-- start of code for pedigree download -->
 240
 241 <div class="well well-sm">
 242 <form id="download_pedigree" action="/breeders/download_pedigree_action" method="POST">
 243 <table class="table"  cellpadding="10">
 244   <thead>
 245   <tr><td colspan="2"><h4>Download Pedigree </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 246   <tr>
 247     <th>
 248       Accessions
 249     </th>
 250     <th>
 251       Format
 252     </th>
 253     <th>
 254       Action
 255     </th>
 256   </tr>
 257   </thead>
 258   <tbody>
 259   <tr>
 260     <td>
 261       <div id="accession_list4">
 262       </div>
 263     </td>
 264     <td>
 265  <div class="radio">
 266   <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="parents_only" checked>Direct parents only</label>
 267  </div>
 268  <div class="radio">
 269    <label><input type="radio" id="ped_format" name="ped_format" value="full">Full pedigrees</label>
 270  </div>
 271      </td>
 272     <td>
 273       <button class="btn btn-primary" type="button" id="pedigree">Download</button>
 274       <input type="hidden" id="pedigree_download_token" name="pedigree_download_token"/>
 275     </td>
 276   </tr>
 277   </tbody>
 278   </table>
 279 </form>
 280 </div>
 281
 282
 283 <script>
 284 $(document).ready(function() {
 285
 286     var lo = new CXGN.List();
 287
 288     $('#accession_list4').html(lo.listSelect('pedigree_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 289
 290     $('#pedigree').click(function() {
 291
 292         var accession_list_id = $('#pedigree_accession_list_list_select').val();
 293         if (!accession_list_id) {
 294             alert("You need to select an accession list!");
 295             return;
 296         }
 297
 298         var accession_validation = 1;
 299         if (accession_list_id) {
 300             accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 301
 302         }
 303
 304         if (accession_validation != 1) {
 305             alert("The accession list did not pass validation. Please correct the list and try again");
 306             return;
 307         }
 308
 309         var ladda = Ladda.create(this);
 310         ladda.start();
 311         var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 312         manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 313         jQuery('#pedigree_download_token').val(token);
 314         jQuery('#download_pedigree').submit();
 315
 316     });
 317 });
 318
 319 </script>
 320
 321 <!-- end of code for pedigree download -->
 322
 323
 324 <div class="well well-sm">
 325 <form id="download_gbs" action="/breeders/download_gbs_action" method="POST">
 326 <table class="table"  cellpadding="10">
 327   <thead>
 328   <tr><td colspan="2"><h4>Download GBS Genotype </h4><p>Select parameter:</p></tr>
 329   <tr>
 330     <th>
 331       Accessions
 332     </th>
 333     <th>
 334       Genotyping Protocol
 335     </th>
 336     <th>
 337       Action
 338     </th>
 339   </tr>
 340   </thead>
 341   <tbody>
 342   <tr>
 343     <td>
 344       <div id="accession_list2">
 345       </div>
 346     </td>
 347     <td>
 348       <div id="protocol_list">
 349       </div>
 350     </td>
 351     <td>
 352       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype">Download</button>
 353       <input type="hidden" id="gbs_download_token" name="gbs_download_token"/>
 354     </td>
 355   </tr>
 356   </tbody>
 357   </table>
 358 </form>
 359 </div>
 360
 361 <script>
 362   $(document).ready(function() {
 363
 364       var lo = new CXGN.List();
 365
 366       $('#accession_list2').html(lo.listSelect('genotype_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 367       get_select_box("genotyping_protocol", "protocol_list");
 368
 369       $('#genotype').click(function() {
 370
 371       var accession_list_id = $('#genotype_accession_list_list_select').val();
 372       var protocol_list_id = $('#protocol_list').val();
 373
 374       var accession_validation = 1;
 375       if (accession_list_id) {
 376         accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 377       }
 378
 379       if (!( accession_list_id || protocol_list_id) ) {
 380         alert("You need to select a list of accessions and a protocol !");
 381         return;
 382       }
 383
 384       var problem_lists = new Array();
 385
 386       if (accession_validation != 1) {
 387         problem_lists.push('accessions');
 388       }
 389
 390
 391       console.log(problem_lists);
 392
 393       if (problem_lists.length > 0) {
 394         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 395         return;
 396       }
 397
 398       var ladda = Ladda.create(this);
 399       ladda.start();
 400       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 401       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 402       jQuery('#gbs_download_token').val(token);
 403       jQuery('#download_gbs').submit();
 404
 405     });
 406
 407   });
 408 </script>
 409
 410 <div class="well well-sm">
 411 <form id="gbs_qc" action="/breeders/gbs_qc_action" method="POST">
 412 <table class="table" cellpadding="10">
 413   <thead>
 414   <tr><td colspan="3"><h4>GBS Genotype QC</h4><p>Select parameter:</p></tr>
 415   <tr>
 416     <th>
 417       Trials
 418     </th>
 419     <th>
 420       Accessions
 421     </th>
 422     <th>
 423       Genotyping Protocol
 424     </th>
 425     <th>
 426       Action
 427     </th>
 428   </tr>
 429   </thead>
 430   <tbody>
 431   <tr>
 432     <td>
 433       <div id="trial_list3">
 434       </div>
 435     </td>
 436     <td>
 437       <div id="accession_list3">
 438       </div>
 439     </td>
 440     <td>
 441       <div id="protocol_list2">
 442       </div>
 443     </td>
 444     <td>
 445       <button class="btn btn-primary" type="button" id="genotype_qc">Download</button>
 446       <input type="hidden" id="qc_download_token" name="qc_download_token"/>
 447     </td>
 448   </tr>
 449   </tbody>
 450   </table>
 451 </form>
 452 </div>
 453
 454 </div>
 455
 456 <script>
 457   $(document).ready(function() {
 458
 459       var lo = new CXGN.List();
 460
 461       $('#accession_list3').html(lo.listSelect('genotype_qc_accession_list', [ 'accessions' ], 'select', undefined, undefined));
 462       $('#trial_list3').html(lo.listSelect('genotype_trial_list', [ 'trials' ], 'select', undefined, undefined ));
 463       get_select_box("genotyping_protocol", "protocol_list2", {'id':'protocol_list2_select', 'name':'protocol_list2_select'});
 464
 465       $('#genotype_qc').click(function() {
 466
 467         $('#working').dialog( {
 468                 height: 100,
 469                 width:  300,
 470                 modal: true,
 471                 autoOpen: false,
 472                 closeOnEscape: true,
 473                 draggable: true,
 474                 resizable: true,
 475                 open: function() { $(this).closest('.ui-dialog').find('.ui-dialog-titlebar-close').hide(); },
 476                 title: 'Downloading genotype...'
 477                 });
 478
 479       var accession_list_id = $('#genotype_qc_accession_list_list_select').val();
 480       var trial_list_id = $('#genotype_trial_list_list_select').val();
 481
 482       var accession_validation = lo.validate(accession_list_id, 'accessions', true);
 483       var trial_validation = lo.validate(trial_list_id, 'trials', true);
 484
 485       if (! (accession_list_id || trial_list_id) ) {
 486         alert("You need to select an accession or a trail !");
 487         return;
 488       }
 489
 490       var problem_lists = new Array();
 491
 492       if (accession_validation != 1) {
 493         problem_lists.push('accessions');
 494       }
 495
 496       if (trial_validation != 1) {
 497         problem_lists.push('trials');
 498       }
 499
 500
 501       //alert("problem_lists is " + problem_lists);
 502
 503       console.log(problem_lists);
 504
 505       if (problem_lists.length > 0) {
 506         alert("The following lists did not pass validation: "+problem_lists.join(", ")+". Please correct the list(s) and try again");
 507         return;
 508       }
 509
 510       var ladda = Ladda.create(this);
 511       ladda.start();
 512       var token = new Date().getTime(); //use the current timestamp as the token name and value
 513       manage_dl_with_cookie(token, ladda);
 514       jQuery('#qc_download_token').val(token);
 515       jQuery('#gbs_qc').submit();
 516
 517     });
 518
 519   });
 520 </script>