mason/markers/kfg.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/kfg.mas - a Mason component displaying information about kfg (known function genes) markers
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 takes the parameter $marker - a CXGN::Marker object.
  11
  12 =head1 AUTHOR
  13
  14 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  15
  16 =cut
  17
  18 </%doc>
  19
  20 <%args>
  21 $marker
  22 </%args>
  23
  24 <%perl>
  25
  26
  27   # prints a link to the gene page if this marker maps to a gene
  28   # (KFG = Known Function Gene)
  29
  30   my @loci = $marker->associated_loci();
  31
  32 my $html = '';
  33 foreach my $l (@loci) {
  34   my ($locus_id, $locus_name) = ($l->[0], $l->[1]);
  35
  36     $html .= qq{This marker is associated with the <a href="/phenome/locus_display.pl?locus_id=$locus_id">$locus_name</a> locus.<br />};
  37   }
  38
  39   return $html.'<br />';
  40
  41
  42 </%perl>